ارزیابی ترانسکریپتوم گیاه باریجه (Ferula gummosa) با استفاده از روش RNA-seq
Publish place: IRANIAN JOURNAL OF FIELD CROP SCIENCE، Vol: 51، Issue: 2
Publish Year: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 351
نسخه کامل این Paper ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJFCS-51-2_016
تاریخ نمایه سازی: 9 اردیبهشت 1400
Abstract:
گیاه باریجه با نام علمی Ferula gummosa Boiss، از تیره چتریان بومی مناطق شرق و غرب ایران است. گیاه باریجه به دلیل داشتن قابلیت استحصال شیرابه ای با ارزش دارویی و صنعتی، بسیار مورد توجه است. اگر چه این شیرابه از حیث صادرات گیاهان دارویی مرتعی ایران در رتبه اول قرار دارد و خواص دارویی و کاربردهای صنعتی فراوانی دارد اما اطلاعات اندکی در زمینه مکانیسمهای بیوشیمیایی و ژنتیکی تولید این ترکیبات وجود دارد. در حال حاضر تکنیک RNA-Seq جزو پرکاربردترین و دقیقترین روشهای ترانسکریپتومیکس به شمار می رود. در تحقیق حاضر جهت ارزیابی ترانسکریپتوم باریجه از روش RNA-seq برای دو اندام ریشه و گل استفاده گردید. خوانشهای بدست آمده از دستگاه Illumina HiSeq۲۰۰۰ پس از تعیین کیفیت، با نرم افزار Trinity مونتاژ و سپس از نظر عملکرد مورد ارزیابی قرار گرفتند. ترانسکریپتوم حاصله دارای ۱۵۸۴۳۶ ترانسکریپت با N۵۰ برابر با ۱۳۴۸ نوکلئوتید بود که پس از بلاست با دیتابیسهای مختلف ۱۰۰۲۷۵ ترانسکریپت از نظر عملکردی تفسیر شدند. ارزیابی نتایج بلاست nr از نظر هستی شناسی ژنها منجر به شناسایی ۷۳۶۷۸ ترانسکریپت دارای حداقل یک GO گردید که از بین آنها از نظر فرایندهای زیستی، فرایندهای سلولی و متابولیکی بیشترین GOها را به خود اختصاص دادند که این حالت نشان دهنده وضعیت فعال متابولیکی گیاه میباشد. ارزیابی ترانسکریپتوم از نظر ژنهای ارتولوگ منجر به شناسایی ۴۲۴۵۲ ژن از ۳۹۲۵ خانواده عملکردی در ۲۶ کلاس کلی گردید. کلاس متابولیت های ثانویه، انتقال و کاتابولیسم با فراوانی ۲۵/۴ درصد از جمله فعالترین کلاسهای عملکردی در گل و ریشه باریجه میباشند.
Keywords:
Authors
احمد سبحانی نجف آبادی
دانشجوی دکتری دانشگاه تهران
محمدرضا نقوی
عضو هیئت علمی گروه زراعت و اصلاح نباتات پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
حمید فرحمند
عضو هیئت علمی گروه بیوتکنولوژی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
علیرضا عباسی
عضو هیئت علمی گروه زراعت و اصلاح نباتات پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران