بررسی میزان همخونی ژنومی در گوسفندان بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم (SNP ۶۰۰K)
Publish place: Research on Animal Production، Vol: 13، Issue: 35
Publish Year: 1400
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 282
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_RAP-13-35_018
Index date: 25 July 2022
بررسی میزان همخونی ژنومی در گوسفندان بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم (SNP ۶۰۰K) abstract
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: از آنجاییکه، سطح بالای میزان همخونی در حیوانات اهلی، منجر به کاهش تنوع ژنتیکی و افزایش احتمال هموزیگوت بودن برای آلل های مضر می شود. بنابراین، طول عمر حیوانات همخون به دلیل کاهش شایستگی ژنتیکی، کاهش می یابد. فلذا، در طراحی برنامه های اصلاح نژادی پیش آگاهی از میزان همخونی برای کنترل افزایش همخونی و پیامدهای منفی همخونی ضروری است. در این راستا، برای برآورد ضرایب همخونی می توان از داده های ژنومی استفاده کرد. هدف از انجام پژوهش حاضر، بررسی میزان همخونی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP موجود در سراسر ژنوم حاصل از آرایه Illumina OvineSNP۶۰۰K در گوسفندان بومی ایران بود.
مواد و روش ها: در این تحقیق، همخونی ژنومی تعداد ۱۵۴ نمونه شامل ۱۱ نژاد گوسفندان بومی ایران (کرمانی، بلوچی، افشاری، قره گل، سنجابی، سیاه کبود، لری بختیاری، شال، قزل، کیوسی و کبوده شیراز) مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور، از پنج روش مختلف با استفاده از نرم افزار پلینک استفاده شد: شاخصهای مولکولی ضریب همخونی مبتنی بر هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار (FIS)، ضریب همخونی مبتنی بر هموزیگوسیتی (FROH)، ضریب همخونی مبتنی بر ماتریس روابط ژنومی (FGRM)، ضریب همخونی بر اساس تعداد ژنوتیپ های هموزیگوت مشاهده شده و مورد انتظار (FHOM) و همبستگی گامت های ترکیب شونده(FUNI) .
یافته ها: میانگین فراوانی آلل نادر در گوسفندان بومی ایران ۰/۲۶۸ بود. همچنین، میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب ۰/۳۴۱ و۰/۳۶۰ بدست آمد. کمترین میزان همخونی بر اساس FIS مربوط به نژاد بلوچی و بیشترین مربوط به نژاد شال بود. بیشترین میزان FROH (۰/۱۲۹) در گوسفند نژاد کرمانی و کمترین مقدار آن (۰/۰۱۹) در گوسفند نژاد بلوچی مشاهده شد. همچنین، بیشترین میزان شاخصهای FGRM، FHOM و FUNI مربوط به نژاد کرمانی و کمترین مربوط به نژاد بلوچی بود. بیشترین پوشش ROH در کروموزوم ۲۶ (۲۰/۲۳%) مشاهده شد، در حالیکه کمترین آن در کروموزوم ۲ (۶/۶۲%) بود.
نتیجه گیری: تنوع ژنتیکی گوسفندان بومی ایران متوسط و از ۰/۳۱۵ تا ۰/۳۵۴ بود. ROH در همه نژادها یافت شد بطوریکه، میانگین طول قطعات ROH بین ۴۸ تا ۳۱۸ مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین ۸ تا ۵۳ متغیر بود. میانگین ضرایب همخونی ژنومی برای کل جمعیت گوسفندان بومی مشابه (۰/۰۵) محاسبه گردید. نتایج این تحقیق بیانگر عدم سطح بالای هم خونی ژنومی در اکثر توده های گوسفند بومی ایران است.
بررسی میزان همخونی ژنومی در گوسفندان بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم (SNP ۶۰۰K) Keywords:
Genomic inbreeding , Genetic diversity , Heterozygosity , Iranian native sheep , Single nucleotide polymorphism ۶۰۰K , چند شکلی تک نوکلئوتیدی ۶۰۰K , گوسفندان بومی ایران , همخونی ژنومی , هتروزیگوسیتی
بررسی میزان همخونی ژنومی در گوسفندان بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم (SNP ۶۰۰K) authors
مژده موسی نژاد خبیصی
Department of Animal Science, Kahnooj Branch, Islamic Azad University, Kahnooj, Iran
علی اسمعیلی زاده
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
مسعود اسدی فوزی
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :