معرفی یک واکسن چند اپی توپی کارآمد در برابر سویه های مختلف SARS-CoV-۲: واکسینولوژی معکوس

جواد سرومیلی; بهرام باغبان کهنه روز; اشرف قلی زاده; حمیده افقی; داریوش شانه بندی

معرفی یک واکسن چند اپی توپی کارآمد در برابر سویه های مختلف SARS-CoV-۲: واکسینولوژی معکوس

Publish place: Journal of Health & Biomedical Informatics، Vol: 10، Issue: 3

Publish Year: 1402

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 25 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/2036056

Document National Code:

JR_JHBMI-10-3_006

Index date: 29 July 2024

معرفی یک واکسن چند اپی توپی کارآمد در برابر سویه های مختلف SARS-CoV-۲: واکسینولوژی معکوس abstract

مقدمه: در سال های اخیر، COVID-۱۹ به عنوان تهدیدی در زمینه سلامت شناخته شده است. با وجود واکسیناسیون هنوز هم افراد به این بیماری مبتلا می شوند چراکه واریانت های به روزتر دارای جهش هایی در ژنوم خود هستند که در اتصال به گیرنده های میزبان و فرار از پاسخ های سیستم ایمنی نقش دارند. از این رو مهم ترین هدف این مطالعه معرفی یک واکسن سریع و کاربردی به کمک ابزارهای بیوانفورماتیکی برای مقابله با این جهش های متنوع در سویه های مختلف SARS-CoV-۲ است. روش: به منظور نقشه برداری اپی توپ ها، پروتئین اسپایک ۳۲ واریانت مختلف بازیابی شد. سپس از (Immune Epitope Database) IEDB، NetCTL و NetMHCIIpan برای پیش بینی اپی توپ های سلول T و B استفاده شد. واکسن مبتنی بر اپی توپ های حفاظت شده از نظر آنتی ژنی، حساسیت زایی، سمیت، حلالیت، خواص فیزیکوشیمیایی، پوشش جمعیتی و ساختار ثانویه با سرورهای مربوطه بررسی شدند. مدل سازی به کمک Robetta و داکینگ با گیرنده شبه (TLR۳) Toll ، به ترتیب با استفاده از Cluspro، PatchDock و FireDock انجام شد. نتایج: پس از ارزیابی های دقیق، تمامی نتایج کیفیت مطلوب واکسن را تایید کردند. طبق بررسی های بیشتر این ساختار مشابه پروتئین بومی است و برهمکنشی پایدار و قوی بین واکسن و گیرنده وجود دارد. براساس شبیه سازی دینامیک مولکولی فشردگی ساختاری و پایداری در اتصال نیز مشاهد شد. علاوه بر این، شبیه سازی ایمنی نشان داد که واکسن می تواند پاسخ های ایمنی مشابه با شرایط واقعی را تحریک نماید. در نهایت، بهینه سازی کدون و شبیه سازی in silico بیان کارآمد در Escherichia coli را تایید کرد. نتیجه گیری: براساس نتایج به دست آمده واکسن چند اپی توپی طراحی شده می تواند به عنوان یک کاندیدای پیشگیری کننده در برابر SARS-CoV-۲ عمل نماید.

معرفی یک واکسن چند اپی توپی کارآمد در برابر سویه های مختلف SARS-CoV-۲: واکسینولوژی معکوس Keywords:

Dynamic Simulation , Immunoinformatics , Immune Simulation , Molecular Docking , Multi-epitope Vaccine , شبیه سازی دینامیکی , ایمونوانفورماتیک , شبیه سازی ایمنی , داکینگ مولکولی , واکسن چند اپی توپی

معرفی یک واکسن چند اپی توپی کارآمد در برابر سویه های مختلف SARS-CoV-۲: واکسینولوژی معکوس authors

جواد سرومیلی

PhD Student in Agricultural Biotechnology, Department of Plant Breeding and Biotechnology, Faculty of Agriculture, University of Tabriz, Tabriz, Iran

بهرام باغبان کهنه روز

PhD in Molecular Biology and Biotechnology, Associate Professor, Department of Plant Breeding and Biotechnology, Faculty of Agriculture, University of Tabriz, Tabriz, Iran

اشرف قلی زاده

PhD in Biochmistry, Full Professor, Faculty of Natural Sciences and Research Center for Biosciences and Biotechnology (RCBB), University of Tabriz, Tabriz, Iran

حمیده افقی

PhD in Biotechnology, Associate Professor, Department of Biotechnology, Iranian Research Organization for Science and Technology, Tehran, Iran

داریوش شانه بندی

PhD in Immunology, Assistant Professor, Department of Immunology, Immunology Research Center, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Bell D, Hansen KS, Kiragga AN, Kambugu A, Kissa J, ...

World Health Organization (WHO). Weekly epidemiological update on COVID-۱۹ [۲۰۲۳ ...

Yang R, Wu S, Wang S, Rubino G, Nickels JD, ...

Walls AC, Park YJ, Tortorici MA, Wall A, McGuire AT, ...

Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, ...

Magazine N, Zhang T, Wu Y, McGee MC, Veggiani G, ...

Sette A, Fikes J. Epitope-based vaccines: an update on epitope ...

Gershoni JM, Roitburd-Berman A, Siman-Tov DD, Tarnovitski Freund N, Weiss ...

Hastie KM, Li H, Bedinger D, Schendel SL, Dennison SM, ...

Larsen MV, Lundegaard C, Lamberth K, Buus S, Lund O, ...

Moutaftsi M, Peters B, Pasquetto V, Tscharke DC, Sidney J, ...

Doytchinova IA, Flower DR. VaxiJen: a server for prediction of ...

Calis JJ, Maybeno M, Greenbaum JA, Weiskopf D, De Silva ...

Dimitrov I, Bangov I, Flower DR, Doytchinova I. AllerTOP v.۲a ...

Gupta S, Kapoor P, Chaudhary K, Gautam A, Kumar R. ...

Jensen KK, Andreatta M, Marcatili P, Buus S, Greenbaum JA, ...

Wang P, Sidney J, Kim Y, Sette A, Lund O, ...

Nagpal G, Usmani SS, Dhanda SK, Kaur H, Singh S, ...

Oladipo EK, Adeniyi MO, Ogunlowo MT, Irewolede BA, Adekanola VO, ...

El-Manzalawy Y, Dobbs D, Honavar V. Predicting linear B-cell epitopes ...

Jespersen MC, Peters B, Nielsen M, Marcatili P. BepiPred-۲.۰: improving ...

Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, ...

Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K. ...

Almofti YA, Abd-Elrahman KA, Eltilib EEM. Vaccinomic approach for novel ...

Bui HH, Sidney J, Dinh K, Southwood S, Newman MJ, ...

Mahmud S, Rafi MO, Paul GK, Promi MM, Shimu MSS, ...

Singh A, Thakur M, Sharma LK, Chandra K. Designing a ...

Chauhan V, Rungta T, Goyal K, Singh MP. Designing a ...

Pandey RK, Ojha R, Aathmanathan VS, Krishnan M, Prajapati VK. ...

Chen X, Niyonsaba F, Ushio H, Hara M, Yokoi H, ...

Dimitrov I, Naneva L, Doytchinova I, Bangov I. AllergenFP: allergenicity ...

Gasteiger E, Hoogland C, Gattiker A, Duvaud S, Wilkins MR, ...

Nielsen H. Predicting Secretory Proteins with SignalP. Methods Mol Biol ...

Buchan DWA, Jones DT. The PSIPRED Protein Analysis Workbench: ۲۰ ...

Geourjon C, Deléage G. SOPMA: significant improvements in protein secondary ...

Ko J, Park H, Heo L, Seok C. GalaxyWEB server ...

Wiederstein M, Sippl MJ. ProSA-web: interactive web service for the ...

Colovos C, Yeates TO. Verification of protein structures: patterns of ...

Pontius J, Richelle J, Wodak SJ. Deviations from standard atomic ...

Laskowski RA, MacArthur MW, Moss DS. Tornton JM. PROCHECK: A ...

Laskowski RA, Jabłońska J, Pravda L, Vařeková RS, Thornton JM. ...

DeLano WL. Pymol: An open-source molecular graphics tool. CCP۴ Newsletter ...

Ponomarenko J, Bui HH, Li W, Fusseder N, Bourne PE, ...

Vajda S, Yueh C, Beglov D, Bohnuud T, Mottarella SE, ...

Andrusier N, Nussinov R, Wolfson HJ. FireDock: fast interaction refinement ...

López-Blanco JR, Aliaga JI, Quintana-Ortí ES, Chacón P. iMODS: internal ...

Bansal S, Dalrymple O, Gaffar A. Design, development, and implementation ...

Grote A, Hiller K, Scheer M, Münch R, Nörtemann B, ...

Smith CL, Econome JG, Schutt A, Klco S, Cantor CR. ...

Sharp PM, Li WH. The codon Adaptation Indexa measure of ...

Samad A, Ahammad F, Nain Z, Alam R, Imon RR, ...

Rapin N, Lund O, Bernaschi M, Castiglione F. Computational immunology ...

Ong E, Wang H, Wong MU, Seetharaman M, Valdez N, ...

Kathwate GH. In silico Design and Characterization of Multi-epitopes Vaccine ...

Kar T, Narsaria U, Basak S, Deb D, Castiglione F, ...

Heo L, Park H, Seok C. GalaxyRefine: Protein structure refinement ...

Messaoudi A, Belguith H, Ben Hamida J. Homology modeling and ...

Ramachandran GN, Ramakrishnan C, Sasisekharan V. Stereochemistry of polypeptide chain ...

Lovell SC, Davis IW, Arendall WB ۳rd, de Bakker PI, ...

Minch MJ. An introduction to hydrogen bonding New York: Oxford ...

Morla S, Makhija A, Kumar S. Synonymous codon usage pattern ...

Ali M, Pandey RK, Khatoon N, Narula A, Mishra A, ...

Yang Z, Bogdan P, Nazarian S. An in silico deep ...

de Wilde AH, Snijder EJ, Kikkert M, van Hemert MJ. ...

Guo S, Liu K, Zheng J. The Genetic Variant of ...

Callaway E. Fast-spreading COVID variant can elude immune responses. Nature ...

Islam MR, Hoque MN, Rahman MS, Alam ASMRU, Akther M, ...

Oluwagbemi OO, Oladipo EK, Kolawole OM, Oloke JK, Adelusi TI, ...

Lee S, Nguyen MT. Recent advances of vaccine adjuvants for ...

Durdagi S, Tahir Ul Qamar M, Salmas RE, Tariq Q, ...

Gopalakrishnan K, Sowmiya G, Sheik SS, Sekar K. Ramachandran plot ...

Galanis KA, Nastou KC, Papandreou NC, Petichakis GN, Pigis DG, ...

Abraham Peele K, Srihansa T, Krupanidhi S, Ayyagari VS, Venkateswarulu ...

Pandey RK, Bhatt TK, Prajapati VK. Novel Immunoinformatics Approaches to ...

نمایش کامل مراجع