بررسی بیوانفورماتیکی miRNA های موثر بر برخی ژن های مسیر زنجیره انتقال الکترون میتوکندری در کلزا

دانه های روغنی پس از غلات، دومین ذخایر غذایی جهان را تشکیل می دهند. یکی از مهم ترین منابع تامین روغن خوراکی جهان، کلزا است.تنش های محیطی ازجمله خشکی از عوامل مهم کاهش دهنده عملکرد محصولات کشاورزی از جمله کلزا در سطح جهان هستند. یکی ازمسیرهایی که تحت تاثیر تنش خشکی قرار می گیرد مسیر زنجیره انتقال الکترون در میتوکندری است.سلول های گیاهی برای مقابله با ایناثرات مخرب از یکسری مکانیسم های دفاعی برخوردارند که با جمع آوری انواع اکسیژن فعال و احیای آنها به آب، از آسیب به مولکول هایزیستی پیشگیری می کنند. برای کم کردن این آسیب ها، میتوکندری گیاهی حاوی تعدادی از اجزای منحصر به فرد از جمله دهیدروژنازهایجایگزین NAD(P)H اینترنال و اکسترنال و یک آلترناتیو اکسیداز (AOX) و مجموعه پروتئین های UCP است که به طور قابل توجهی بهانعطاف پذیری و تطبیق پذیری متابولیسم گیاه کمک می کند. مولکول های microRNA ،توالی های RNA کوچک به طول تقریبی ۲۱ تا ۲۲نوکلئوتید هستند که توسط ژنوم موجود کد شده، هیچ نوع پروتئینی را کد نمی کنند و به عنوان تنظیم کننده های مهم بیان ژن پس ازرونویسی در گیاهان و جانوران شناخته شده اند. این مولکول ها بیان ژن در یوکاریوتها را از طریق مهار ترجمه یا تخریب توالیهای mRNAتنظیم می کنند. در این بررسی ۴ ژن UCP۱,NDB۲,NDA۲,AOX۱A در کلزا موردبررسی قرار گرفت و بهصورت بیوانفورماتیکی و با استفادهاز پایگاه داده NCBI و نرمافزار تحت وب psRNATarget شناسایی شدند. بر اساس نتایج به دست آمده این مطالعه، ۲۲ microRNA برای۴ ژن مذکورشناسایی شد که بیشترین آنها شامل خانواده های miR۱۶۹ ، miR۱۶۸ ، miR۳۱۹ ، miR۳۹۰ ، miR۳۹۷ ، miR۳۹۳ ،miR۱۷۱ هستند. همچنین مشخص شد در کلزا ۷ نوع microRNA از خانواده هایmiR۱۶۹ ، miR۱۶۸ ، miR۴۰۳ ، miR۳۹۰ ، miR۳۹۷ ، miR۳۹۳ ، miR۱۷۱ وجود دارد.

Keywords:

تنش محیطی , کلزا , زنجیره انتقال الکترون , microRNA