خصوصیات مولکولی و تعیین توالی کامل ژنوم ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در استانهای خراسان رضوی و جنوبی

ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV یکی از مخرب ترین ویروسهای گوجه فرنگی است که متعلق به خانواده Geminiviridae و جنس Begomovirus میباشد و بوسیله سفید بالک به طریق گردشی انتقال مییابد. این ویروس در مناطق مرکزی و جنوبی ایران گسترش وسیعی دارد لیکن اطلاعی از خصوصیات جدایه های شمالی ویروس در دسترس نیست. به منظور شناسایی و تعیین ترادف ویروس مذکور نمونه های مشکوک به آزمایشگاه منتقل شدند. استخراج دی. ان. ای با استفاده از بافر CTAB به روش ژانگ و همکاران ( 1998 ) انجام شد. در آزمون PCR با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی، آلودگی نمونه ها به TYLCV تائید شد. برای تکثیر ژنوم کامل ویروس، با توجه به موقعیت جغرافیایی و نوع علائم، چهار جدایه انتخاب و با استفاده از آنزیم فی دی. ان. ای پلیمراز (ϕ DNA Ploymerase بر اساس روش شفرد و همکاران ( 2008 ) طول کامل ژنوم تکثیر و پس از همسانه سازی به روش Primer walking تعیین ترادف و چار چوبهای ژنی، ترجمه پروتئینی و نقشه ژنتیکی هر جدایه تعیین شد. اندازه ژنوم در جدایه های تعیین ترادف شده 2780 - 2770 نوکلئوتید بود. ساختار ژنوم در جدایه های توالی یابی شده مشابه با سویه های یک بخشی TYLCV بوده و دارای دو چارچوب ژنی هم پوشان V1 و V2 بر روی رشته ویروسی و چارچوبهای C1 ، C2 ، C3 و C4 بر روی رشته مکمل و یک ناحیه بین ژنی بطول 312 - 296 باز در بین چارچوب های ژنی V2 و C1 بود. جدایه خراسان جنوبی 2770 نوکلئوتید طول و به اندازه 10 نوکلئوتید کوتاهتر از جدایه های خراسان رضوی بود. نتایج حاصل از همردیف سازی جدایه ها نشان داد که در این جدایه 19 نوکلئوتید در سمت راست ناحیه بین ژنی حذف شده و 3 نوکلئوتید نیز به سمت چپ ناحیه بین ژنی اضافه شده است. همچنین طول چارچوب ژنی C1 در این جدایه به اندازه 6 نوکلئوتید نسبت به جدایه های خراسان رضوی بیشتر بود. در آنالیز فیلوژنی جدایه های خراسان رضوی و جنوبی در دو گروه مجزا قرار گرفتند. جدایه های خراسان رضوی که با جدایه های اورزوئیه، تفت و آباده 98 درصد شباهت دارد در یک گروه و جدایه خراسان جنوبی در گروه جداگانه ای قرار گرفت و بیشترین شباهت را با جدایه های جیرفت و عمان به ترتیب با 98/4 و 97/1 درصد دارد.

خصوصیات مولکولی و تعیین توالی کامل ژنوم ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در استانهای خراسان رضوی و جنوبی Keywords:

ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی TYLCV , آنالیز فیلوژنی , تکثیر به روش دایره غلتان