ارزیابی ژنومی صفات آستانه ای با معماری های ژنتیکی متفاوت با استفاده از روش های بیزی

این مطالعه به منظور بررسی صحت روش های مختلف بیزی در پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی برای صفات آستانه­ای با معماری ژنتیکی متفاوت از نظر توزیع اثرات ژنی و تعداد جایگاه موثر بر صفت کمی انجام شد. ژنومی شامل سه کروموزوم هر یک به طول یک مورگان، و بر روی هر کروموزوم۲۰۰۰ نشان گر چندشکلی تک­نوکلئوتیدی شبیه سازی شد. تعداد QTLهای فرض شده ۰۱/۰، ۰۵/۰ و ۱۰/۰ کل SNPها بودند که با توزیع اثرات نرمال، گاما و یکنواخت شبیه سازی شدند. صفات آستانه ای مورد مطالعه شامل یک صفت یک آستانه ای (زنده­مانی) و یک صفت دو آستانه ای (تعداد فرزند در هر زایش) بود. ارزش های اصلاحی ژنومی افراد جمعیت مرجع و تایید با استفاده از اثرات نشان گری برآورد شده توسط رگرسیون ریج بیزی(BRR)، بیز A (Bayes A)، بیز B (Bayes B)، بیز C (Bayes C) و بیز L (Bayes L)پیش بینی شد. مقایسه صحت پیش بینی روش ها (همبستگی بین ارزش های اصلاحی برآورد شده و واقعی) نشان داد که روش های بیزی روش های قدرتمندی بوده و تفاوت معنی داری در ارزیابی ژنومی صفات آستانه ای ندارند. کارایی روش ها در ارزیابی صفت دوآستانه ای به طور معنی داری از صفت یک آستانه ای بالاتر بود. نوسانات غیرمعنی دار و غیرمنظمی در صحت روش های مورد مطالعه بین تعداد مختلف QTL و توزیع های مختلف آماری مشاهده شد. هم چنین نتایج نشان داد که افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و هدف، به دلیل شکستن فاز پیوستگی (LD) بین نشان گر و QTL، صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی حیوانات را به طور معنی داری کاهش می­دهد.

Keywords:

Bayesian methods , Genome , Genetic architecture , Threshold traits , صفات آستانه ای , معماری ژنتیکی , ژنوم , روش های بیزی