مطالعه کمی فعالیت- ساختار، داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید به عنوان عامل های ضد سل جدید

هدف: عامل سل، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس است. یک سری از ترکیبات جدید هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید، به عنوان بازدارنده های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس گزارش شده اند. در این راستا، هدف پژوهش حاضر مطالعه QSAR، داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید به عنوان عامل های ضد سل جدید است.مواد و روش ها: الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، LASSO و شبیه سازی مونته کارلو در محاسبات QSAR انجام گردید. همچنین محاسبات داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی میتوباکتریوم توبرکلوزیس با کد ۴XGQ انجام شده است.یافته ها: جرم های اتمی، الکترونگانیویتی اتمی ساندرسون، شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski hyptonic-like و شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski antiinfective-like در این بررسی مهم بودند. در برنامه کورال سی، از فایل اسمایل استفاده شد. RMSE برای آموزش و تست در الگوریتم رقابت استعماری، به ترتیب ۱۳۹۵/۰ و ۲۹۷۰/۰ بودند. در روش مونته کارلو نتایج برای سری آموزش به صورت ۷n=، ۹۹۳۱/۰R²=، ۹۸۵۷/۰ Q²= و ۰۳۹/۰ MAE=و برای سری تست به صورت ۶n=، ۹۴۱۳/۰R²=، ۹۱۰۷/۰Q²= و ۳۶۷/۰ MAE=بدست آمد.نتیجه گیری: مولکول های ۱۰ و ۱۱ ترکیبات پایداری هستند که برای بررسی های بیشتر از جمله مطالعات آزمایشگاهی کلینیکی پیشنهاد می شوند.

Keywords:

QSAR , داکینگ , شبیه سازی دینامیک مولکولی , هتروسیکل , نیتروژن اکسید , سل