شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی در ژنوم اکوتیپ های مرغ شاخدار ایران برای مطالعه روابط فیلوژنتیکی و میزان همخونی
Publish place: IRANIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE، Vol: 53، Issue: 1
Publish Year: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 135
This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJAS-53-1_005
تاریخ نمایه سازی: 1 تیر 1401
Abstract:
هدف از انجام این پژوهش شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی اکوتیپ های مختلف مرغ گینه ای (مرغ شاخدار) در ایران می باشد. داده های ژنومی ۱۸ قطعه مرغ گینه ای مربوط به شش اکوتیپ مختلف ایران، شامل اکوتیپ های تبریز (آبی و خاکستری)، رشت، تبریز (سفید)، تلاقی رشت و تبریز (آبی و خاکستری)، شیراز و لار تهیه شد. توالییابی کل ژنوم نمونه های مرغ گینه ای به صورتPaired-End با طول خوانش ۱۲۵ جفت باز انجام شد. واکاوی فیلوژنی بر پایه روش های اتصال مجاورین و حداکثر درست نمایی انجام شد. میزان همخونی ژنومی با نرم افزار PLINK برای اکوتیپ ها با طول های مختلف از ژنوم برای شناسایی قطعات هموزایگوس به کار گرفته شد. تعداد ۴۸/۱۴ میلیون چندشکلی تک نوکلئوتیدی شناسایی شد. نتایج واکاوی فیلوژنتیکی با استفاده از هر دو روش نشان داد که دو اکوتیپ شیراز و لار بیشترین مشابهت ژنتیکی را دارند و سایر اکوتیپ ها در گروه های جداگانه ای قرار می گیرند. نتایج همخونی در سطح ژنوم نشان داد که اکوتیپ تبریز (سفید) دارای بیشترین و اکوتیپ تبریز (آبی و خاکستری) دارای کمترین میزان همخونی هستند. نتایج این پژوهش می تواند درک بهتری را از ساختار ژنتیکی اکوتیپ های مرغان شاخدار برای توسعه برنامه های بهنژادی ارایه نماید.
Keywords:
Authors
رعنا پدر
دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
علی اسمعیلی زاده کشکوئیه
استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
احمد آیت اللهی مهرجردی
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
حجت اسداله پور نعنایی
دانش آموخته دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
حامد خراتی کوپایی
دانش آموخته دکتری تخصصی زیست فناوری، پژوهشکده زیست فناوری، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :