شناسایی ژن ها و میکرو RNAهای کلیدی درگیر در مسیر آپوپتوزیس عقرب Androctonus crassicauda

فاطمه ثعلبی; هدیه جعفری; علیرضا فروزان; محمد نعمتی

شناسایی ژن ها و میکرو RNAهای کلیدی درگیر در مسیر آپوپتوزیس عقرب Androctonus crassicauda

Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 13، Issue: 1

Publish Year: 1400

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 22 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/1249067

Document National Code:

JR_JOAGK-13-1_006

Index date: 2 August 2021

شناسایی ژن ها و میکرو RNAهای کلیدی درگیر در مسیر آپوپتوزیس عقرب Androctonus crassicauda abstract

رخداد مرگ سلولی برنامه ریزی شده یا آپوپتوزیس به عنوان روش حفاظت شده، تحت کنترل تعدادی ژن قرار دارد که جهت حذف سلول های غیر ضروری بکار می رود. این رویداد سلولی در سیستم های مرتبط با ایمنی و بیماری دخیل است. آپوپتوزیس یک مکانیسم تنظیم گر سلولی است که اثرات تکثیر سلولی و مرگ سلولی را متعادل می کند. در مسیر آپوپتوزیس، ژن ها و مولکول های فراوانی درگیر هستند. اخیرا گسترش تولید داده ها با استفاده از تکنیک RNAseq نشان داده که میکرو RNAها، نقش مهمی در تنظیم مرگ سلولی برنامه ریزی شده یا آپوپتوزیس بازی می کنند. هدف از این مطالعه شناسایی ژن ها و میکروRNAی کلیدی موثر در مسیر آپوپتوزیس در عقرب های آندروکتونوس کراسیکودا بود. مواد و روش ها: در این پژوهش پس از توالی یابی ترانسکریپتوم غده زهر عقرب های اندوروکتونوس کراسیکودا با استفاده از پلتفرم ایلومینا ۲۰۰۰ Hiseq و پیکربندی ترانسکریپتوم با استفاده از نرم افزار Trinity، مهم ترین پروتئین های ترانسکریپتوم غده زهر عقرب دخیل در آپوپتوزیس با استفاده از پایگاه اطلاعاتی KEGG شناسایی شدند. رسم شبکه ژنی آپوپتوزیس با نرم افزار استرینگ، تجزیه و تحلیل شبکه برهمکنش پروتئینی با استفاده از نرم افزار سایتواسکیپ و بررسی هستی شناسی ژن های کلیدی به وسیله پایگاه WebGestalt صورت گرفت. علاوه بر آن پس از شناسایی میکرو RNAهای عقرب با استفاده از جستجوی همسانی، پیش بینی ژن های هدف و رسم شبکه میانکنش پروتئین- میکروRNA توسط برنامه های miRTarBase, TarBase ,miRecords و نرم افزار miRNet انجام گرفت. نتایج: سه مسیر مرتبط با آپوپتوزیس شناسایی شدند که ۱۰۳ پروتئین از آن ها استخراج شدند. نتایج به دست آمده از آنالیز شبکه برهمکنش پروتئینی منجر به شناسایی ۳۰ ژن کلیدی دخیل در بروز آپوپتوزیس شد که بر اساس نتایج بدست آمده، موثرترین ژن های کلیدی درگیر در بروز آپوپتوزیس Akt۱،bsk ، Jra، Dronc و rl هستند. نتایج تجزیه و تحلیل آماری شبکه برهمکنش پروتئین- میکروRNA نیز نشان داد که میکروRNAی mir-۷-۵p بیش ترین ارزش را درا می باشد. نتیجه گیری: نتایج این بررسی نشان داد که میکروRNAها در تنظیم بسیاری از ژن های مسیر آپوپتوزیس نقش اساسی ایفا می کنند و می توان برای کنترل بیان ژن ها از آن ها کمک گرفت.

شناسایی ژن ها و میکرو RNAهای کلیدی درگیر در مسیر آپوپتوزیس عقرب Androctonus crassicauda Keywords:

عقرب آندروکتونوس کراسیکودا , شبکه ژنی آپوپتوزیس , برهمکنش پروتئینی- میکروRNA

شناسایی ژن ها و میکرو RNAهای کلیدی درگیر در مسیر آپوپتوزیس عقرب Androctonus crassicauda authors

فاطمه ثعلبی

استادیار سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی شعبه اهواز، گروه جانوران سمی و تولید پادزهر، اهواز، ایران

هدیه جعفری

استادیار، گروه جانوران سمی و تولید پادزهر، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی شعبه جنوب غرب کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اهواز، ایران

علیرضا فروزان

گروه جانوران سمی و تولید پادزهر، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی شعبه جنوب غرب کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اهواز، ایران

محمد نعمتی

گروه جانوران سمی و تولید پادزهر، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی شعبه جنوب غرب کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اهواز، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

احسنی محمدرضا، محمدآبادی محمدرضا ، اسدی فوزی و همکاران (۱۳۹۸) ...

توحیدی نژاد فاطمه، محمدآبادی محمدرضا، اسمعیلی زاده کشکوئیه علی، نجمی ...

بررسی بیان ژن CIB4 در بافت های مختلف گوسفند کرمانی با استفاده از Real Time qPCR [مقاله ژورنالی]

محمدآبادی محمدرضا، کرد محبوبه، نظری محمود (۱۳۹۷) مطالعه بیان ژن ...

ReferencesAbdel-Rahman MA, Quintero-Hernandez V, Possani LD (۲۰۱۳) Venom proteomic and ...

Ahsani MR, Mohammadabadi MR, Asadi Fozi M et al. (۲۰۱۹a) ...

Ahsani MR, Mohammadabadi MR, Asadi Fozi M et al. (۲۰۱۹b) ...

Altuvia Y, Landgraf P, Lithwick G, Elefant N, Pfeffer S, ...

Ambros V (۲۰۰۴) The functions of animal microRNAs. Nature ۴۳۱, ...

Bader GD, Hogue CW (۲۰۰۳) An automated method for finding ...

Bucaretchi F, Fernandes LC, Fernandes CB, et al. (۲۰۱۴) Clinical ...

Cai X, Hagedorn CH, Cullen BR (۲۰۰۴) Human microRNAs are ...

Chakrabarti M, Ray SK (۲۰۱۶) Anti-tumor activities of luteolin and ...

Datta SR, Brunet A, Greenberg ME (۱۹۹۹) Cellular survival: a ...

Denli AM, Tops BB, Plasterk RH, et al. (۲۰۰۴) Processing ...

Dennis G, Sherman BT, Hosack DA, et al. (۲۰۰۳) DAVID: ...

Förstemann K, Tomari Y, Du T, et al. (۲۰۰۵) Normal ...

Green BD, Jabbour AM, Sandow JJ, et al. (۲۰۱۳) Akt۱ ...

Gregory RI, Shiekhattar R (۲۰۰۵) MicroRNA biogenesis and cancer. Cancer ...

Griffiths-Jones S, Grocock RJ, Van Dongen S, et al. (۲۰۰۶) ...

Hu C, Zhu S, Wang J, et al. (۲۰۱۹) Schistosoma ...

Kefas B, Godlewski J, Comeau L, et al. (۲۰۰۸) microRNA-۷ ...

Kerr JF, Wyllie AH, Currie AR (۱۹۷۲) Apoptosis: a basic ...

Kim AH, Khursigara G, Sun X, et al. (۲۰۰۱) Akt ...

Kim Y-W, Kim EY, Jeon D, et al. (۲۰۱۴) Differential ...

Knight SW, Bass BL (۲۰۰۱) A role for the RNase ...

Li JZ-H, Gao W, Lei W-B, et al. (۲۰۱۶) MicroRNA ...

Liu M-L, Zhang Q, Yuan X, et al. (۲۰۱۸) Long ...

Lohse M, Bolger AM, Nagel A, et al. (۲۰۱۲) RobiNA: ...

Mohammadabadi MR, Tohidinejad F (۲۰۱۷) Charachteristics determination of Rheb gene ...

Mohammadabadi MR, Jafari AHD, Bordbar F (۲۰۱۷) Molecular analysis of ...

Mohammadabadi MR, Kord M, Nazari M (۲۰۱۸) Studying expression of ...

Rendón-Anaya M, Delaye L, Possani LD, Herrera-Estrella A (۲۰۱۲) Global ...

Shi Y, Luo X, Li P, et al. (۲۰۱۵) miR-۷-۵p ...

Song W-H, Feng X-J, Gong S-J, et al. (۲۰۱۵) microRNA-۶۲۲ ...

Tohidi nezhad F, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh AK, Najmi Noori A ...

Visalli M, Bartolotta M, Polito F, et al. (۲۰۱۸) miRNA ...

Wu Y-F, Li Z-R, Cheng Z-Q, et al. (۲۰۱۷) Decrease ...

Xu M, Mo Y-Y (۲۰۱۲) The AKT-associated microRNAs. Cellular and ...

Yang BF, Lu YJ, Wang ZG (۲۰۰۹) MicroRNAs and apoptosis: ...

Yin CY, Kong W, Jiang J, et al. (۲۰۱۹) miR‑۷‑۵p ...

Zhang R, Luo H, Wang S, et al. (۲۰۱۵) MiR-۶۲۲ ...

Zheng Y, Nie P, Xu S (۲۰۲۰) Long noncoding RNA ...

نمایش کامل مراجع