تجزیه و تحلیل خوشه ای صفت تولید چربی شیر در گاوهای شیری با استفاده از فراتحلیل مطالعات پویش ژنومی
Publish place: Journal of Animal science، Vol: 31، Issue: 4
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 143
This Paper With 14 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ANIMAL-31-4_003
تاریخ نمایه سازی: 29 فروردین 1401
Abstract:
زمینه مطالعاتی: فراتحلیل، یک روش آماری است که نتایج حاصل از مطالعات متعدد علمی را با هم ترکیب می کند. هدف: این مطالعه با هدف بررسی فراتحلیل مطالعات پویش ژنومی (GWAS) در تجزیه و تحلیل خوشه ای تلاش می کند تا با تجمیع مطالعات انفرادی، صحت نتایج حاصل از مطالعات متعدد را افزایش دهد. همچنین در این تحقیق تلاش شد که با استفاده از تجزیه و تحلیل شبکه، درک بهتری از معماری ژنتیکی صفت مورد مطالعه فراهم آید. روش کار: در این مطالعه، داده های مربوط به ژنهای مرتبط با تولید چربی شیر به روش GWAS مورد استفاده قرار گرفت. داده ها از ۱۹ مطالعه از سال ۲۰۱۰ تا ۲۰۱۹ از نژادهای مختلف گاو شیری (نژاد هلشتاین، جرسی، سوئیسی قهوه ای و قرمز سوئدی) جمع آوری شد. با استفاده از روش فراتحلیل، تمام ژنهای قابل دسترس از خلاصه GWAS (۲۲۳ ژن) با تعاملات پروتئین-پروتئین (PPIs) در شبکه های مولکولی با هم ترکیب شدند، که سهم بسزایی در افزایش توان شناسایی ژنهای موثر بر مقدار تولید چربی شیر داشتند. تجزیه و تحلیل و تجسم این ژنها با استفاده از پلاگین STRING (V۱.۵.۰) در نرم افزار Cytoscape (V۳.۷.۲) اجرا شد. برای خوشه بندی ژنها در شبکه از پلاگین MCODE (V۱.۵.۱) در نرم افزارCytoscape استفاده شد. این پلاگین مناطق متراکم و متصل را با وزن دهی ژنها بر اساس تراکم موقعیت محلی آنها تشخیص می دهد. علاوه بر این، برای تعیین اصطلاحات بیولوژیکی (عملکرد مولکولی، فرآیند بیولوژیکی و اجزای سلولی) مرتبط با مناطق ژنومی و شناسایی شبکه های ژنی از نرم افزار DAVID (V۶.۷) برای آنالیز مسیریابی های غنی شده استفاده شد. نتایج: PPIs منبع مهمی از اطلاعات مربوط به فرآیندهای بیولوژیکی وعملکردهای متابولیکی را در صفت مربوطه فراهم کرد. در مطالعه حاضر، شبکه برهمکنش پروتئین هایی که در تنظیم مقدار تولید چربی شیر نقش داشتند، ترسیم شدند. در این شبکه حدودا ۷ خوشه شناسایی و گروه بندی شدند. پروتئین های موجود در خوشه ها (به عنوان مثال در خوشه ۱:ARHGAP۳۹،CPSF۱ ، CYHR۱، PPP۱R۱۶A، GRINA، MROH۱ و SMPD۵) در PPIs مورد بررسی قرار گرفتند. خوشه های ۱ و ۲ در بین همه ی خوشه های گزارش شده از امتیاز بالایی برخوردار بودند. نتیجه گیری کلی: فراتحلیل خلاصه های آماری پویش ژنومی می تواند درک وسیعی از تجسم شبکه و تجزیه و تحلیل خوشه ای از ژن های شناسایی شده در مسیرهای غنی شده ایجاد کند. ژن های مهم شناسایی شده در این فرآیند می تواند در ارزیابی های ژنومی و برنامه های اصلاح نژادی در مجموعه ای از گاوهای شیری در آینده برای تولید چربی شیر مفید باشد.
Keywords:
Authors
سمیه بخشعلی زاده
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران
سعید زره داران
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهدف ایران
علی جوادمنش
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :