بررسی تاثیر داروی سیپروفلوکساسین بر ساختار پروتئین رودوپسین با استفاده از روش محاسباتی داکینگ مولکولی

Publish Year: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 67

This Paper With 11 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

JR_SHIMU-31-4_008

تاریخ نمایه سازی: 8 بهمن 1402

Abstract:

مقدمه: آنتی بیوتیک سیپروفلوکساسین در درمان سمیت شبکیه چشم یا رتینوپاتی استفاده می شود. در این مقاله، تاثیر داروی سیپروفلوکساسین بر ساختار پروتئین رودوپسین و پایداری و یا ناپایداری این پروتئین در حضور دارو بررسی می گردد. نوع پیوند دارو و پروتئین روی دفع و یا برهم کنش دارو با بافت های هدف موثر است. مواد و روش­ها: در این پژوهش، با استفاده از نرم افزار داکینگ می توان به مولفه های ترمودینامیکی در برهم کنش های پروتئین رودوپسین با داروی سیپروفلوکساسین دست یافت. مطالعات داکینگ بهوسیله نرم افزار AutoDock vol.۴.۲  انجام گرفت. به منظور مشاهده داکینگ انجام شده، از نرم افزارهای گرافیکی Pymol و Ligplot و VMD استفاده شد. یافته ­های پژوهش: بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعات داکینگ، مهم ترین پیوند درگیر در اتصال داروی سیپروفلوکساسین با پروتئین رودوپسین، اتصالات هیدروفوب و پیوند هیدروژنی است. برآورد انرژی های آزاد گیبس (kcal/mol) برای بهترین مدل داکینگ برابر با ۵/۶- است. این مدل با پایین ترین سطح انرژی اتصال، بیشترین تمایل برای اتصال به آمینواسیدهای رودوپسین دارد و مقادیر منفی ΔG°نشان دهنده یک فرایند خودبه خودی است. بحث و نتیجه گیری: بر اساس نتایج به دست آمده از داکینگ، جایگاه A پروتئین رودوپسین جایگاه مناسبی برای اتصال سیپروفلوکساسین به این پروتئین است و کمپلکس سیپروفلوکساسین با پروتئین رودوپسین می تواند سبب بازسازی رودوپسین شود تا بتواند فرایند دیدن را به طور معمول آغاز کند. درواقع، پیوند هیدروژنی قوی میان اتم نیتروژن موجود در ساختار سیپروفلوکساسین با اسیدآمینه آرژنین، نقش مهمی در تثبیت و پایدارسازی کمپلکس ایفا می نماید.

Authors

مهدیه صادق پور

Dept of Chemistry, Qazvin Branch, Islamic Azad University, Qazvin, Iran

منیر شالبافان

Dept of Chemistry, Imam Khomeini International University, Qazvin, Iran

خدیجه علویری

Dept of Pharmacology, School of Pharmacy, Tehran Medical Sciences, Islamic Azad University, Tehran, Iran

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Torres PHM, Sodero ACR, Jofily P, Silva-Jr FP. Key Topics ...
  • Wang G, Zhu W. Molecular docking for drug discovery and ...
  • Sethi A, Khusbhoo J, Sasikala K, Alvala M. Molecular Docking ...
  • De Ruyck J, Brysbaert G, Blossey R, Lensink M. Molecular ...
  • Jakhar R, Dangi M, Khichi A, Chhillar A K. Relevance ...
  • Mares-Sámano S, Garduño-Juárez R. Computational modeling of the interactions of ...
  • Heydargoy MH. Investigation of antiviral drugs with direct effect on ...
  • Collins I, Workman P. New approaches to molecular cancer therapeutics. ...
  • Wadood A, Ahmed N, Shah L, Ahmad A, Hassan H, ...
  • Parsa NZ, Mukherjee AB, Gaidano G, Hauptschein RS, Dallafavera R, ...
  • Christensen SH, Roest B, Besselink N, Janssen R, Boymans S, ...
  • Yanamala N, Gardner E, Riciutti A, Klein-Seetharaman J. The Cytoplasmic ...
  • Chen S, Getter T, Salom D, Wu D, Quetschlich D, ...
  • Yuzlenko O, Kieć-Kononowicz K. Molecular modeling of A۱ and A۲A ...
  • Kanwal S, Nishat S, Irfan Khan M. Docking of human ...
  • Sinha A, Brunette AMJ, Fay JF, Schafer CT, Farrens DL. ...
  • Kataoka C, Sugimoto T, Shigemura S, Katayama K, Tsunoda SP, ...
  • Mattle D, Kuhna B, Aebia J, Bedouchaa M, Kekillib D, ...
  • Razzaghi N, Fernandez-Gonzalez P, Mas-Sanchez A, Vila-Julià G, Perez JJ, ...
  • Yuriev E, Holien J, Ramsland PA. Improvements, trends and new ...
  • Dratz EA, Hargrave PA. The structure of rhodopsin and the ...
  • Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, ...
  • Ritchie DW, Kemp GJL. Protein docking using spherical polar fourier ...
  • Cosconati S, Forli S, Perryman AL, Harris R, David S, ...
  • Smith SO. Mechanism of activation of the visual receptor rhodopsin. ...
  • Kesi´c AS, Milenkovi´c D, Antonijevi´c M, Petrovi´c B, Markovi´c Z. ...
  • Jain A. Computer aided drug design. J Phys Conf Ser ...
  • Motaharinia M, Sadeghpour M, Shalbafan M. Study of human albumin ...
  • Parvizi Fard G, Solouki L, Zakariazadeh M, Haghaei H, Soltani ...
  • Asghar BH, Arshad M. Ciprofloxacin analogues: drug likeness, biological and ...
  • Akhtar R, Noreen R, Raza Z, Rasul A, Zahoor AF. ...
  • Marciniec K, Beberok A, Pęcak P, Boryczka S, Wrześniok D. ...
  • Torres PHM, Sodero ACR, Jofily P, Silva-Jr FP. Key Topics ...
  • Wang G, Zhu W. Molecular docking for drug discovery and ...
  • Sethi A, Khusbhoo J, Sasikala K, Alvala M. Molecular Docking ...
  • De Ruyck J, Brysbaert G, Blossey R, Lensink M. Molecular ...
  • Jakhar R, Dangi M, Khichi A, Chhillar A K. Relevance ...
  • Mares-Sámano S, Garduño-Juárez R. Computational modeling of the interactions of ...
  • Heydargoy MH. Investigation of antiviral drugs with direct effect on ...
  • Collins I, Workman P. New approaches to molecular cancer therapeutics. ...
  • Wadood A, Ahmed N, Shah L, Ahmad A, Hassan H, ...
  • Parsa NZ, Mukherjee AB, Gaidano G, Hauptschein RS, Dallafavera R, ...
  • Christensen SH, Roest B, Besselink N, Janssen R, Boymans S, ...
  • Yanamala N, Gardner E, Riciutti A, Klein-Seetharaman J. The Cytoplasmic ...
  • Chen S, Getter T, Salom D, Wu D, Quetschlich D, ...
  • Yuzlenko O, Kieć-Kononowicz K. Molecular modeling of A۱ and A۲A ...
  • Kanwal S, Nishat S, Irfan Khan M. Docking of human ...
  • Sinha A, Brunette AMJ, Fay JF, Schafer CT, Farrens DL. ...
  • Kataoka C, Sugimoto T, Shigemura S, Katayama K, Tsunoda SP, ...
  • Mattle D, Kuhna B, Aebia J, Bedouchaa M, Kekillib D, ...
  • Razzaghi N, Fernandez-Gonzalez P, Mas-Sanchez A, Vila-Julià G, Perez JJ, ...
  • Yuriev E, Holien J, Ramsland PA. Improvements, trends and new ...
  • Dratz EA, Hargrave PA. The structure of rhodopsin and the ...
  • Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, ...
  • Ritchie DW, Kemp GJL. Protein docking using spherical polar fourier ...
  • Cosconati S, Forli S, Perryman AL, Harris R, David S, ...
  • Smith SO. Mechanism of activation of the visual receptor rhodopsin. ...
  • Kesi´c AS, Milenkovi´c D, Antonijevi´c M, Petrovi´c B, Markovi´c Z. ...
  • Jain A. Computer aided drug design. J Phys Conf Ser ...
  • Motaharinia M, Sadeghpour M, Shalbafan M. Study of human albumin ...
  • Parvizi Fard G, Solouki L, Zakariazadeh M, Haghaei H, Soltani ...
  • Asghar BH, Arshad M. Ciprofloxacin analogues: drug likeness, biological and ...
  • Akhtar R, Noreen R, Raza Z, Rasul A, Zahoor AF. ...
  • Marciniec K, Beberok A, Pęcak P, Boryczka S, Wrześniok D. ...
  • نمایش کامل مراجع