مقایسه روش های آماری مختلف در انتخاب ژنومی بر اساس معیار اثربخشی انتخاب

هدف از این پژوهش، مقایسه روش های مختلف ارزیابی ژنومی با استفاده از معیارهای همبستگی (ρ)، رگرسیون (β)، میانگین مربعات خطا (MSE) و اثربخشی انتخاب (SE) بود. به این منظور، نه سناریوی متفاوت بر اساس سطوح مختلف وراثت پذیری (۱/۰، ۳/۰ و ۵/۰) و تعداد متفاوت QTL (۲۰،  ۲۰۰ و ۱۰۰۰) طراحی شد. برای شبیه سازی سناریوهای مختلف، پنج نسل با اندازه ۱۰۰۰ حیوان شبیه سازی شد، که دو نسل نخست به عنوان جمعیت مرجع و سه نسل بعدی به عنوان جمعیت تایید در نظر گرفته شد. برای هر حیوان، ژنومی به طول ۵۰۰ سانتی مورگان با تراکم نشانگری ۱۰۰۰۰ SNP متشکل از پنج کروموزوم شبیه سازی شد. پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی با سه روش آماری GBLUP، Bayes A و Bayes B انجام شد. نتایج حاصل نشان داد با افزایش فاصله نسل از جمعیت مرجع، صحت ارزش های اصلاحی ژنومی برای هر سه روش آماری کاهش می یابد، هر چند روش های بیزی از نظر تداوم صحت، عملکرد بهتری داشتند. بر اساس معیارهای همبستگی، رگرسیون و اثربخشی انتخاب، با افزایش سطوح وراثت پذیری بهبود صحت مشاهده شد، اما معیار میانگین مربعات خطا روند معکوسی را نشان داد. در روش های بیزی، تعداد پایین QTL دارای عملکرد بهتری بودند، اما در تعداد بالای QTL، تفاوت روش های مختلف ارزیابی ژنومی به کمترین میزان رسید. نتایج اثربخشی انتخاب در مقایسه با صحت ارزش اصلاحی ژنومی نشان داد که صحت همیشه نمی تواند معیار مناسبی برای تعیین روش برتر ارزیابی ژنومی باشد.

Keywords:

ارزش اصلاحی ژنومی , رتبه بندی , روش های بیزی , صحت , ضریب رگرسیون