مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه غنی سازی مجموعه های ژنی صفات مهم اقتصادی در بلدرچین ژاپنی

در این پژوهش، به منظور شناسایی ژن­ها و مسیرهای مرتبط با برخی صفات اقتصادی، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه غنی­سازی مجموعه­های ژنی با استفاده از یک تراشه چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) ژنوم بلدرچین ژاپنی (­illumina iSelect ۴K) در یک جمعیت F۲ حاصل از تلاقی دوطرفه انجام شد. به ازای هر پرنده، صفات میزان خوراک مصرفی، افزایش وزن بدن، ضریب تبدیل خوراک، خاکستر استخوان درشت­نی و پا اندازه­گیری شد. با استفاده از نرم­افزار GCTA و بر اساس مدل خطی مختلط ارتباط هر یک از SNP­ها با هر یک از صفات بررسی شد. تجزیه غنی­سازی مجموعه­های ژنی با بسته نرم­افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی طبقات عملکردی و مسیرهای زیستی ژن­های نزدیک در مناطق ژنومی کاندیدا انجام شد و در نهایت برای تجزیه بیوانفورماتیکی از پایگاه­های برخط DAVID و PANTHER استفاده شد. در این پژوهش، تعداد ۱۱ نشانگر SNP واقع روی کروموزوم­های ۲، ۳، ۴، ۵، ۱۰، ۱۸، ۲۰، ۲۴ و ۲۷ شناسایی شدند که با ژن­های NPY، DRD۲، PTPRN۲، BMPR۱B، MYF۵، IGF۲BP۱، MYO۱E، FGF۲، LDB۲، BMP۴، ACOX۱، PCK۱، PLCB۴، PLCB۱ و PLCG۱ مرتبط بودند. در تجزیه غنی­سازی مجموعه ژنی، تعداد ۲۳ طبقات هستی­شناسی و مسیرهای بیوشیمیایی KEGG با صفات مورد بررسی شناسایی شد (۰۵/۰>P). از این بین، طبقات هستی­شناسی Protein glycosylation، Myoblast differentiation،Positive regulation of muscle cell differentiation ، مسیرهای بیوشیمیایی MAPK signaling pathway و Calcium signaling pathway نقش مهمی در توسعه الیاف عضلانی اسکلتی، مصرف خوراک و قابلیت جذب داشتند. با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته­های این پژوهش می­تواند در انتخاب ژنتیکی با هدف بهبود تولید، مفید باشد.

Keywords:

افزایش وزن بدن , بلدرچین ژاپنی , پویش ژنوم , ضریب تبدیل خوراک , مصرف خوراک