مطالعه توزیع آماری اثرات QTL بر صحت ارزش های اصلاحی ژنومی برآورد شده با روش Bayesian
Publish place: Iranian Journal of Animal Science Research، Vol: 7، Issue: 3
Publish Year: 1394
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 148
This Paper With 8 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JASR-7-3_012
تاریخ نمایه سازی: 25 اسفند 1400
Abstract:
هدف تحقیق بررسی اثر دو توزیع گاما و بتا به طور جداگانه بر صحت ارزیابی ژنتیکی بود. به این منظور ژنومی متشکل از ۱۰ کروموزوم هر یک به طول ۲۰۰ سانتی مورگان شبیه سازی شد. نشانگرها بر روی ژنوم با فواصل ۲/۰ سانتی مورگان طراحی شدند و جایگاه های ژنی موثر بر صفات بر روی ژنوم با توزیع تصادفی و تعداد متغیر شبیه سازی شدند و تنها اثرات افزایشی ژن ها در نظر گرفته شد. در ابتدا جمعیت پایه ای از حیوانات با اندازه موثر ۱۰۰ شبیه سازی شد و این ساختار جمعیتی برای ۵۰ نسل با آمیزش تصادفی ادامه یافت تا عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTL ایجاد شود. پس از این اندازه جمعیت به ۱۰۰۰ فرد در نسل ۵۱ (نسل مرجع) گسترش یافت. در نسل مرجع براساس اطلاعات ژنومیک و فنوتیپی اثرات نشانگری محاسبه گردید. در نسل ۵۲ تا ۵۷ (نسل هدف) ارزش اصلاحی محاسبه شد. نتایج نشان داد که در همه توزیع ها هر چه از جمعیت مرجع دور می شویم، با افزایش نسل ها از نسل ۵۱ به ۵۷ صحت برآورد ارزش اصلاحی ژنومی کاهش مییابد. همچنین وراثت پذیری بالا (۲/۰) نسبت به وراثت پذیری پایین (۰۵/۰) در تعداد QTL مشابه از صحت بیشتری برخوردار می باشد. در مقایسه توزیع ها در وراثت پذیری پایین، با تعداد ۱۰ QTL، توزیع گاما ۲، با تعداد ۲۰ QTL، توزیع گاما ۱ و با تعداد ۵۰ و ۱۰۰ QTL توزیع بتا برآوردها صحت بیشتری در دو روش Lasso و Ridge داشتند؛ در وراثت پذیری بالا، با تعداد ۵۰ و ۱۰۰ QTL توزیع گاما ۲ در دو روش Lasso و Ridge برتری داشت. به طورکلی توزیع گاما باعث افزایش صحت برآورد ارزش اصلاحی ژنومی شد.
Keywords:
Authors
نازنین محمودی
شهید باهنر کرمان
احمد آیت اللهی مهرجردی
دانشگاه شهید باهنر کرمان
محمود هنرور
دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهر قدس
علی اسماعیلی زاده کشکوئیه
دانشگاه باهنر کرمان
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :