در
تنفس میکروبی خاک اکسیژن جذب و CO۲به وسیله باکتری، قارچها جلبکها و پروتوزوآها دفع می شود که شامل تبادل گاز در متابولیسم هوازی و بی هوازی است. تنفس خاک ناشی از تجزیه مواد آلی ست (مثلا معدنی شدن بقایای محصولات برداشت شده کشاورزی). در خاک های دست نخورده (بدون افزودن عناصر غذایی)، بین موجودات زنده و فعالیت آنها تعادل اکولوژیک برقرار خواهد بود. با بهم خوردن این وضعیت، مثلا افزودن مواد آلی، سرعت رشد و میزان معدنی شدن مواد آلی توسط میکروارگانیسم زیاد شده و تنفس خاک تغییر می کند. شاخص های بیولوژیک خاک از جنبه های مهم کیفیت خاک هستند و به همین دلیل کیفیت خاک با استفاده از خواص مختلف بیولوژیکی نظیرتنفس میکروبی اندازه گیری می شود. به همین منظور تحقیقی در مزرعه تحقیقاتی دانشکده منابع طبیعی و کشاورزی دانشگاه یزد در سال ۱۳۹۹ صورت پذیرفت. نمونه های خاک از دو منطقه بایر و تحت کشت
سبزیجات سیر، پیاز، گشنیز و ریحان از منطقه ریشه جمع آوری و پس از هوا خشک شدن و عبور از الک۲ میلی متری به آزمایشگاه منتقل و با استفاده از مواد آلی مختلف(کوکوپیت، برگ درخت نارون و برگ ریحان بنفش) مورد تجزیه میکروبی قرار گرفت. جهت اندازه گیری
تنفس میکروبی مقدار ۵۰ گرم از خاک ریزوسفری
سبزیجات و غیر ریزوسفری (با حفظ رطوبت ۶۰ درصد)؛ را درون شات ریخته سپس به خاک نمونه مواد آلی مورد نظر اضافه شد. باید به مقداری مواد آلی اضافه شود تا کربن آلی ۱ گرم افزایش یابد (برای
کوکوپیت ۰۱/۱گرم ، برای برگ درخت نارون۱۱/۱گرم و برای ریحان ۶۸/۱ گرم اضافه شد) و در ادامه ۱۰ میلی لیتر آب مقطر را به طور یکنواخت روی آن ریخته شد. سپس ۱۰ میلی لیتر سود ۲ نرمال را درون لوله آزمایش ریخته و درون شات قرار داده شد، درب آن را بسته تا
تنفس میکروبی انجام شود. پس از ۷ روز سود درون لوله ها را درون ارلن ریخته و به آن ۱۰ میلی لیتر کلرید باریم ۱۰ درصد اضافه کرده و در حضور معرف فنل فتالین با اسید سولفوریک ۰.۲۵% تیتراسیون صورت پذیرفت. نتایج این تحقیق نشان داد
تنفس میکروبی در خاک ریزوسفری
سبزیجات متفاوت از خاکهای غیر ریزوسفری(بایر) بود به طوریکه،
تنفس میکروبی در خاک ریزوسفری در مقایسه با خاک غیر ریزوسفری، افزایش معنی داری در سطح پنج درصد از خود نشان داد(p≤۰.۰۵) در مقابل تفاوت معنی-داری بین نوع
سبزیجات (سیر، پیاز، گشنیز و ریحان) مشاهده نشد.