طراحی و بهینه سازی پرایمر دژنره جهت بررسی تغییرات بیان ژن: ژن AMPK کرم خاکی Eisenia fetida، به عنوان یک گزارش اولیه

مقدمه: امروزه آنتی اکسیدانها و اثراتی که در تغییرات بیان ژنها، درمان بیماریها و یا برخی ازبیومارکرهای زیستی همچون کرم خاکی گونه Eisenia fetida دارند، توجه محققین زیادی را در زیست شناسی مولکولی، به خود جلب نمودند. یکی از این ژنهای مهم، ژن AMPK، در پایین دست مسیر پیام رسانی آنتی اکسیدانها است که هیچگونه اطلاعاتی از آن در بانک داده ثبت و گزارش نشد. برای این منظور استفاده از پرایمر دژنره، که احتمال حضور چندین نوکلئوتید به طور هم زمان در برخی از موقعیتهای آن را نشان میدهد، مورد توجه میباشد، اما طراحی و بهینه سازی این قبیل پرایمرها همواره از بحثهای جدل برانگیز است.هدف: طراحی و بهینهسازی پرایمرهای دژنره جهت شناسایی تغییرات بیان ژن AMPK کرم خاکی گونه E. fetida است.روش کار: برای این منظور ابتدا زیر شاخه (کلاد) چرخ زیان (Lophotrochozoa) از پروتوستومها به عنوان نزدیکترین گونه های جانوری به گونه E. fetida، انتخاب شد. سپس توالیهای آمینواسیدی AMPKی ثبت شده در پایگاه های ژنی از ۲۳ گونه مختلف این زیرشاخه استخراج شدند. همترازی این توالیها و همچنینتعیین و حذف توالیهایی که شباهت کمتری به اکثر توالیها دارند، با استفاده از نرم افزارصورتگرفت. طراحی پرایمر دژنره، با استفاده از نرم افزار -Jکدهاپ (J-CODEHOP) انجام شد.نتایج و بحث: با تجزیه و تحلیل پرایمرهای دژنره مختلف طراحی شده توسط نرم افزار -Jکدهاپ، پرایمر روبه جلوی VDYC۱۶x-f با توالی ۵'-GCAGATCATCTCCGGAgtngaytaytg و پرایمر معکوس DGEF۳۲x-r با توالی ۵'-GCAGGATGTTCGCAGraaytcnccrtc، انتخاب شده اند که حروف بزرگ و کوچک در این توالیهای اولیگومری به ترتیب نشاندهنده توافقی و دژنره بودن آن است. این دو پرایمر با دژنرسی ۶۴ و محدوده Tm نزدیک به هم، برای تکثیر قطعه ۱۵۹ جفت بازی ژن AMPK مناسب می باشند. با توجه به حساس بودن پروتئینAMPKبه میزان انرژی سلولی با عملکرد در پایین دست مسیرپیام رسانی آنتی اکسیدانها و به عنوان یک مارکر مولکولی دراین مسیر ، این توالی پرایمری دژنره میتوانددر بررسی تغییرات بیان رونوشتهای ژن آن مورد استفاده قرار گیرد

Keywords:

پرایمر دژنره , ژنAMPK , کرم خاکی , Eisenia fetida