شناسایی ژن های مرتبط با پیش آگهی در سرطان پستان Her۲-enriched با استفاده از تجزیه و تحلیل شبکه هم بیانی ژنی
Publish place: Iranian Journal of Breast Diseases، Vol: 14، Issue: 1
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 472
This Paper With 15 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJBD-14-1_005
تاریخ نمایه سازی: 20 تیر 1400
Abstract:
مقدمه: زیرگروه Her۲-enriched در سرطان پستان پیش آگهی بدتری نسبت به زیرگروه های لومینال دارد. و اخیرا کشف درمان های هدفمند در سایر گروه های سرطان پستان منجر به افزایش بقاء بیماران شده است. هدف این مطالعه شناخت ژن های موثر در بقای کلی این دسته از بیماران مبتنی بر زیست شناسی سامانه ای است.
روش بررسی: مجموعه داده های بیان ژن و اطلاعات بالینی ۵۸ بیمار مبتلا به زیرگروه Her۲-enriched از اطلس ژنوم سرطان دانلود شد. با استفاده از شبکه همبیان ژنی وزندار، ماژول های هم بیان شناسایی شدند. به منظور شناسایی ماژول های موثر بر بقای کلی، از رگرسیون کاکس استفاده شد. آنالیز بقاء تکژنی در درون ماژول منتخب انجام و در پایان ژن های معنی دار با استفاده از ابزار DAVID مورد تفسیر عملکردی قرار گرفتند.
یافته ها: از میان شش ماژول هم بیان شناسایی شده، دو ماژول به طور معنی دار با پیش آگهی بدتر در بیماران مرتبط بودند. بر مبنای آنالیز بقای تکژنی، ۳۹% از ژن های ماژول منتخب، معنادار شناخته شد که رابطه معناداری با مسیرهای زیستی "Ubiquitin mediated proteolysis" و "RNA degradation" داشتند. ژن های CHAMP۱، PPP۱R۲۶، PRRC۲B، KANSL۳ و ANAPC۲ به ترتیب به عنوان ۵ ژن مهم در کاهش بقای کلی شناسایی شدند. همچنین این ژن ها در مسیرهای مرتبط با تقسیم سلولی نقش دارند که تاییدکننده نقش آنها در سرطان است.
نتیجه گیری: رویکرد زیست شناسی سامانه ای می تواند نتایج مناسبی در تحلیل بقاء بیماران داشته باشد. در این مطالعه ژن هایی شناسایی شدند که می توانند در مطالعات آزمایشگاهی به عنوان بیومارکرهای پیش آگهی دهنده بقای کلی بیماران زیرگروه Her۲-enriched و همچنین کاندیداهای بالقوه برای درمان هدفمند این دسته از بیماران مورد استفاده قرار گیرند.
Keywords:
HER۲-enriched Breast Cancer , WGCNA , Co-expression Network , TCGA , سرطان , زیست شناسی سامانه ای , شبکه های وزندار , شبکه های هم بیانی , Her۲-enriched , WGCNA
Authors
محمد درزی
Department of Electrical Engineering and Information Technology, Iranian Research Organization for Science and Technology (IROST), Tehran, Iran
سعید گرگین
Department of Electrical Engineering and Information Technology, Iranian Research Organization for Science and Technology (IROST), Tehran, Iran
کیوان مجیدزاده
Genetics Department, Breast Cancer Research Center, Motamed Cancer Institute, ACECR, Tehran, Iran
رضوان اسمعیلی
Genetics Department, Breast Cancer Research Center, Motamed Cancer Institute, ACECR, Tehran, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :