آنالیز جهش های بدمعنی ژن CX۳CR۱ در بیماران سقط مکرر با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی

مقدمه: سقط عارضه شایعی است که به پایان زودرس بارداری، با مرگ جنین پیش از هفته ۲۰ بارداری اطلاق می شود. بررسی ها نشان می دهند که ژن های فراوانی در بروز این اختلال دخالت دارند. ژن CX۳CR۱ یکی از این ژن های پاسخ التهابی در دستگاه ایمنی است. در این مطالعه، با به کارگیری روش های مختلف آنالیز بیوانفورماتیکی، به اثبات بیماری زایی واریانت های rs۳۷۳۲۳۷۸ و rs۳۷۳۲۳۷۹ پرداخته شد. مواد و روش ها: در این مطالعه، از ابزارهای بیوانفورماتیکی برای پیش بینی اثر جهش های rs۳۷۳۲۳۷۸ و rs۳۷۳۲۳۷۹ شامل SIFT، PolyPhen ۲، PROVEAN، Predict SNP و Exome Variant Server استفاده گردید. تغییرات پایداری پروتئین جهش یافته با ابزارهای I-Mutant و DynaMut بررسی شد؛ همچنین مدل سازی، بررسی ساختار پروتئین، داکینگ و برهم کنش پروتئین-لیگاند به ترتیب با استفاده از ابزارهای SWISS-MODEL، SwissDock و FRODOCK، نرم افزار PyMOL، Hawkdock و نرم افزار MolSoft انجام گرفت. یافته ها: پلی مورفیسم های بسیار فراوانی در ارتباط با ژن CX۳CR۱ شناخته شده اند. از میان پلی مورفیسم های گزارش شده، تعداد ۲۴۴ پلی مورفیسم مربوط به جهش بدمعنی در بانک اطلاعاتی dbSNP گزارش شده بود که از این تعداد، ۲ جهش بدمعنی rs۳۷۳۲۳۷۸ (g.۳۹۳۰۷۱۶۲ G>A و p.Thr۲۸۰Met) و rs۳۷۳۲۳۷۹ (g.۳۹۳۰۷۲۵۶ C>T و p.Val۲۴۹Ile) مربوط به بیماری سقط مکرر بود و بررسی گردید. نتایج به دست آمده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی نشان داد که احتمالا هر دو واریانت به عنوان جهش بیماری زا پیش بینی شده و باعث تغییر پایداری ساختار پروتئین گردیده اند و در میان کنش با لیگاند تاثیرگذارند. بحث و نتیجه گیری: یافته های این مطالعه نشان می دهد که این دو جهش بدمعنی ژن CX۳CR۱، به عنوان کاندید مهمی برای بیماری زایی سقط مکرر عمل می کنند و شناسایی آن ها در بیماران مبتلا به سقط مکرر می تواند به عنوان یک عامل خطر در نظر گرفته شود.  

Keywords:

Bioinformatics , CX۳CR۱ gene , Pathogenic mutation , Recurrent pregnancy loss , بیوانفورماتیک , ژن CX۳CR۱ , جهش بیماری زا , سقط مکرر