بررسی تنوع گونه ای دو عقرب Androctonus crassicauda و Hemiscorpius lepturus با استفاده از ژن های متابولیسمی متفاوت بیان شده در داده های RNA-seq

الهام پونده نژادان; عاطفه چمنی; فاطمه ثعلبی; ریحانه سلیمانی

بررسی تنوع گونه ای دو عقرب Androctonus crassicauda و Hemiscorpius lepturus با استفاده از ژن های متابولیسمی متفاوت بیان شده در داده های RNA-seq

Publish place: Journal of Animal Environment، Vol: 15، Issue: 3

Publish Year: 1402

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 13 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/1941301

Document National Code:

JR_AEJO-15-3_012

Index date: 18 March 2024

بررسی تنوع گونه ای دو عقرب Androctonus crassicauda و Hemiscorpius lepturus با استفاده از ژن های متابولیسمی متفاوت بیان شده در داده های RNA-seq abstract

راسته عقرب ها جزء رده عنکبوتیان و شاخه بندپایان دسته بندی می شوند. با توجه به این که مطالعات گسترده ای در سراسر جهان در حوزه فیلوژنتیکی و مورفولوژیکی در حال انجام است، دسته بندی عقرب ها نیز در حال به روز رسانی می باشد. این مطالعه در سال ۱۴۰۰ انجام گردیدد. هدف از پژوهش حاضر، بازسازی شبکه متابولیسمی عقرب های Androctonus crassicauda و Hemiscorpius lepturus با استفاده از مطالعات RNA-seq و معرفی ژن های متابولیسمی کلیدی متفاوت بیان شده بین دو گونه عقرب به عنوان نشانگر ملکولی برای ارزیابی تنوع ژنتیکی بین گونه های مختلف عقرب بود. صید عقرب ها با استفاده از نور فرابنفش و در نواحی مختلف استان خوزستان انجام شد (۱۰ نمونه از هر گونه). سم گیری از عقرب ها به روش شوک الکتریکی انجام شد و پس از گذشت ۷۲ ساعت از سم گیری، غده زهر جداسازی و با استفاده از هاون چینی و ازت مایع پودر گردید. استخراج RNA از غده زهر با استفاده از کیت تجاریRNeasy Animal Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA, USA) طبق دستور العمل شرکت انجام گردید. به این منظور توالی یابی ترانسکریپتوم دو گونه عقرب انجام شد و تفاوت بیان ژن ها توسط نرم افزار RSEM آنالیز گردید. نتایج آنالیز ها نشان داد که در مجموع ۶۸۸۰۶۰ یونی ژن در بین دو گونه شناسایی شدند که از این تعداد ۴۲۶۷۶ ژن دارای تفاوت بیان معنی داری بودند (۰/۰۵>p). هستی شناسی ژن های متفاوت بیان شده با استفاده از پایگاه های KEEG و GO انجام شد و نتایج نشان داد که ژن های دخیل در مسیر متابولیسمی بیش ترین فراوانی را دارا می باشند. بازسازی شبکه متابولیسمی عقرب و تجزیه و تحلیل آن با استفاده از پایگاه داده استرینگ و نرم افزار سایتواسکیپ منجر به شناسایی ۵ ژن هاب متابولیسمی گردید. در نهایت با استفاده از توالی اسید آمینه ای ژن هاب، (تریوز فسفات ایزومراز، سیترات سنتاز، گلوگز ۶- فسفات ایزومراز، کاتالاز و انولاز) درخت فیلوژنتیکی بین ۷ گونه عقرب ترسیم شد. این تحقیق استفاده از این ۵ ژن متابولیسمی را بر ای بررسی روابط فیلوژنتیکی در عقرب ها کارآمد ارزیابی کرد.

بررسی تنوع گونه ای دو عقرب Androctonus crassicauda و Hemiscorpius lepturus با استفاده از ژن های متابولیسمی متفاوت بیان شده در داده های RNA-seq Keywords:

تنوع ژنتیکی , درخت فیلوژنتیکی , روابط فیلوژنتیکی , شبکه متابولیسمی , هستی شناسی ژن ها

بررسی تنوع گونه ای دو عقرب Androctonus crassicauda و Hemiscorpius lepturus با استفاده از ژن های متابولیسمی متفاوت بیان شده در داده های RNA-seq authors

الهام پونده نژادان

گروه محیط زیست، واحد اصفهان (خوراسگان)، دانشگاه آزاد اسلامی، اصفهان، ایران

عاطفه چمنی

گروه محیط زیست، واحد اصفهان (خوراسگان)، دانشگاه آزاد اسلامی، اصفهان، ایران

فاطمه ثعلبی

بخش جانوران سمی و تولید پادزهر، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی شعبه جنوب غرب کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اهواز، ایران

ریحانه سلیمانی

گروه گیاه پزشکی، واحد اصفهان (خوراسگان)، دانشگاه آزاد اسلامی، اصفهان، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Akbari, A., Tabatabai S.M., Hedayat, A., Moder Rosta, H., Alizadeh, ...

Alfonso Prieto, M., Vidossich, P. and Rovira, C., ۲۰۱۲. The ...

Ashokan, K.V., Mundaganur, D.S. and Mundaganur, Y.D., ۲۰۱۰. Catalase: Phylogenetic ...

Bader, G.D. and Hogue, C.W., ۲۰۰۳. An automated method for ...

Bolger,M., Lohse, M. and Usadel, B., ۲۰۱۴. Trimmomatic: a flexible ...

Bruggeman,J. and Westerhoff, H.V., ۲۰۰۷. The nature of systems biology. ...

Chahari, K., Jelodar, A. and, Jafari, H., ۲۰۲۰. Molecular phylogeny ...

Dehghan, R. and Kassiri, H., ۲۰۱۸. ۲۰۰۳. A Checklist of ...

Dennis, G., Sherman, B.T., Hosack, D.A., Yang, J., Gao, W., ...

Fet, V., Gantenbei,, Gromov, A.V., Lowe, G. and Lourenco, W.R., ...

Grabherr, G., Haas, B.J., Yassour, M., Levin, J.Z., Thompson, D.A., ...

Grashof, D.G.B., Kerkkamp, H., Archer, S.A., Harris, J., Richardson, M.K., ...

Grauvogel, C., Brinkmann, H. and Petersen, J., ۲۰۰۷. Evolution of ...

Haas, B.J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P.D., ...

Harms, D., Robrts, J.D. and Harvey, M., ۲۰۱۹. Climate variability ...

Hernández Lucas, I., Rogel-Hernández, M. A., Segovia, L., Rojas-Jiménez, K. ...

Jafari, H., Salabi, F., Navidpour, S.H. and Forouzan, S.H., ۲۰۲۰. ...

Jeyaprakash, A. and Hoy, M.A., ۲۰۰۹. First divergence time estimate ...

Kazemi Lomedasht, F., Khalaj, V., Bagheri, K.P., Behdani, M. and ...

Keeling, P.J. and Doolittle, W.F., ۱۹۹۷. Evidence that eukaryotic triosephosphate ...

Kovařík, F. and Ahmed, Z., ۲۰۱۳. A Review of Androctonus ...

Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C. and Tamura, ...

Li, B. and Dewey, C.N., ۲۰۱۱. RSEM: accurate transcript quantification ...

Liu, K.C., Liu, C., Fan, M.X., Zhang, C.Y., Cai, F.C., ...

Michels, P.A.M., Opperdoes, F.R., Hannaert, V., Wiemer, E.A.C., Allert, S. ...

Monod, L. and Lourenco, W.R., ۲۰۰۵. Hemiscorpiidae (Scorpiones) from Iran, ...

Morgenstern, D., Rohde, B.H., King, G.F., Tal, T. and Sher, ...

Mozduri, Z. and Qaderzadeh, M., ۲۰۱۷. Study gene regulatory network ...

Patwardhan, A., Ray, S. and Roy, A., ۲۰۱۴. Molecular markers ...

Piast, M., Kustrzeba Wójcicka, I., Matusiewicz, M. and Banaś, T., ...

Pondehnezhadan, E., Chamani, A., Salabi, F. and Soleimani, R., ۲۰۲۲. ...

Rendo, N., Anaya, M., Delaye, L., Possani, L.D. and Herrera ...

Rohipoor, M. and Nazari, M., ۲۰۱۹. Genetic and Phylogenetic Analysis ...

Rohipoor, M. and Nazari, M., ۲۰۲۱. Population structure, Genetic diversity ...

Santibáñez López,, Ojanguren Affilastro, A. and Prashant, P., ۲۰۲۰. Another ...

Shahabi, A., Por Mojtaba, T. and Kazemipour, A., ۲۰۱۹. Reconstruction, ...

Soleglad, E., Fet, V. and Kovarík, F., ۲۰۰۵. The systematic ...

Temate Tiagueu, Y., Al Seesi, S., Mathew, M., Mandric, I., ...

Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J., ۱۹۹۴. CLUSTAL W: ...

Wiegmann, B.M., Mitter, C., Regier, J.C., Fried lander, T.P., Wagner, ...

Zámocký, M., Phylogenetic relationships in class I of the superfamily ...

نمایش کامل مراجع