ارزیابی بیوانفورماتیک تاثیر miRNAها بر بیان ژن های دخیل در فرآیند سم زدایی در گورخر ماهی (Danio rerio)

گورخرماهی (Danio rerio) یک مدل ارزشمند برای مطالعه مکانیسم های مولکولی از جمله سم زدایی است. MicroRNA ها (miRNA)، مولکول های RNA غیر کد کننده کوچکی هستند که پس از رونویسی بیان ژن را تنظیم می کنند و به طور بالقوه بر شبکه پیچیده ژن های درگیر در مسیرهای سم زدایی تاثیر می گذارند. در این مطالعه، از تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک (Target Scan و پایگاه داده DIANA) برای بررسی نقش بالقوه miRNA ها در تعدیل و تنظیم بیان ژن های مرتبط با فرآیند سم زدایی در گورخرماهی استفاده شد. از طریق بررسی کامل مجموعه داده های miRNA و mRNA در گورخرماهی، miRNAهای کاندید پیش بینی شده برای هدف قرار دادن ژن های سم زدایی شناخته شده شناسایی شد. سپس با استفاده از الگوریتم های بیوانفورماتیک، تعاملات بالقوه بین این miRNA ها و ژن های سم زدایی هدف آن ها (pgp, gpx۱a, gpx۳, aldh۳b۱, gstm۳, cyp۳c۱, gstp۱, gpx۱b, cyp۱۷a۱, sod۱, sod۲, gsto۲, gstz۱, akr۷a۳, gsr, ahr۱b, cat, ahr۲, abcb۴, cyp۱۱a۱) مورد ارزیابی قرار گرفت . علاوه بر این، میزان حفاظت از تعاملات miRNA-هدف در بین گونه ها ارزیابی شد و مکان های بالقوه اتصال miRNA در مناطق ترجمه نشده ۳' (UTRs) mRNAهای هدف مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. یافته های ما روابط تنظیمی پیچیده بین miRNA ها و ژن های دخیل در سم زدایی در گورخرماهی را نشان داد. این نتایج می تواند به عنوان پایه ای برای اعتبارسنجی های تجربی آینده باشد و به دانش رو به رشد، تنظیم ژن با واسطه miRNA  در زمینه مسیرهای سم زدایی در گورخرماهی کمک کند.

Keywords:

Reef evolution , MicroRNAs , Xenobiotic , Biotransformation , Target Scan , DIANA databases , MicroRNA ها , بیگانه بیوتیک ها , تغییر شکل زیستی , Target Scan , پایگاه داده DIANA