اثر تعداد و توزیع اثرات QTL بر صحت پیش بینی های ژنومی برخی روش های آماری در یک صفت آستانه ای
Publish place: Iranian Journal of Animal Science Research، Vol: 9، Issue: 2
Publish Year: 1396
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 129
This Paper With 8 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JASR-9-2_005
تاریخ نمایه سازی: 25 اسفند 1400
Abstract:
هدف این مطالعه استفاده از شبیه سازی تصادفی برای محاسبه ارزش های اصلاحی ژنومی در سناریوهایی با تعداد و توزیع مختلف آماری برای اثرات QTL در یک صفت آستانه ای با استفاده از روش های بیزیA، B، C، L و R بود. برای شبیه سازی سناریوهای مختلف، ابتدا یک نسل پایه با تعداد ۱۰۰ حیوان ایجاد شد که به مدت ۵۰ نسل با هم آمیزش تصادفی داشتند. جمعیت مرجعی با اندازه ۱۰۰۰ حیوان از تلاقی تصادفی افراد نسل ۵۰ ایجاد شد و برای این حیوانات یک صفت آستانه ای شبیه سازی شد. از تلاقی تصادفی افراد جمعیت مرجع، جمعیت تایید ایجاد شد که فاقد اطلاعات فنوتیپی بودند. برای هر حیوان، ژنومی به طول ۱۰ مورگان شبیه سازی شد و ۱۰۰۰۰ نشانگر با فواصل یکسان بر روی آن قرار گرفت. در هر سناریو QTL هایی با توزیع مختلف برای اثرات آن به صورت تصادفی بر روی ژنوم پخش شد. اثرات نشانگرها در جمعیت مرجع به وسیله روش های مختلف بیزی برآورد گردید و ارزش های اصلاحی ژنومی حیوانات فاقد فنوتیپ جمعیت تایید با استفاده از این اثرات محاسبه شد. صحت ارزش های اصلاحی مبنای مقایسه سناریوهای مختلف این تحقیق قرار گرفت. در روش های بیزی مورد بررسی به استثنای روش بیزی R و L که در همه سناریوها صحت مشابهی داشتند، در بین سایر روش های بیزی، بیز B با تعداد دهQTL و توزیع گاما بالاترین صحت ارزش های اصلاحی را داشت. با افزایش تعداد QTL ها صحت ارزش های اصلاحی برآوردی با استفاده از روش های بیزی A، B وC کمتر شد، به گونه ای که برای تعداد ۱۵۰ QTL و بالاتر صحت ارزش های اصلاحی آنها تقریبا برابر با روش بیزی R و L شد. به طور کلی نتایج این پژوهش نشان داد که روش های آماری مقایسه شده در معماری متفاوت صفت نتایج متفاوتی ارائه می دهند، ولی می توان برای صفات آستانه ای که با تعداد کمی ژن کنترل می شوند یا دارای یک یا چند ژن با اثر عمده هستند، از روش هایی مانند بیز B استفاده کرد.
Keywords:
Authors
صاحب فروتنی فر
رازی کرمانشاه
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :