کاربرد سیستم تایپینگ MLVA ۸ لوکوسی بر جدایه های بورکولدریا مالیای جمع آوری شده در ایران از سال ۱۳۹۱ تا ۱۳۹۹، به روزرسانی جدید

بورکولدریا مالیای با وجود سال های طولانی اجرای برنامه های تست و کشتار توسط کشورهای منطقه، همچنان تک سمیان در خاورمیانه و خاور دور را آلوده می نماید. در ایران نیز گزارشات موردی مشمشه و به صورت نادر موارد عفونت انسان مشاهده می گردد. تکنیک لوکوس های حامل واحدهای تکرار شونده پلی مرف در طول توانایی خود را در افتراق میان سویه های بورکولدریا مالیای ثابت نموده است. در مطالعه حاضر یک سیستم تایپینگ مولکولی سویه مشتمل بر ۸ لوکوس گزارش می گردد. این سیستم به صورت آزمایشگاهی بر روی ۶ جدایه بومی معرف جدیدترین همه گیری های مشمشه در ایران و یک سویه بورکولدریا مالیای اجرا گردید. علاوه بر این مجموعه ای از ژنوم ۲۰ سویه مرجع بورکولدریا مالیای و ۲ سویه بورکولدریا سودومالیای اخذ شده از بانک های اطلاعاتی Pubmed نیز در مطالعه وارد و به صورت رایانه ای مورد ارزیابی قرار گرفتند. آلل های شناسایی شده از فقط ۱ مورد (لوکوس ۴۱) تا ۱۰ مورد (لوکوس ۱۳) متفاوت و مقادیر Nei’s diversity index نیز از ۰.۵۳ تا ۰.۸۹ تعیین گردید. در مجموع ۲۷ جدایه تحت آزمایش توسط سیستم تایپینگ مورد استفاده در ۲۵ تیپ ژنتیکی و ۷ جدایه و سویه ایران در ۶ تیپ ژنتیکی دسته بندی شدند. نویسندگان معتقدند تا زمان اقتصادی شدن بسترهای تعیین توالی کامل ژنوم در آزمایشگاه های با بودجه محدود در کشورهای در حال توسعه، نسخه های بهینه MLVA نظیر آنچه در این مطالعه شرح داده شده است، می توانند در پیشبرد تحقیقات همه گیرشناسی بورکولدریا مالیای و آشکارسازی ارتباطات میان جدایه های آن در مقیاس محلی، منطقه ای و جهانی به خوبی موثر باشند.

کاربرد سیستم تایپینگ MLVA ۸ لوکوسی بر جدایه های بورکولدریا مالیای جمع آوری شده در ایران از سال ۱۳۹۱ تا ۱۳۹۹، به روزرسانی جدید Keywords:

بورکولدریا مالیای , مشمشه , MLVA