مقایسه روش های چند مرحله ای و تک مرحله ای بیزی برای برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی در حیوانات ژنوتیپ شده و نشده- مطالعه شبیه سازی
Publish place: Research on Animal Production، Vol: 10، Issue: 26
Publish Year: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 232
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-10-26_014
تاریخ نمایه سازی: 4 مهر 1400
Abstract:
هدف از این مطالعه، مقایسه صحت ارزیابی ژنومی روش های چندمرحله ای BayesA، BayesB،BayesC ، BayesL و روش های تک مرحله ای بیزیSSBR-C و SSBR-A در مقادیر متفاوت π برای برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی حیوانات تعیین ژنوتیپ شده و نشده بود. ژنومی حاوی ۴۰۰۰۰ نشانگر تک نوکلئوتیدی دوآللی پراکنده شده روی ۲۰ کروموزوم هرکدام به طول ۱۰۰ سانتی مورگان شبیه سازی شد. مقادیر بهینه π در روش BayesC به ترتیب ۹۸۰/۰ و ۹۹۵/۰ در دو توزیع نرمال و گامای اثرات ژنی برآورد شد و در روش SSBR-C نیز مورد استفاده قرار گرفت. صحت پیش بینی ژنومی در روش SSBR–C (π=۰.۹۹۵) نسبت به سایر روش ها از ۰۲/۰ تا ۰۹/۰ در توزیع گامای اثرات ژنی بیشتر برآورد شد. بنابراین، روشSSBR–C (π=۰.۹۹۵) با در نظر گرفتن توزیع مزدوج و استفاده همزمان از همه اطلاعات شجره ای، فنوتیپی و ژنومی توانست در حالت توزیع گامای اثرات ژنی عملکرد بهتری را از خود نشان داده و انتخاب مناسب تری به شمار رود. کلیه روش های تک مرحله ای و چندمرحلهای بیزی عملکرد تقریبا مشابهی را در حالت توزیع نرمال اثرات ژنی از خود نشان دادند. فلذا، در حالت توزیع نرمال اثرات ژنی توصیه می شود تا از روش SSBR–C (π=۰) با توجه به ضریب تابعیت پیش بینی ژنومی نزدیک به یک استفاده شود. همچنین، افت صحت پیش بینی ژنومی با افزایش فاصله نسلی بین جمعیت مرجع و تایید برای افراد ژنوتیپ شده در مقایسه با افراد ژنوتیپ نشده از حساسیت کمتری برخوردار بود.
Keywords:
Authors
مصطفی مدد
university of Tabriz
جلیل شجاع
university of Tabriz
صادق علیجانی
university of Tabriz
سید عباس رافت
university of Tabriz
جک دکرز
Iowa state university
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :