انارPunica granatum L.) یکی از قدیمیترین درختان میوه و بومی ایران است که از ایران به سایر نقاط گسترده شده است.یه منظور شناسایی دقیق و سریع کولتیوارهای مختلف، تکنیکهای مولکولی نیاز است. بدلیل وجود انواع مختلف مارکر مولکولی واختلافات موجود در جزئیات روش کار و کاربردشان، باید در انتخاب نشانگر یا نشانگرها، بر اساس نوع پژوهش با دقت عمل کرد. از مارکرهای مولکولی برای شناسایی تنوع ژنتیکی و کولتیوارهای انار استفاده میشود. در بین نشانگرهای مولکولی تحت بررسی مارکرهایSSR سطوح بالایی از تنوع را حتی در تعداد کمی از انارها نشان میدهند که موید آن است که ابزار قوی جهت مطالعه تنوع ژنتیکی ژرم پلاسم است. در واقع نشانگرهای مولکولی مانند رپید قادر به تمایز موتانت ها از یکدیگر نیستند. استفاده از نشانگرهای مولکولی آگاهی بخش مانند SNP(single nucleotide polymorphism) برای تشخیص دقیق اختلافات و شباهت های بین کولتیوارها مفید خواهد بود. در استفاده از نشانگرهای مورفولوژیک، اختلافات مشاهده شده شاید به علت شرایط پرورش و اکولوژیکی متفاوت باشد. محیط تاثیر زیادی بر ظهور صفات کمی دارد. صفاتی مثل اندازه میوه، رنگ آریل و پوست و رنگ و طعم آب میوه انار در محیطهای مختلف پایدارند و بالاترین ارزش را در شناسایی کولتیوارهای انار دارند.