مطالعه ی پویش کل ژنوم برپایه ی تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ی ژنی مرتبط با صفات رشد در لاین اینترکراس پیشرفته مرغ

زمینه مطالعاتی: درک کنترل ژنتیکی صفات رشد یکی از مهم ترین اهداف اصلاح نژادی در صنعت طیور است. هدف: پژوهش حاضر به منظور مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه های ژنی موثر بر برخی صفات مرتبط با وزن بدن و طول و قطر شانک در یک لاین اینترکراس پیشرفته (AIL) با استفاده از تکنیک توالی یابی GBS بوده است. روش کار: به منظور مطالعه پویش کل ژنومی از ۵۹۹ قطعه مرغ و رکورد فنوتیپی مرتبط با صفات رشد شامل وزن بدن از هچ تا ۱۴ هفتگی و طول و قطر شانگ از ۴ تا ۱۲ هفتگی استفاده گردید. آنالیز پویش کل ژنومی در برنامه GCTA نسخه ۹۲/۱ انجام شد. در مرحله بعد آنالیز غنی سازی ژنی با استفاده از بسته نرم افزاری goseq برنامه R و هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا از طریق پایگاه های برخط GO، Metacyc، KEGG، Reactome و Panther انجام گردید. نتایج: تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که مناطق ژنومی شناسایی شده به طور مستقیم و غیر مستقیم با ژن های موثر بر رشد عضلات اسکلتی، وزن بدن، متابولیسم انرژی و رشد و توسعه استخوان همپوشانی دارند. در این پژوهش نشانگر تک نوکلئوتیدی معنی داری واقع روی کروموزوم های ۱، ۲، ۴، ۵، ۷، ۸، ۱۰ ، ۱۱ و ۲۷ شناسایی شدند که با ژن های MSTN، CAPN۳، PNPLA۳، ANXA۲، IGF۱، LDB۲، LEPR، FN۱، TMEM۱۳۵ ،MC۴R ، EDN۱ و ADAMTS۱۸ مرتبط بودند. در آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی تعداد ۱۹ مسیر هستی شناسی ژنی و مسیر KEGG با صفات وزن بدن و طول و قطر شانک مرتبط بودند (P˂۰.۰۵). از این بین، مسیرهای Regulation of muscle organ development، Regulation of cell growth و Anatomical structure homeostasis نقش مهمی در رشد و توسعه عضلات اسکلتی داشتند. همچنین در ارتباط با طول و قطر شانک مسیرهای Positive regulation of ossification، Positive regulation of cytosolic calcium ion وCalcium signaling pathway ارتباط معنی داری داشتند. نتیجه گیری نهایی: با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی صفات وزن بدن و طول و قطر شانک، همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید، آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی درک بهتری از کنترل ژنتیکی صفات رشد را نشان می دهد. استفاده از نتایج این تحقیق می تواند باعث تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامه های اصلاح نژادی مرغ شود.

Keywords:

آنالیز غنی سازی , پویش ژنوم , ژن کاندیدا , مرغ , وزن بدن