مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه مدل هاپلوتیپ و تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه-های ژنی مرتبط با سن اولین زایش در گاو نلور

در این پژوهش از رکوردهای فنوتیپی صفت سن اولین گوساله­زایی گاوهای نلور برای مطالعه پویش ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنی­سازی جهت شناسایی ساز و کار­­های زیستی استفاده شد. ارزیابی پویش کل ژنوم با بسته نرم افزاری GHap بر پایه مدل هاپلوتیپی در برنامه R انجام شد. تجزیه غنی­سازی مجموعه­های ژنی با بسته نرم­افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی طبقات عملکردی و مسیرهای زیستی ژن­های نزدیک در مناطق ژنومی کاندیدا انجام شد و در نهایت برای تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی از پایگاه­های GO، KEGG، DAVID و PANTHER استفاده شد. با تجزیه و تحلیل غنی­سازی مجموعه­های ژنی، مسیرهای هستی­شناسی )ژن­های کاندیدا( Estrogen metabolic process (HSD۱۷B۱۲)، Synapse organization (KIRREL۳ و PPFIA۲)، Sensory perception of mechanical stimulus (MYO۳A و KCNMA۱)، Protein tyrosine kinase activity (IGF۱R)، cell-cell junction (FRMD۴A)، GnRH signaling pathway (ADCY۵) و Focal adhesion (PPP۱R۱۲A) شناسایی شدند. ژن­های کاندیدا نقش مهمی در باروری، سن اولین گوساله­زایی، بیوسنتز استروژن، نرخ آبستنی تلیسه­ها، رشد ابتدایی جنین، سن بلوغ و تنظیم هموستازی گلوکز در تخمدان داشتند. با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته­های این پژوهش می­تواند در انتخاب ژنتیکی گاو مفید باشد.

مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه مدل هاپلوتیپ و تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه-های ژنی مرتبط با سن اولین زایش در گاو نلور Keywords:

Gene-set enrichment analysis , Reproduction , Cattle , Biological pathways , Haplotype