ارائه الگوریتم اصلاحی برای پیش بینی تغییر فرم پروتئین ها با استفاده از روش پروتوفولد

امروزه با توجه به اهمیت روزافزون مطالعه و شبیه سازی رفتار بیومولکول هایی مانند پروتئین ها در علومی نظیر بیونانورباتیک،تلاش برای ارائه روش هایی که بتوانند تغییر فرم این مولکول ها را هر چه سری عتر و دقیق تر محاسبه کنند افزایش یافته است. یکی ازجدید ترین رو شها در این زمینه استفاده از روابط رباتیک می باشد. هدف این مقاله ارائه الگوریتمی به منظور بهینه کردن محاسبات وافزایش سرعت حل روش فوق م یباشد. از آنجایی که ضریب تبدیل گشتاور به چرخش ثابت می تواند مشکلات متعددی را در ضمن حل به وجود آورد. به همین منظور در این مقاله الگوریتمی ارائه شده است که با توجه به شرایط مساله مقدار ضریب را تغییر می دهد تا زمان رسیدن به جواب کاهش یابد. این شرایط شامل روند افزایش یا کاهش ناپایداری در پروتئین، تغییرات گشتاورها در مقایسه با هم و یا در مقایسه با گشتاورهای مراحل قبل می باشند که در صورت نیاز رزولوشن جوا بها را به صورت بهینه تغییر میدهد. در این مقاله تأثر اعمال الگوریت اصلاحی برای پروتئین 4rxn ارائه شده است. بر اساس نتایج به دست آمده، در حالی که تغییر فرم مولکول بدون استفاده از الگوریتم، بعد از 100 مرحله به پایداری رسیده، بعد از اعمال آن به 60 مرحله کاهش یافته است.

Keywords:

پروتئین , تغییر فرم , پروتوفولد , سینماتیک , میدان نیروی آمبر