صحت ارزیابی ژنومی با در نظر گرفتن اثر متقابل بین روش آماری برآورد آثار نشانگری، ساختار جمعیت و معماری ژنتیکی صفت
Publish place: Animal Production Research، Vol: 10، Issue: 2
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 142
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ARGU-10-2_001
تاریخ نمایه سازی: 24 بهمن 1401
Abstract:
هدف تحقیق حاضر بررسی اثر متقابل بین روشهای برآورد آثار نشانگری، ساختار جمعیت و معماری ژنتیکی صفت بر صحت ارزیابی ژنومی بود. جمعیت پایهای با دو اندازه موثر ۱۰۰ و ۵۰۰ فرد به وسیله نرم افزار QMSim شبیهسازی شد. تعداد ۵۰۰ نشانگر و دو تعداد متفاوت جایگاههای کنترل کننده صفات کمی یا QTL ( ۵۰ و ۲۰۰) روی ژنوم متشکل از یک کروموزوم به طول ۱۰۰ سانتیمورگان بهطور تصادفی پراکنده شدند. در پژوهش حاضر، سه صفت با وراثت پذیری ۱/۰ ، ۳/۰ و ۵/۰ شبیهسازی شد. ارزشهای اصلاحی ژنومی به وسیله روشهای رگرسیون ریج بیزی، بیز A، بیز B، بیز C، بیز LASSO، روش نیمه پارامتری بر پایه کرنل و شبکههای عصبی پیشبینی شدند. در هر سه میزان وراثت پذیری، با افزایش اندازه موثر جمعیت، صحت برآوردهای ژنومی کاهش یافت، ولی شدت آن برای روشهای آماری یکسان نبود. در وراثت پذیری پایین، با افزایش تعداد QTL، میزان صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی افزایش یافت. بر عکس، میزان صحت ارزشهای اصلاحی در وراثت پذیری متوسط و بالا کاهش یافت. در صفات با توزیع یکنواخت QTLها، با افزایش تعداد QTL، مقدار صحت ارزیابی ژنومی کاهش، ولی افزایش تعداد QTL در صفاتی که QTLهای آنها دارای توزیع نرمال و گاما بود، منجر به افزایش صحت شد. در هر سه نوع توزیع یکنواخت، نرمال و گاما، میزان صحت با افزایش اندازه موثر جمعیت کاهش یافت. نتایج پژوهش حاضر آثار متقابل بین روشهای آماری، ساختار جمعیت و معماری ژنتیکی صفت را بر صحت ارزیابی ژنومی به وضوح نشان میدهد.
Keywords:
Authors
عباس عاطفی
Former Ph.D. Student in Animal Breeding and Genetics, Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran
عبدالاحد شادپرور
Professor, Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran
نوید قوی حسین زاده
Professor, Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :