برازش شبکه تنظیم ژنی ژن های موثر در پاتوفیزیولوژی کبد چرب موش به وسیله کاوش پروموتری

زمینه و هدف: بیماری کبد چرب غیرالکلی (NAFLD)، علت اصلی بیماری مزمن کبدی در کشورهای توسعه یافته است. در این مطالعه، به شناسایی مهم ترین فاکتورهای رونویسی و سازوکارهای بیولوژیکی موثر بر بروز بیماری کبد چرب با استفاده از داده کاوی ناحیه پروموتری، پرداخته شد. روش تحقیق: در این مطالعه، ابتدا ژن های نشانگر مرتبط با این بیماری یافت شدند و الگوی اتصال فاکتورهای رونویسی با نرم افزار Genomatix بررسی گردید. در کل ژنوم، ژن هایی که الگوی اتصال مشابهی برای فاکتورهای رونویسی به ناحیه پروموتری داشتند، به عنوان ژن های احتمالی موثر بر کبد چرب شناسایی شدند. با استفاده از نرم افزار Cytoscape (۳.۶.۰)، شبکه برهمکنش فاکتورهای رونویسی و ژن های هدف ترسیم گردید. در نهایت مهم ترین مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با ژن های به دست آمده از کبد چرب، با استفاده از پایگاه اطلاعاتی DAVID بررسی شد. یافته ها: برازش شبکه برهمکنش پروتئینی نشان داد که فاکتورهای رونویسی Creb۱، Jun و Max و ژن های Gsk۳b، Ddit۳ وSfpi۱ در بروز این بیماری مهم ترین نقش را دارا هستند. آنالیز ژن آنتولوژی حاصل از مطالعه نیز نشان داد، مسیرهای بیولوژیکی شامل: آپاپتوز، سیگنال های درون سلولی و بیوسنتز ترکیبات آروماتیک و مسیرهای سیگنال دهی ریتم های شبانه روزی، کبد چرب غیر الکلی و سیگنال های کموکاین، در بروز عارضه کبد چرب دخیل هستند. نتیجه گیری: افزایش بیان فاکتورهای رونویسی و ژن های به دست آمده می تواند یکی از عوامل موثر بر بروز این بیماری باشد؛ همچنین مسیرهای بیولوژیکی آپاپتوز، سیگنال های درون سلولی و بیوسنتز ترکیبات آروماتیک و مسیرهای سیگنال دهی ریتم های شبانه روزی، کبد چرب غیر الکلی و سیگنال های کموکاین در عارضه کبد چرب مهم به شمار می آیند.

Keywords:

Promoter Analysis , Transcription Factors , Fatty Liver , Mice , آنالیز پروموتر , فاکتورهای رونویسی , کبد چرب , موش