بررسی پتانسیل واکسن بودن پروتئین VceC علیه باکتری بیماری زای آبزی Vibrio cholerae و طراحی واکسن پپتیدی زیرواحدی بر اساس توالی آمینواسیدی این پروتئین با روش های تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک

Publish Year: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 38

This Paper With 31 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JAPB-10-1_008

تاریخ نمایه سازی: 16 اسفند 1402

Abstract:

Vibrio cholerae یک باکتری بیماری زای آبزی است که سویه های مختلف آن باعث ایجاد بیماری هایی چون وبا، اسهال حاد، مننژیت و سپتی سمی می شوند. با توجه به مقاومت سویه ها به آنتی بیوتیک های گوناگون، تولید واکسن های موثر بر تمامی سویه های بیماری زا می تواند یکی از بهترین روش های مبارزه باشد. از این رو، در این مطالعه پتانسیل واکسن بودن پروتئین VceC علیه باکتری V. cholerae با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی مورد بررسی قرار گرفت و در کنار تعیین ویژگی های آنتی ژنی، ویرولانسی و فیزیکوشیمیایی پروتئین نام برده، نقشه برداری اپیتوپ های B و T به منظور طراحی بهترین واکسن زیرواحدی انجام شد. نتایج نشان داد که این پروتئین دارای ویژگی های بهینه از جمله حضور در سطح تمامی سویه های مورد مطالعه، پایداری و نیمه عمر بالا، مقاومت به دما و همچنین حلال بودن در هنگام بیش بیانی است. همچنین نقاط آنتی ژنیک و اپیتوپ های خطی و فضایی زیادی در طول توالی و ساختار پروتئین مشاهده شد. با توجه به موقعیت مکانی و ویژگی های آنتی ژنیک، دو واکسن زیرواحدی خطی و فضایی طراحی شد که می توانند علیه بیماری زایی سویه های مختلف باکتری V. cholerae مورد آزمایش و استفاده قرار گیرند.

Authors

زینب رئوفی

استادیار گروه زیست شناسی، دانشگاه صنعتی خاتم الانبیاء بهبهان، بهبهان، ایران

سجاد عبدالهی

استادیار گروه زیست شناسی، دانشگاه صنعتی خاتم الانبیاء بهبهان، بهبهان، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Ahmad T.A., Eweida A.E. and El-Sayed L.H. ۲۰۱۶. T-cell epitope ...
  • Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K. ...
  • Armenteros J.J.A., Tsirigos K.D., Sønderby C.K., Petersen T.N., Winther O., ...
  • Awasthi S.P., Asakura M., Chowdhury N., Neogi S.B., Hinenoya A., ...
  • Barh D., Tiwari S., Jain N., Ali A., Santos A.R., ...
  • Cao Z. and Klebba P.E. ۲۰۰۲. Mechanisms of colicin binding ...
  • Chiang M.H., Sung W.C., Lien S.P., Chen Y.Z., Lo A.F.Y., ...
  • Colmer J.A., Fralick J.A. and Hamood A.N. ۱۹۹۸. Isolation and ...
  • Colwell R. and Huq A. ۲۰۰۱. Marine ecosystems and cholera. ...
  • Colwell R.R. ۲۰۰۲. A voyage of discovery: Cholera, climate and ...
  • Deshayes S., Daurel C., Cattoir V., Parienti J.J., Quilici M.L. ...
  • Drasar B.S. and Forrest B.D. ۱۹۹۶. Cholera and the Ecology ...
  • El-Gebali S., Mistry J., Bateman A., Eddy S.R., Luciani A., ...
  • Elluri S., Enow C., Vdovikova S., Rompikuntal P.K., Dongre M., ...
  • Federici L., Du D., Walas F., Matsumura H., Fernandez-Recio J., ...
  • Feghali R. and Adib S. ۲۰۱۱. Two cases of Vibrio ...
  • Finco O. and Rappuoli R. ۲۰۱۴. Designing vaccines for the ...
  • Garg A. and Gupta D. ۲۰۰۸. VirulentPred: A SVM based ...
  • Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Duvaud S.E., Wilkins M.R., ...
  • Gershoni J.M., Roitburd-Berman A., Siman-Tov D.D., Freund N.T. and Weiss ...
  • Gil F., Ipinza F., Fuentes J., Fumeron R., Villarreal J.M., ...
  • Gourlay L.J., Peri C., Ferrer-Navarro M., Conchillo-Sole O., Gor A., ...
  • Grote A., Hiller K., Scheer M., Munch R., Nortemann B., ...
  • Gupta S., Kapoor P., Chaudhary K., Gautam A., Kumar R., ...
  • Hailemichael Y. and Overwijk W.W. ۲۰۱۳. Peptide-based anticancer vaccines: The ...
  • Halpern M. and Izhaki I. ۲۰۱۷. Fish as hosts of ...
  • Harris J.F. Ryan E.T. and Calderwood S.B. ۲۰۱۲. Cholera. Lancet, ...
  • Hattotuwagama C.K., Guan P., Doytchinova I.A., Zygouri C. and Flower ...
  • Hong H., Patel D.R., Tamm L.K. and Van Den Berg ...
  • Ikai A. ۱۹۸۰. Thermostability and aliphatic index of globular proteins. ...
  • Islam M., Drasar B. and Bradley D. ۱۹۸۸. Survival and ...
  • Jenuth J.P. ۱۹۹۹. The NCBI: Publicly available tools and resources ...
  • Jertborn M., Svennerholm A.M. and Holmgren J. ۱۹۹۲. Safety and ...
  • Jertborn M., Svennerholm A.M. and Holmgren J. ۱۹۹۳. Evaluation of ...
  • Jespersen M.C., Peters B., Nielsen M. and Marcatili P. ۲۰۱۷. ...
  • Juncker A.S., Willenbrock H., Von Heijne G., Brunak S., Nielsen ...
  • Kaper J.B., Morris J.G. and Levine M.M. ۱۹۹۵. Cholera. Clinical ...
  • Kringelum J.V., Lundegaard C., Lund O. and Nielsen M. ۲۰۱۲. ...
  • Larsen J.E., Lund O. and Nielsen M. ۲۰۰۶. Improved method ...
  • Lehner P.J. and Cresswell P. ۱۹۹۶. Processing and delivery of ...
  • Levine M.M. ۲۰۱۰. Immunogenicity and efficacy of oral vaccines in ...
  • Lim J. ۲۰۱۵. The characterization of the lipoprotein VacJ in ...
  • Lu S., Wang J., Chitsaz F., Derbyshire M.K., Geer R.C., ...
  • Madej T., Lanczycki C.J., Zhang D., Thiessen P.A., Geer R.C., ...
  • Magnan C.N., Randall A. and Baldi P. ۲۰۰۹. SOLpro: Accurate ...
  • Marchler-Bauer A., Bo Y., Han L., He J., Lanczycki C.J., ...
  • McClelland M., Sanderson K.E., Spieth J. and Clifton S.W. ۲۰۰۱. ...
  • Mookerjee S., Batabyal P., Sarkar M.H. and Palit A. ۲۰۱۵. ...
  • Murphy K. and Weaver C. ۲۰۱۶. Janeway's Immunobiology. Garland Science, ...
  • Mwansa J., Mwaba J., Lukwesa C., Bhuiyan N., Ansaruzzaman M., ...
  • Naz A., Awan F.M., Obaid A., Muhammad S.A., Paracha R.Z., ...
  • Naz R.K. and Dabir P. ۲۰۰۷. Peptide vaccines against cancer, ...
  • Nelson E.J., Harris J.B., Morris J.G., Calderwood S.B. and Camilli ...
  • Pastor M., Pedraz J. and Esquisabel A. ۲۰۱۳. The state-of-the-art ...
  • Patronov A. and Doytchinova I. ۲۰۱۳. T-cell epitope vaccine design ...
  • Petsaris O., Nousbaum J., Quilici M., Le Coadou G., Payan ...
  • Ponomarenko J., Bui H.H., Li W., Fusseder N., Bourne P.E., ...
  • Rauta P.R., Ashe S., Nayak D. and Nayak B. ۲۰۱۶. ...
  • Rehulka J., Petras P., Marejkova M. and Aldova E. ۲۰۱۵. ...
  • Reise S.P. and Waller N.G. ۲۰۰۹. Item response theory and ...
  • Resende J.A., Godon J.J., Bonnafous A., Arcuri P.B., Silva V.L., ...
  • Richie E., Punjabi N.H., Sidharta Y., Peetosutan K., Sukandar M., ...
  • Schulz G.E. ۲۰۰۲. The structure of bacterial outer membrane proteins. ...
  • Sharma A., Singla D., Rashid M. and Raghava G.P.S. ۲۰۱۴. ...
  • Sharma N., Patiyal S., Dhall A., Pande A., Arora C. ...
  • Shen H.B. and Chou K.C. ۲۰۱۰. Gneg-mPLoc: A top-down strategy ...
  • Sigal L.J., Crotty S., Andino R. and Rock K.L. ۱۹۹۹. ...
  • Thompson D.K., Beliaev A.S., Giometti C.S., Tollaksen S.L., Khare T., ...
  • Thompson F.L., Iida T. and Swings J. ۲۰۰۴. Biodiversity of ...
  • Thungapathra M., Sinha K.K., Chaudhuri S.R., Garg P., Ramamurthy T., ...
  • Trach D.D., Cam P., Ke N., Rao M., Dinh D., ...
  • Uchiyama H. ۲۰۰۰. Distribution of Vibrio species isolated from aquatic ...
  • Umamaheswari A., Pradhan D. and Hemanthkumar M. ۲۰۱۲. Computer aided ...
  • Viret J.F., Dietrich G. and Favre D. ۲۰۰۴. Biosafety aspects ...
  • WHO. ۲۰۱۸. World Health Organization. Fourth annual Meeting of the ...
  • Wimley W.C. ۲۰۰۲. Toward genomic identification of β‐barrel membrane proteins: ...
  • Yao B., Zhang L., Liang S. and Zhang C. ۲۰۱۲. ...
  • Yosra M., Mahmoud M., Ebtsam S., Sabah I. and Elkamel ...
  • Yu C.S., Chen Y.C., Lu C.H. and Hwang J.K. ۲۰۰۶. ...
  • Zhao L., Gao X., Liu C., Lv X., Jiang N. ...
  • نمایش کامل مراجع