مقایسه پیش بینی ژن هدف میکروRNAهای مرتبط با بیماری آلزایمر با ابزارهای بیوانفورماتیکی آنلاین
Publish place: Journal of Health & Biomedical Informatics، Vol: 7، Issue: 4
Publish Year: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 13
This Paper With 14 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JHBMI-7-4_003
تاریخ نمایه سازی: 9 مرداد 1403
Abstract:
مقدمه: پیش بینی میکروRNAهای مرتبط با ژن های هدف با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی، موجب صرفه جویی در وقت و هزینه های بررسی آزمایشگاهی می شود. در این مطالعه، پیش بینی ژن های هدف میکروRNAهای مرتبط با بیماری آلزایمر توسط ابزارهای بیوانفورماتیکی مختلف با داده های تجربی گزارش شده مقایسه شد.
روش: ۴۱ میکروRNA که بر اساس نتایج آزمایشگاهی گزارش شده در مقالات موجب تغییر در بیان ۲۱ ژن اصلی دخیل در بیماری آلزایمر شده بودند، انتخاب گردید. سپس پیش بینی ژن هدف برای هر میکروRNA به وسیله سه ابزار بیوانفورماتیکی شامل MirTarget، TargetScan و Diana-microT انجام شد و نتایج به دست آمده برای هر سه ابزار با توجه به ژن های هدف گزارش شده برای آن ها با یکدیگر مقایسه گردید.
نتایج: در بررسی ۴۱ میکروRNA گزارش شده برای ۲۱ ژن دخیل در بیماری آلزایمر، ابزار MirTarget در ۶۶ درصد، TargetScan در ۶۱ درصد و Diana-microT در ۲۷ درصد از موارد اتصال میکروRNAهای مورد نظر را به ژن هدف، تایید نمود؛ اما اتصال ۲۲ درصد از میکروRNAها به ژن های هدف، توسط هیچ کدام از ابزارها تایید نشد.
نتیجه گیری: ابزارهای MirTarget و TargetScan نسبت به Diana-microT در پیش بینی ژن هدف میکروRNAهای دخیل در بیماری آلزایمر توانایی بالاتری دارند. با توجه به الگوریتم به کار گرفته شده در MirTarget، این ابزار بیوانفورماتیکی در پیش بینی ژن های هدف میکروRNAها نتایج عملکردی و واقعی تری را ارائه می کند و به عنوان یک نرم افزار کاربردی در پیش بینی اهداف میکروRNAها توصیه می شود. همچنین می توان نتیجه گیری نمود که تغییرات بیان ژن گزارش شده با واسطه میکروRNAها در بیماری آلزایمر، در مواردی نیاز به بررسی بیشتر دارند.
Keywords:
MicroRNA , Bioinformatics , Target Gene Prediction , Alzheimer Disease , میکروRNA , بیوانفورماتیک , پیش بینی ژن هدف , بیماری آلزایمر
Authors
مریم کرائی
M.Sc. Student in Cellular and Molecular Biology, Biological Science Dept., Faculty of Science, University of Kurdistan, Sanandaj, Iran
شمس الدین احمدی
Associate Professor in Physiology, Biological Science Dept., Faculty of Science, University of Kurdistan, Sanandaj, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :