توانایی اولیگونوکلئوتیدهای ضد ژن RpoD در باکتری استافیلوکوک اورئوس در مهار ژن های انسانی: یک مطالعه بیوانفورماتیک
Publish place: Journal of Health & Biomedical Informatics، Vol: 2، Issue: 4
Publish Year: 1394
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 57
This Paper With 8 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JHBMI-2-4_002
تاریخ نمایه سازی: 9 مرداد 1403
Abstract:
مقدمه: یکی از روش های جدید کنترل عفونت های میکروبی استفاده از اولیگونوکلئوتیدهای آنتی سنس (مکمل) برای مهار ژن های ضروری است . هدف این مطالعه بررسی ۴ توالی مکمل علیه ژن rpoD استافیلوکوکوس اورئوس و پی بردن به تطابق احتمالی در ژن های انسانی بود.
روش: نخست به بانک اطلاعاتی مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) مراجعه و ژن rpoD در استافیلوکوکوک اورئوس از آن استخراج و سپس توالی mRNA آن تولید گردید. سپس با توجه به ساختار ثانویه توالی mRNA و بر طبق معیار های ترمودینامیک ۴ توالی مکمل mRNA انتخاب گردید. در نهایت تطابق توالی های مکمل انتخابی به صورت تک تک با تمامی ژن های انسانی با الگوریتم BlastN مورد بررسی قرار گرفت.
نتایج: این تحقیق نشان داد که از نظر ساختار ثانویه و پارامتر های ترمودینامیک توالی مکمل شماره یک، GAAGAAGTTGGTA ، بهترین آنتی سنس بود و پایین ترین Overall ∆G را داشت. تطابق توالی های مکمل نشان داد که آنتی سنس شماره های ۱ و ۲ و ۴ اهداف زیادی در سطح mRNA های انسانی داشته، اما آنتی سنس شماره ۳ با توالی GAAGCAATTAATT بسیار ایده آل بوده و تنها می تواند ژن rpoD را هدف قرار دهد.
نتیجه گیری: با در نظر گرفتن ساختار ثانویه و پارامتر های ترمودینامیک می توان توالی های آنتی سنس مناسب برای ژن هدف انتخاب کرد، ولی اکثر این آنتی سنس ها می توانند اهداف دیگری نیز در سطح سلول های انسانی داشته باشند.
Keywords:
Authors
سیمین شریعت
yazd medical science
سید مهدی کلانتر
دکتری تخصصی ژنتیک پزشکی ، استاد گروه ژنتیک پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران
سید حسین حکمتی مقدم
دکتری حرفه ای پاتولوژی، دانشیار گروه علوم آزمایشگاهی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران
هنگامه زندی
دکتری تخصصی میکروبیولوژی، استادیارگروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران
علی جبالی
Ph.D. in Nanotechnology, Assistant Professor of Medical Nanotechnology, Advanced Medical Sciences and Technologies Dept., School of Para medicine, Shahid Sadoughi University of Medical Sciences, Yazd, Iran.
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
