ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

مطالعه ی قدرت مهاری ترکیبات بیس ایندولی سنتتیک بر فرآیند فیبریلاسیون آمیلوئیدی با استفاده از روش های شبیه سازی مولکولی

Publish place: Journal of Applied Biology، Vol: 33، Issue: 1
Publish Year: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 207

This Paper With 22 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:
https://civilica.com/doc/1222047

شناسه ملی سند علمی:

JR_JAB-33-1_002

تاریخ نمایه سازی: 9 خرداد 1400

Abstract:

تشکیل ساختارهای آمیلوئیدی به دلیل ایجاد بیماری هایی مانند آلزایمر، پارکینسون، و دیابت نوع ۲، مورد توجه محققان است. از جمله مهارکننده های مهم، حلقه های ایندولی می باشند. مطالعات تجربی بر روی دو نوع ترکیب بیس ایندولی نشان داده است که ترکیب بیس ایندولیل ۲-متیل فنیل متان (BI۲MPM) مهارکننده ی فیبریلاسیون آمیلوئیدی پروتئین لیزوزیم است. اما ترکیب بیس ایندولیل ۳-نیترو فنیل متان (BI۳NPM) قدرت مهاری چندانیندارد. در این مطالعه با استفاده از روشهای داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی، میانکنش این دو لیگاند با پروتئین مدل شده ی آمیلوئیدی بررسی شد. روش داکینگ مولکولی تمایلی مشابه اما با جایگاه اتصالی متفاوت برای دو لیگاند نشان داد. اما نتایج دینامیک مولکولی نشان داد که لیگاند BI۲MPMبا تخریب عمده ساختار بتای هسته های اولیه، موجب کاهش میانکنش بین آن ها و با افزایش تغییرات ساختاری در رشته های بتا باعث ناپایداری و توقف رشد فیبریلاسیون می گردد. اما ترکیب BI۳NPM تغییرات اندکی بر ساختار هسته های فیبریلی اعمال می کند.

Keywords:

Authors

کاوه خدایاری

دانشجوی دکترای بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، گروه بیوفیزیک، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

پرویز عبدالملکی

استاد.بیوفیزیک، علوم زیستی، تربیت مدرس، تهران، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Abedini, A., Plesner, A., Cao, P., Ridgway, Z., Zhang, J., ...
  • Abraham, M.J., Van.der.Spoel, D., Lindahl, E., Hess, B. and the ...
  • Armen, R.S. and Daggett, V. (۲۰۰۵). Characterization of two distinct ...
  • Ayton, G.S., Noid, W.G. and Voth, G.A. (۲۰۰۷). Multiscale modeling ...
  • Baranczak, A and Kelly, J.W. (۲۰۱۶). A current pharmacologic agent ...
  • Berendsen, H.J.C., Postma, J.P.M., van.Gunsteren, W.F., Hermans, J. (۱۹۸۱). Interaction ...
  • Brancolini, G. and Tozzini, V. (۲۰۱۹). Multiscale modeling of proteins ...
  • Buchete, N.V., Tycko, R. and Hummer, G. (۲۰۰۵). Molecular dynamics ...
  • Buxbaum, J.N. (۲۰۰۳). Diseases of protein conformation: what do in ...
  • Chauhan, N.B. (۲۰۰۶). Effect of aged garlic extract on APP ...
  • Chen, K. and Kurgan, L. (۲۰۰۹). Investigation of atomic level ...
  • Cheng, A. and Merz, K.M. (۱۹۹۶). Application of the Nosé-Hoover ...
  • Chiti, F., Stefani, M., Taddei, N., Ramponi, G. and Dobson, ...
  • Darden, T., York, D. and Pedersen, L. (۱۹۹۳). Particle mesh ...
  • DeMarco, M.L. and Daggett, V. (۲۰۰۴). From conversion to aggregation: ...
  • Deng, N.J., Yan, L., Singh, D. and Cieplak, P. (۲۰۰۶). ...
  • Ding, F., LaRocque, J.J. and Dokholyan, N.V. (۲۰۰۵). Direct observation ...
  • Dische, F.E., Wernstedt, C., Westermark, G.T., Westermark, P., Pepys, M.B., ...
  • Espargaro, A., Castillo, V., de Groot, N.S. and Ventura, S. ...
  • Fernandez-Escamilla, A.M., Rousseau, F., Schymkowitz, J. and Serrano, L. (۲۰۰۴). ...
  • Flores, S.C., Bernauer, J., Shin, S., Zhou, R. and Huang ...
  • Gallina, A.M., Bork, P. and Bordo, D. (۲۰۱۴). Structural analysis ...
  • Gasteiger, E., Hoogland, C., Gattiker, A., Duvaud, S., Wilkins, M.R., ...
  • Gupta,V.B. and Rao, K.S. (۲۰۰۷). Anti-amyloidogenic activity of S-allyl-l-cysteine and ...
  • Han, W. and Wu, Y.D. (۲۰۰۵). A strand-loop-strand structure is ...
  • Hess, B., Bekker, H., Berendsen, H.J.C. and Fraaije, J.G.E.M. (۱۹۹۷). ...
  • Hunter. C.A. and Sanders. J.K.M. (۱۹۹۰). The nature of pi–pi ...
  • Hunter, C.A., Lawson, K.R., Perkins, J. and Urch, C.J. (۲۰۰۱). ...
  • Jaffe, R.L. and Smith, G.D. (۱۹۹۶). A quantum chemistry study ...
  • Jahn, T.R., Parker, M.J., Homans, S.W. and Radford, S.E. (۲۰۰۶). ...
  • Janda, K.C., Hemminger, J.C., Winn, J.S., Novick, S.E., Harris, S.J. ...
  • Janiak, C. (۲۰۰۰). Critical account on pi-pi stacking in metal ...
  • Klimov, D.K. and Thirumalai, D. (۲۰۰۳). Dissecting the assembly of ...
  • Ko, S.Y., Chang, K.W., Lin, S.C., Hsu, H.C. and Liu, ...
  • Kueltzo, L.A., Wang, W., Randolph, T.W. and Carpenter, J.F. (۲۰۰۸). ...
  • Kukic, P. and Nielsen. J.E. (۲۰۱۰). Electrostatics in proteins and ...
  • Kumar, V., Sharma, V.K. and Kalonia, D.S. )۲۰۰۹(. In situ ...
  • Laskowski, R.A. and Swindells, M.B. (۲۰۱۱). LigPlot+: multiple ligand-protein interaction ...
  • Lingenheil, M., Denschlag, R., Reichold, R. and Tavan, P. (۲۰۰۸). ...
  • Maurer-Stroh, S., Debulpaep, M., Kuemmerer, N., Lopez-de-la-Paz, M., Martins, I.C., ...
  • McGaughey, G.B., Gagne, M.R. and Rappe. A.K. (۱۹۹۸). Pi Stacking ...
  • Mor, A., Ziv, G. and Levy, Y. (۲۰۰۸). Simulations of ...
  • Nelson, R., Sawaya, M.R., Balbirnie, M., Madsen, A., Riekel, C., ...
  • Neudecker, P., Robustelli, P., Cavalli, A., Walsh, P., Lundstrom, P., ...
  • Neves-Petersen, M.T. and Petersen, S.B. (۲۰۰۳). Protein electrostatics: a review ...
  • Nguyen, H.D. and Hall, C.K. (۲۰۰۶). Spontaneous fibril formation by ...
  • Obici, L., Perfetti, V., Palladini, G., Moratti, R. and Merlini, ...
  • Park, S. and Saven, J.G. (۲۰۰۶). Simulation of pH-dependent edge ...
  • Park, S.Y., Kim, D.S., Cho, E.K., Kwon, B.Y., Phark, S., ...
  • Park, S.Y. and Kim, D.S. (۲۰۰۲). Discovery of Natural Products ...
  • Parrinello, M. and Rahman, A. (۱۹۸۱). Polymorphic transitions in single ...
  • Porat, Y., Abramowitz, A. and Gazit, E. (۲۰۰۶). Inhibition of ...
  • Ramazzotti, M., Melani, F., Marchi, L., Mulinacci, N., Gestri, S., ...
  • Ramshini, H., Mannini, B., Khodayari, K., Ebrahim-Habibi, A., Moghaddasi, AZ., ...
  • Schmid, N., Eichenberger, A.P., Choutko, A., Riniker, S., Winger, M., ...
  • Sharma, S., Ding, F. and Dokholyan, N.V. (۲۰۰۸). Probing protein ...
  • Shukla, A.A., Gupta, P. and Han, X. (۲۰۰۷). Protein aggregation ...
  • Sinnokrot, M.O. and Sherrill, C.D. (۲۰۰۶). High-Accuracy Quantum Mechanical Studies ...
  • Sinnokrot, M.O., Valeev, E.F. and Sherrill, C.D. (۲۰۰۲). Estimates of ...
  • Tartaglia, G.G., Cavalli, A., Pellarin, R. and Caflisch, A. (۲۰۰۴). ...
  • Tartaglia, G.G., Cavalli, A., Pellarin, R. and Caflisch, A. (۲۰۰۵). ...
  • Tayebee, R., Amini, M., Abdollahi, N., Aliakbari, A., Rabiei, S. ...
  • Tipping, K.W., Karamanos, T.K., Jakhria, T., Iadanza, M.G., Goodchild, S.C., ...
  • Tiwari, A., Xu, Z. and Hayward, L.J. (۲۰۰۵). Aberrantly increased ...
  • Tohda, C., Ichimura, M., Bai, Y., Tanaka, K., Zhu, S. ...
  • Tozzini, V. (۲۰۱۰). Multiscale modeling of proteins. Accounts of Chemical ...
  • Trott, O. and Olson, A.J. (۲۰۱۰). AutoDock Vina: improving the ...
  • Tsuzuki, S., Honda, K., Uchimaru, T., Mikami, M. and Tanabe, ...
  • Van.Gunsteren, W.F. and Berendsen, H.J.C. (۱۹۸۸). A leap-frog algorithm for ...
  • Wang, J., Tan, C., Chen, H.F. and Luo, R. (۲۰۰۸). ...
  • Waters. M.L. (۲۰۰۲). Aromatic interactions in model systems. Current Opinion ...
  • Wu, C. and Shea, J.E. (۲۰۱۱). Coarse-grained models for protein ...
  • Young, L.M., Cao, P., Raleigh, D.P., Ashcroft, A.E. and Radford, ...
  • Zhou, P., Huang, J. and Tian, F. (۲۰۱۲). Specific noncovalent ...
    • نمایش کامل مراجع