مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه مدل هاپلوتیپ و تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه-های ژنی مرتبط با سن اولین زایش در گاو نلور
Publish place: Animal Production Research، Vol: 11، Issue: 2
Publish Year: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 186
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ARGU-11-2_006
تاریخ نمایه سازی: 17 بهمن 1401
Abstract:
در این پژوهش از رکوردهای فنوتیپی صفت سن اولین گوسالهزایی گاوهای نلور برای مطالعه پویش ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنیسازی جهت شناسایی ساز و کارهای زیستی استفاده شد. ارزیابی پویش کل ژنوم با بسته نرم افزاری GHap بر پایه مدل هاپلوتیپی در برنامه R انجام شد. تجزیه غنیسازی مجموعههای ژنی با بسته نرمافزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی طبقات عملکردی و مسیرهای زیستی ژنهای نزدیک در مناطق ژنومی کاندیدا انجام شد و در نهایت برای تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی از پایگاههای GO، KEGG، DAVID و PANTHER استفاده شد. با تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، مسیرهای هستیشناسی )ژنهای کاندیدا( Estrogen metabolic process (HSD۱۷B۱۲)، Synapse organization (KIRREL۳ و PPFIA۲)، Sensory perception of mechanical stimulus (MYO۳A و KCNMA۱)، Protein tyrosine kinase activity (IGF۱R)، cell-cell junction (FRMD۴A)، GnRH signaling pathway (ADCY۵) و Focal adhesion (PPP۱R۱۲A) شناسایی شدند. ژنهای کاندیدا نقش مهمی در باروری، سن اولین گوسالهزایی، بیوسنتز استروژن، نرخ آبستنی تلیسهها، رشد ابتدایی جنین، سن بلوغ و تنظیم هموستازی گلوکز در تخمدان داشتند. با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافتههای این پژوهش میتواند در انتخاب ژنتیکی گاو مفید باشد.
Keywords:
Authors
حسین محمدی
Assistant Professor, Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Arak University, Arak, Iran
امیر حسین خلت آبادی فراهانی
Associate Professor, Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Arak University, Arak, Iran
محمد حسین مرادی
Associate Professor, Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Arak University, Arak, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :