سیویلیکا را در شبکه های اجتماعی دنبال نمایید.

Login
PapersConferencesJournals

ارزیابی بیوانفورماتیکی تاثیر ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی Hyssopus officinalis L. ، Tragopogon graminifolius و Avicennia marina L. در مهار پروتئین های موثر در بروز مقاومت آنتی بیوتیکی در Acinetobacter baumannii

Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 13، Issue: 2
Publish Year: 1400
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 259

This Paper With 24 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Export:

Link to this Paper:
https://civilica.com/doc/1249079

Document National Code:

JR_JOAGK-13-2_008

Index date: 2 August 2021

ارزیابی بیوانفورماتیکی تاثیر ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی Hyssopus officinalis L. ، Tragopogon graminifolius و Avicennia marina L. در مهار پروتئین های موثر در بروز مقاومت آنتی بیوتیکی در Acinetobacter baumannii abstract

هدف: استینوباکتر بومانی باکتری مهمی در ایجاد عفونت­های بیمارستانی می­باشد که مقاومت چند دارویی دارد. چندین عامل در مقاوم شدن این باکتری­ها در برابر داروها نقش دارند که مهم­ترین آن­ها پروتئین­های OXA-۲۴ beta-lactamase، OXA-۲۳ beta-lactamase وOUTER MEMBRANE PROTEIN A (OMPA)  هستند. در همین راستا هدف از این مطالعه بررسی اثر مهارکنندگی ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی شنگ، زوفا و مانگرو بر این پروتئین­های استینوباکتر در محیط in silico می­باشد. مواد و روش ها: در این پژوهش نخست ساختار ترکیبات گیاهی  و پروتئین­های مورد بررسی به ترتیب از پایگاه­های  PubChem  و PDB دریافت و سپس خصوصیات فیزیکوشیمیایی ترکیبات گیاهی و همین­طور پتانسیل جهش­زایی آن­ها به ترتیب توسط سرور Swiss ADME  و نرم­افزار Toxtree-v۲.۶.۱۳ پیش­بینی شدند. برای انجام داکینگ مولکولی و برهمکنش میان ترکیبات گیاهی و پروتئین­های مورد نظر از محیط­های ViewerLite، Chimera ۱.۱۴، Discovery Studio ، AutoDockTools-۱.۵.۶  و AutoDock Vina استفاده شد. در نهایت، نتایج با استفاده از سه برنامه AutoDockTools ،Visualizer DS و Ligplot مورد آنالیز قرار گرفت. نتایج: پتانسیل جهش­زایی و مهار سیتوکروم­ها نشان دادند ترکیبات مربوط به H. officinalis پتانسیل جهش­زایی و سمیت سلولی بالاتری نسبت به دو گیاه دیگر داشتند. علاوه بر این، نتایج نشان داد که ترکیبات گیاهی A. marina  جذب گوارشی بالاتری در مقایسه با سایر ترکیبات دارند. بررسی مقایسه­ای برهمکنش­ها نشان داد که ترکیبات گیاه H. officinalis و A. marina  برهمکنش­های قوی­تری را با پروتئین­های مورد بررسی انجام می­دهند. علاوه بر این مشخص شد قوی­ترین برهمکنش­های رخ داده بین ترکیبات گیاهی و پروتئین ۱BXWمی­باشد. از طرف دیگر مشخص شد ترکیبات گیاه T. graminifolius برهمکنش­های ضعیف­تری را با پروتئین­های مورد ارزیابی ایجاد می­کنند. نتیجه گیری: بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعات داکینگ، در میان تمام ترکیبات مورد ارزیابی در هر سه پروتئین ۱BXW، ۳G۴P و۴K۰X ، بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیبات cis-pinocamphone و۳,۵-difluorophenyl ester ۲,۶-difluorobenzoic acid به ترتیب از گیاهان زوفا و مانگرو است. در حقیقت این ترکیبات با منفی­ترین سطح انرژی اتصال (به ترتیب  Kcal/mol۹- و ۸/۸-) تمایل بیشتری برای اتصال به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال هر سه پروتئین مورد مطالعه دارد. بنابراین ترکیبات مذکور می­توانند به عنوان نامزدهای بسیار مناسبی برای بررسی آزمایشگاهی و in vivo فعالیت ضد A. baumannii محسوب شوند.

ارزیابی بیوانفورماتیکی تاثیر ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی Hyssopus officinalis L. ، Tragopogon graminifolius و Avicennia marina L. در مهار پروتئین های موثر در بروز مقاومت آنتی بیوتیکی در Acinetobacter baumannii Keywords:

ارزیابی بیوانفورماتیکی تاثیر ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی Hyssopus officinalis L. ، Tragopogon graminifolius و Avicennia marina L. در مهار پروتئین های موثر در بروز مقاومت آنتی بیوتیکی در Acinetobacter baumannii authors

مرضیه اتحادپور

مرکز آموزش عالی کشاورزی بردسیر - دانشگاه باهنر کرمان - کرمان

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
حسن شاهیان م، سعادت فر ا، معصومی ف (۲۰۱۹) بررسی ...
قاسمی م، حبیبی ر، صدیقی م و همکاران (۲۰۱۹) اثر ...
محمودپور م، عسکری ا، یوسفی ف و همکاران (۲۰۱۹) بررسی ...
نجف پور نوایی م، میرزا م (۲۰۰۳) مقایسه ترکیبهای شیمیایی ...
ReferencesAmir GZ, Azadbakht M, Keshavarzi F (۲۰۰۰) Echium amoenum stimulate ...
Bandaranayake WM (۲۰۰۲) Bioactivities, bioactive compounds and chemical constituents of ...
Bayram Y, Parlak M, Aypak C et al. (۲۰۱۳) Three-year ...
Blundell TL, Sibanda BL, Montalvão RW et al. (۲۰۰۶) Structural ...
Chakraborty B, Nath A, Saikia H et al. (۲۰۱۴) Bactericidal ...
Daina A, Michielin O, and Zoete V (۲۰۱۷) SwissADME: A ...
DeLano WL (۲۰۰۲) The PyMOL molecular graphics system. San Carlos, ...
Farhoudi R (۲۰۱۳) Effect of drought stress on chemical constituents, ...
Fathiazad F, Hamedeyazdan S (۲۰۱۱) A review on Hyssopus officinalis ...
Figueiredo AC, Barroso JG, Pedro LG et al. (۲۰۰۸) Factors ...
Ghasemi M, Habibi R, Sedighi M et al. (۲۰۱۹) Antibacterial ...
Guedes IA, de Magalhães CS, Dardenne LE (۲۰۱۷) Receptor-Ligand Molecular ...
Hanwell MD, Curtis DE, Lonie DC et al (۲۰۱۲) Avogadro: ...
Hassanshahian M, Saadatfar A, Masoumi F (۲۰۱۹) Antimicrobial properties of ...
Heidari MR, Azad EM, Mehrabani M (۲۰۰۶) Evaluation of the ...
Jahani S, Saeidi S, Javadian F et al. (۲۰۱۶) Investigating ...
Jeon JH, Lee JH, Lee JJ et al. (۲۰۱۵) Structural ...
Karmostaji A, Najar Peerayeh S, Hatef Salmanian A (۲۰۱۳) Distribution ...
Kreis W, Kaplan MH, Freeman J et al. (۱۹۹۰) Inhibition ...
Laskowski RA, Swindells MB (۲۰۱۱) LigPlot+: multiple ligand–protein interaction diagrams ...
Letessier M, Svoboda K, Walters D (۲۰۰۱) Antifungal activity of ...
Lin M-F, Lan C-Y (۲۰۱۴) Antimicrobial resistance in Acinetobacter baumannii: ...
Mahmudpour M, Askari A, Yousefi F (۲۰۱۹) Antibacterial effect leaf ...
Mashhady MA, Abkhoo J, Jahani S et al. (۲۰۱۶) Inhibitory ...
Merkier AK, Centrón D (۲۰۰۶) blaOXA-۵۱-type β-lactamase genes are ubiquitous ...
Mimica-Dukić N, Bugarin D, Grbović S et al. (۲۰۱۰) Essential ...
Molecular Property Predictions Osiris Property Explorer, From: http://www.cheminformatics.ch/propertyExplorer/, Accessed ۶ ...
Morris GM, Huey R, Lindstrom W et al (۲۰۰۹) Autodock۴ and AutoDockTools۴: Automated docking with selective receptor ...
Najafpour Navaei M, Mirza M (۲۰۰۳) Comparative study on the ...
Nosrati M, Behbahani M (۲۰۱۶) In vitro and in silico ...
Nosrati M, Shakeran Z, Shakeran Z (۲۰۱۸) Frangulosid as a ...
Özer H, Sökmen M, Güllüce M et al. (۲۰۰۶) In ...
Peleg AY, Seifert H, Paterson DL (۲۰۰۸) Acinetobacter baumannii: emergence ...
Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC et al. (۲۰۰۴) UCSF ...
Pirbalouti AG, Malekpoor F, Salimi A et al. (۲۰۱۷) Effects ...
Poirel L, Mansour W, Bouallegue O et al. (۲۰۰۸) Carbapenem-resistant ...
Poirel L, Marqué S, Héritier C et al. (۲۰۰۵) OXA-۵۸, ...
Pradhan J, Sahoo S, Lalotra S et al. (۲۰۱۷) Positive ...
Ranjbar A, Khorami S, Safarabadi M et al. (۲۰۰۶) Antioxidant ...
Ravikumar S, Gnanadesigan M, Suganthi P et al. (۲۰۱۰) Antibacterial ...
Saad S, Taher M, Susanti D et al. (۲۰۱۲) In ...
Saeidi S, Shiri Y, Bokaeian M et al. (۲۰۱۴) Antibacterial ...
Said-Al Ahl HA, Abbas ZK, Sabra AS et al. (۲۰۱۵) ...
Sato M, Tsuchiya H, Akagiri M et al. (۱۹۹۷) Growth ...
Savithramma N, Rao ML, Suhrulatha D (۲۰۱۱) Screening of medicinal ...
Savoia D (۲۰۱۲) Plant-derived antimicrobial compounds: alternatives to antibiotics. Future ...
Smani Y, Fàbrega A, Roca I et al. (۲۰۱۴) Role ...
Smith CA, Antunes NT, Toth M et al. (۲۰۱۴) Crystal ...
Spence RP, Towner KJ, Henwood CJ et al. (۲۰۰۲) Population ...
Srivastava A, Awasthi K, Kumar B et al. (۲۰۱۸) Pharmacognostic ...
Talei GR, Meshkatalsadat MH, Mosavi SZ (۲۰۰۸) Antibacterial activity native ...
Trott O, Olson AJ (۲۰۱۰) AutoDock Vina: improving the speed ...
Turton JF, Woodford N, Glover J et al. (۲۰۰۶) Identification ...
Vallejo MCG, Herraiz JG, Pérez-Alonso MJ et al. (۱۹۹۵) Volatile ...
Weinstein RA (۲۰۰۱) Controlling antimicrobial resistance in hospitals: infection control ...
Zawiślak G (۲۰۱۳) Morphological characters of Hyssopus officinalis L. and ...
Zidorn C, Ellmerer E, Sturm S et al. (۲۰۱۰) E ...
نمایش کامل مراجع