تبارزایی، تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ویروس زردی بافت مرده باقلا براساس ترادف نوکلئوتیدی قطعه ژنومی M

ویروس زردی بافت مرده باقلا (Faba bean necrotic yellows virus, FBNYV) از جنس Nanovirus، عامل ایجاد خسارت شدید حبوبات در کشورهای شمال آفریقا، جنوب آسیا و اروپا به­شمار می­رود. پس از تعیین ترادف نوکلئوتیدی کامل قطعه ژنومی M تعداد ۱۷ جدایه میزبانی و جغرافیایی این ویروس از ایران، تحلیل­های مختلف مولکولی این ویروس براساس این قطعه ژنومی مربوط به تمام جدایه های در دسترس ویروس مورد بررسی قرارگرفت. رسم درخت تبارزایی بر اساس ترادف نوکلئوتیدی قطعه ژنومی M نشان داد که جدایه­های FBNYV در دنیا در سه شاخه مجزا، شامل جدایه­های ایران و آذربایجان به عنوان شاخه­ای مستقل، قرار می­گیرند. تخمین فواصل ژنتیکی زیرجمعیت­های میزبانی ویروس، نشانگر شواهدی از نقش سازگاری میزبانی در انتخاب طبیعی FBNYV بود. وجود جریان ژنی بین زیرجمعیت های ایران و آذربایجان و نیز زیرجمعیت­های اسپانیا و قاره آفریقا نشانگر ارتباط خاستگاه این زیرجمعیت­ها است. بیشترین تنوع ژنتیکی قطعه ژنومی M ویروس در زیرجمعیت مرکز ایران برآورد شد. همچنین شاخص dN/dS کمتر از یک این قطعه ژنومی ویروس بیانگر اعمال فشار انتخاب منفی بر پروتئین حرکتی FBNYV است. در بررسی احتمال وقوع نوترکیبی در قطعه ژنومی M این ویروس، وقوع هفت از نه رخداد نوترکیبی در جدایه­های ایرانی FBNYV ردیابی شد. این اولین گزارش از آلودگی نخودفرنگی به ویروس زردی بافت مرده باقلا از ایران است. همچنین ترادف کامل قطعه ژنومی M جدایه­های لوبیا و نخودفرنگی این ویروس برای اولین بار در دنیا به­دست آمد.

Keywords:

نانوویروس , تنوع نوکلئوتیدی , درخت تبارزایی , انتخاب منفی , سازگاری میزبانی