ردیابی و واکاوی ناهنجاری در ترادف ژنهای آر ان ای ریبوزومی S۱۶ استرینهای فیتوپلاسمایی

تعیین خصوصیات و مشخصات فیتوپلاسماها در درجه اول براساس واکاوی ترادف ژن حفاظت شده آر ان ای ریبوزومی ۱۶S (۱۶S rRNA) انجام می گیرد. حتی تغییرات اندک در ترادف این ژن می تواند نشان دهنده رخدادهای تکاملی بسیار طولانی مدت باشد که همراه با آن خصوصیات اکولوژیکی در جمعیت باکتری ها نیز تغییر یافته است. وجود هر گونه خطا و ناهنجاری در ترادف ژن های ۱۶S rRNA باعث بروز خطاهای بارز در تحلی لهای بعدی از جمله مطالعات تبازرایی و تاکسونومی خواهد شد. در این مطالعه با ابزارهای بیوانفورماتیک ناهنجاری های معمول از جمله خطا در تعیین ترادف و یا تشکیل کایمر در ترادف ژن ۱۶S rRNA مربوط به فیتوپلاسماهای نماینده از بیش از ۱۷۰ زیرگروه در ۴۰ گروه آر ان ای ریبوزومی ۱۶S بررسی شد. نتایج امکان وجود چنین ناهنجاری هایی را در هشت استرین فیتوپلاسمایی تایید کرد. اغلب این استرین ها در درخت تبارزایی روی شاخه هایی که بطور غیر معمول طویل بودند قرار گرفتند. از بین استرین هایی که وجود ناهنجاری در ژن ۱۶S rRNA آن ها ردیابی شد می توان به استرین های مرجع مربوط به ‘Candidatus Phytoplasma wodyetiae’، ‘Candidatus Phytoplasma allocasuarinae’ و ‘Candidatus Phytoplasma lycopersici’ و نیز استرین های نماینده گروههای ریبوزومی ۱۶SrXXVI و ۱۶SrXXVII اشاره کرد. نتایج این مطالعه همچنین پیشنهاد کرد که ناهنجاریهای مربوط به این ژن در فیتوپلاسماها احتمالا محدود به هشت استرین مشخص شده در این مطالعه نیست.

Keywords:

کایمر , خطای تعیین ترادف , استرین مرجع , گروههای آر ان ای ریبوزومی