بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های ویروس موزائیک زرد کدو بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی
Publish place: Plant pests and diseases، Vol: 84، Issue: 2
Publish Year: 1395
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 228
This Paper With 12 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_JAEN-84-2_009
Index date: 14 September 2022
بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های ویروس موزائیک زرد کدو بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی abstract
پروتئین پوششی نقش های متعددی را در مراحل سیکل آلودگی به عهده دارد و گزینه مناسبی برای مطالعات تبارزایی و تنوع ژنتیکی به حساب می آید. به منظور بررسی آنالیز تبارزایی، تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب بر ژن پروتئین پوششی جدایه های ویروس موزاییک زرد کدو (ZYMV)، هفت جدایه B۱۰، B۲۱، B۲۲، H۷، W۵، Z۳ و Z۱۴ از غرب کشور و از میزبان های متفاوت تعیین توالی و با ۶۵ جدایه قابل دسترس در پایگاه داده های نوکلئوتیدی مورد مقایسه قرار گرفتند. درخت تبارزایی جدایه های این ویروس بر اساس ۴۳۲ نوکلئوتید از ژن پروتئین پوششی در نرم افزار MEGA۶ ترسیم و برآوردهای تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب وارد بر پروتئین پوششی با نرم افزار DnaSP انجام شد. در آنالیز تبارزایی، جدایه ها در سه گروه مجزا تفکیک شدند که جدایه های B۱۰، B۲۱، B۲۲، H۷ و Z۳ در گروه جدایه های ایرانی و اروپایی و دو جدایه Z۱۴ و W۵ در گروهی مجزا همراه با جدایه های شرقی قرار گرفتند. تنوع ژنتیکی (π) بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی(CP) نشان داد که جدایه های شرق نسبت به جدایه های ایران، اروپا و آمریکا بیشترین تنوع (π=۰.۱۰۴) را دارند. همچنین، این قسمت از ژنCP در جدایه های آمریکا از کمترین تنوع (π=۰.۰۲۱۱) برخوردار بود. کمتر از یک شدن نسبت جانشینی مترادف (dS)به غیر مترادف (dN) بیانگر نقش موثر انتخاب منفی در تکامل این ژن بوده است. بررسی نوترکیبی با نرم افزار version ۴.۶۳ RDP۴ حاکی از عدم نوترکیبی در این بخش از ژنوم بود و به نظر می رسد که تغییرات آن در اثر جهش حاصل شده باشد.
بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های ویروس موزائیک زرد کدو بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی Keywords:
بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های ویروس موزائیک زرد کدو بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی authors
حمیدرضا مقام نیا
دانشجوی کارشناسی ارشد بیماری شناسی گیاهی، دانشگاه کردستان
محمد حاجی زاده
استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشگاه کردستان
عبدالباسط عزیزی
استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشگاه کردستان
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :