ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی غنی سازی مجموعه های ژنی در حد فاصل مراحل تسهیم و بلاستوسیست توسعه جنینی گاو با استفاده از داده های ریز آرایه DNA

Publish place: IRANIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE، Vol: 53، Issue: 1
Publish Year: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 169

This Paper With 16 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:
https://civilica.com/doc/1531282

شناسه ملی سند علمی:

JR_IJAS-53-1_006

تاریخ نمایه سازی: 16 مهر 1401

Abstract:

به منظور درک علل مرگ ومیر و همچنین قابلیت زنده مانی جنین گاو، شناخت مسیرهای متابولیکی و الگوهای بیان مجموعه ژنی مرتبط با مراحل حد فاصل تسهیم و بلاستوسیت ضروری  به نظر می رسد. با این انگیزه در این پژوهش مجموعه­های ژنی غنی سازی شده از یک سلول تخم تا مرحله ۱۶ سلولی و بلاستوسیست در توسعه جنینی گاو مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور، داده های خام ریزآرایه DNA از پایگاه داده GEO با دسترسی آزاد، پیاده سازی شدند. سپس، کاوشگرهای متفاوت بیان، با استفاده از نرم افزار برخط agriGO v۲.۰ و به روش تحلیل غنی سازی تکین (SEA)، غنی سازی شدند. نتایج این تحقیق به طور خلاصه، نشان داد که در مجموع، تعداد ۵ ژن؛ KPNA۷، RGS۲، TESC، MLLT۱۱، BMP۱۵ با افزایش بیان و همچنین، تعداد ۵ ژن؛ KRT۸، CLDN۶، PLAC۸، FN۱، KRT۱۸ با الگوی کاهش بیان، بیشترین میزان تفاوت بیان را نشان دادند (۰۵/۰P£). همچنین، در تجزیه و تحلیل SEA، ۳۹ مجموعه ژنی در مسیر فرآیندهای زیستی از جمله متابولیسم­­ NADP، tRNA، ATP، و کاتابولیسم­ فسفولیپیدها، آپوپتوز و رشد سلول، گلیکولیز، میتوز، تعداد ۱۳ مجموعه ژنی در مسیر عملکردهای مولکولی مختلف شامل یون منگنز، rRNA، فعالیت­های اکسیداسیون سیتوکرومC، فاکتور آغازین ترجمه، ATP و فعالیت ATPase و در سطح مولفه­های سلولی ۱۲ مجموعه ژنی از جمله غشای وزیکول­های سیتوپلاسم، غشای شبکه اندوپلاسمیک، میکروتوبول و اسپیندل­ها و غشای پلاسمائی بیشترین غنی سازی (۰۵/۰P£) را نشان دادند. به عنوان نتیجه گیری کلی، مجموعه­های ژنی غنی سازی شده در بلاستوسیست نشان دهنده، آغاز فرآیند تمایز بین سلول ها و انتقال از حالت بلاستوسیست به سمت فرایند لانه­گزینی است. در نهایت، چنین به نظر می رسد که تفاوت الگوی بیان مجموعه­های ژنی و برهمکنش آن­ها در این مرحله احتمالا به زنده ماندن یا تحلیل جنین ختم می­شود.

Keywords:

بلاستوسیست , تسهیم , غنی سازی مجموعه های ژنی , گاو , لقاح

Authors

پیمان خواجه غیاثی

دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران

مهدی امین افشار

استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران

مصطفی قادری زفره ایی

دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاروزی، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران

ناصر امام جمعه کاشان

استاد، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران

محمود هنرور

استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرقدس، شهرقدس، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Aaltonen, J., Laitinen, M. P., Vuojolainen, K., Jaatinen, R., Horelli-Kuitunen, ...
  • Abramow-Newerly, M., Roy, A. A., Nunn, C., & Chidiac, P. ...
  • Adjaye, J., Herwig, R., Brink, T. C., Herrmann, D., Greber, ...
  • Bauersachs, S., Ulbrich, S. E., Zakhartchenko, V., Minten, M., Reichenbach, ...
  • Bazer, F. W., Roberts, R. M., & Thatcher, W. W. ...
  • Beiki H., Nejati A. J., Pakdel A., Masoudi A. N., ...
  • Bermejo-Alvarez, P., Rizos, D., Rath, D., Lonergan, P., & Gutierrez-Adan, ...
  • Boni, R., Tosti, E., Roviello, S., & Dale, B. (۱۹۹۹). ...
  • Brunet-Simon, A., Henrion, G., Renard, J. P., & Duranthon, V. ...
  • Burt D. W. (۱۹۹۲). Evolutionary grouping of the transforming growth ...
  • Chou, C. C., Sun, Y. J., Meng, M., & Hsiao, ...
  • Clemente, M., Lopez-Vidriero, I., O'Gaora, P., Mehta, J. P., Forde, ...
  • Co, N. N., Tsang, W. P., Tsang, T. Y., Yeung, ...
  • Diskin, M. G., & Morris, D. G. (۲۰۰۸). Embryonic and ...
  • Dorji, Ohkubo, Y., Miyoshi, K., & Yoshida, M. (۲۰۱۲). Gene ...
  • Dube, J. L., Wang, P., Elvin, J., Lyons, K. M., ...
  • Duranthon, V., & Renard, J. P. (۲۰۰۱). The developmental competence ...
  • Fleming, T. P., Butler, L., Lei, X., Collins, J., Javed, ...
  • Frank, D., Fortino, W., Clark, L., Musalo, R., Wang, W., ...
  • Furuse, M., Sasaki, H., & Tsukita, S. (۱۹۹۹). Manner of ...
  • Gad, A., Besenfelder, U., Rings, F., Ghanem, N., Salilew-Wondim, D., ...
  • Gossler, A. (۱۹۹۲). Early Embryonic Development of Animals. (pp.۱۵۱-۲۰۱) Springer, ...
  • Guo, M., Rupe, M. A., Dieter, J. A., Zou, J., ...
  • Heyman, Y., Chavatte-Palmer, P., LeBourhis, D., Camous, S., Vignon, X., ...
  • Huang, d., Sherman, B. T., & Lempicki, R. A. (۲۰۰۹). ...
  • Huang, W., Yandell, B. S., & Khatib, H. (۲۰۱۰). Transcriptomic ...
  • Inai, T., Kamimura, T., Hirose, E., Iida, H., & Shibata, ...
  • Jeffery, C. J., Bahnson, B. J., Chien, W., Ringe, D., ...
  • Jimenez-Preitner, M., Berney, X., & Thorens, B. (۲۰۱۲). Plac۸ is ...
  • Johnson, M. H., & Ziomek, C. A. (۱۹۸۱). The foundation ...
  • Jones, R. L., Stoikos, C., Findlay, J. K., & Salamonsen, ...
  • Kues, W. A., Sudheer, S., Herrmann, D., Carnwath, J. W., ...
  • Levay, K., & Slepak, V. Z. (۲۰۱۰). Up- or downregulation ...
  • MacLean, J. A., ۲nd, Chakrabarty, A., Xie, S., Bixby, J. ...
  • Mansouri-Attia, N., Sandra, O., Aubert, J., Degrelle, S., Everts, R. ...
  • Michibata, H., Chiba, H., Wakimoto, K., Seishima, M., Kawasaki, S., ...
  • Mitko, K., Ulbrich, S. E., Wenigerkind, H., Sinowatz, F., Blum, ...
  • Moroianu, J., Blobel, G., & Radu, A. (۱۹۹۶). The binding ...
  • Niemann, H., & Elsaesser, F. (۱۹۸۶). Evidence for estrogen-dependent blastocyst ...
  • Ogawa, Y., Sun, B. K., & Lee, J. T. (۲۰۰۸). ...
  • Pankov, R., & Yamada, K. M. (۲۰۰۲). Fibronectin at a ...
  • Paria, B. C., Sengupta, J., & Manchanda, S. K. (۱۹۸۴). ...
  • Park, J., Schlederer, M., Schreiber, M., Ice, R., Merkel, O., ...
  • Roberts, R. M., Chen, Y., Ezashi, T., & Walker, A. ...
  • Salas, M., John, R., Saxena, A., Barton, S., Frank, D., ...
  • Steinert, P. M., & Roop, D. R. (۱۹۸۸). Molecular and ...
  • Stewart M. (۱۹۹۰). Intermediate filaments: structure, assembly and molecular interactions. ...
  • Sun, Y. J., Chou, C. C., Chen, W. S., Wu, ...
  • Ukarapong, S., Bao, Y., Perera, E. M., & Berkovitz, G. ...
  • Van Itallie, C. M., & Anderson, J. M. (۲۰۱۳). Claudin ...
  • Wang, L., Srinivasan, S., Theiss, A. L., Merlin, D., & ...
  • Weber, R. J., Pedersen, R. A., Wianny, F., Evans, M. ...
  • Wei, C. J., Xu, X., & Lo, C. W. (۲۰۰۴). ...
  • Xie, D., Chen, C. C., Ptaszek, L. M., Xiao, S., ...
  • Yamazaki, Y., Tokumasu, R., Kimura, H., & Tsukita, S. (۲۰۱۱). ...
  • Ye, B., Li, L., Xu, H., Chen, Y., & Li, ...
    • نمایش کامل مراجع