بررسی تاثیر عصاره محیط کشت باکتری سودوموناس آئروژینوزا در رفع اثرمهارکننده هپارین بروی qPCR

هپارین یک گلیکوزآمینوگلیکان سولفاته است و درجایگاه های متعدد در انعقاد خون اثر می‎کند. این مولکول به علت داشتن اثر مهارکنندگی بر آزمون (qPCR) Real-Time PCR، در نمونه هایی که قرار است بروی آن ها ردیابی DNA انجام شود، به کار نمی رود. جهت حذف اثر مهاری هپارین بر آزمون Real-Time PCR، روش های فیزیکی، شیمایی و آنزیمی وجود دارد. باکتری سودوموناس آئروژینوزا در محیط کشت خود به عنوان فرآورده، آنزیم هپاریناز تولید می نماید. هدف از این پژوهش بررسی اثر آنزیم هپاریناز موجود در عصاره محیط کشت باکتری سودوموناس آئروژینوزا، برحذف اثر مهار کنندگی هپارین طی آزمون Real-Time PCR است. درپژوهش حاضر از نمونه خون هپارینه آلوده به باکتری اشیرشیاکلی در هر دو گروه با اهداف مختلف استفاده شد. درگروه اول ابتدا DNA موجود در نمونه خون هپارینه، توسط روش فنول-کلروفرم ایزوآمیل الکل استخراج شد. سپس‎ گرمخانه گذاری این نمونه ها با عصاره محیط کشت باکتری سودوموناس آئروژینوزا در ساعات مختلف در دمای ۳۷درجه سانتی گراد صورت گرفت، اما درگروه دوم، نمونه ها قبل از استخراج DNA در ساعات مختلف گرمخانه گذاری شدند. همچنین غلظت DNA موجود در هر دو گروه توسط دستگاه نانودرآپ انداز ه گیری شد و در نهایت تمامی نمونه ها جهت ردیابی ژنوم باکتری اشریشیاکلی مورد آزمون Real-Time PCR قرارگرفتند. تجزیه و تحلیل نتایج حاصل از هر دو گروه مشخص نمود که تیمار خون هپارینه به همراه عصاره محیط کشت باکتری سودوموناس آئروژینوزا قبل از استخراج DNA به مدت زمان حداقل ۲۴ساعت، موجب رفع اثرمهاری هپارین طی آزمون Real-Time PCR می شود. این روش ممکن است محققان را قادر سازد، بتوانند بدون نیاز به استفاده از آنزیم هپاریناز تجاری گران بها و محدود موجود در بازار و نمونه گیری مجدد، از نمونه خون هپارینه در راستای تقویت و تشخیص ژنوم استفاده کنند.

Keywords:

اشیرشیاکلی , گلیکوزآمینوگلیکان سولفات , هپاریناز , سودوموناس آئروژینوزا , Real-Time PCR