طراحی یک پپتید چهار اسیدآمینه ای نوین برای مهار دومین BIR۳ پروتئین XIAP به وسیله شبیه سازی دینامیک مولکولی
Publish place: Nova Biologica Reperta، Vol: 5، Issue: 2
Publish Year: 1397
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 309
This Paper With 16 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_NBR-5-2_008
Index date: 29 November 2023
طراحی یک پپتید چهار اسیدآمینه ای نوین برای مهار دومین BIR۳ پروتئین XIAP به وسیله شبیه سازی دینامیک مولکولی abstract
پروتئین XIAP یکی از اعضای پروتئین های مهارکننده آپوپتوز یا مرگ برنامه ریزی شده یاخته (خانواده IAP) است. پروتئین XIAP نقش باارزشی در مهار آپوپتوز بازی می کند و دربرگیرنده سه دومین BIR (Baculoviral IAP Repeat) است. دومین سوم این پروتئین یعنی BIR۳ به طور مستقیم به پایانه N پروتئین کاسپاز ۹ متصل می شود و آپوپتوز را مهار می کند. نشان داده شده است که چهار اسیدآمینه پایانه N پروتئین SMAC یعنی AVPI می توانند به BIR۳ متصل شوند و آن را مهار کنند و بنابراین، آپوپتوز را به راه اندازند. در این پژوهش ۱۵ پپتید به دومین BIR۳ داک شده اند و سپس ۱۰ نانوثانیه شبیه سازی دینامیک مولکولی روی هر کمپلکس به دست آمده از داکینگ انجام شد. سپس از روش مکانیک مولکولی پوازی بولتزمن سطح در دسترس حلال (MM/PBSA) برای برآورد انرژی اتصال آزاد پپتیدها به دومین BIR۳ استفاده شد. نتایج روش MM/PBSA هماهنگی نسبی با روش داکینگ وهماهنگی خوبی با نتایج تجربی موجود داشتند. نتایج نشان داد که بهترین پپتیدها با کمترین انرژی آزاد اتصال عبارت اند از ATPF و AKPW و ARPF. همچنین بررسی پیوندهای میان این پپتیدها و دومین BIR۳ در ساختار نهایی کمپلکس ها آشکار کرد که لوسین ۳۰۷ و ترئونین ۳۰۸ و گلوتامات ۳۱۴ و تیروزین ۳۲۴ دومین BIR۳ برای اتصال پپتیدها ضروری هستند. نتایج تفکیک انرژی آزاد و تعیین سهم باقی مانده های شکاف دومین BIR۳ در اتصال به این پپتیدها در طول شبیه سازی نیز هماهنگ با نتایج پیشین بود و نقش همان باقی مانده ها را در اتصال نشان می داد. همچنین گرایش بالای این پپتیدها نسبت به پپتید طبیعی ((AVPI و مقایسه آنها با سایر پپتیدها آشکار می کند که وجود بار مثبت در جایگاه دوم پپتید و وجود گروه هیدروفوب آروماتیک در جایگاه چهارم پپتید باعث افزایش قدرت اتصال پپتید می شود.
طراحی یک پپتید چهار اسیدآمینه ای نوین برای مهار دومین BIR۳ پروتئین XIAP به وسیله شبیه سازی دینامیک مولکولی Keywords:
طراحی یک پپتید چهار اسیدآمینه ای نوین برای مهار دومین BIR۳ پروتئین XIAP به وسیله شبیه سازی دینامیک مولکولی authors
Karim Mahnam
Shahrkord University
Fatemeh Mirahmadi Babaheidari
Shahrkord University
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :