مدلسازی ساختار سوم آنزیمInosine-Uridine preferring Nucleoside Hydrolaseلیشمانیا اینفانتوم با استفاده از نرم افزار Modeller
Publish Year: 1403
Type: Conference paper
Language: Persian
View: 117
This Paper With 11 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
ZISTCONF03_020
Index date: 8 September 2024
مدلسازی ساختار سوم آنزیمInosine-Uridine preferring Nucleoside Hydrolaseلیشمانیا اینفانتوم با استفاده از نرم افزار Modeller abstract
دسترسی به ساختار سوم آنزیم IU- Inosine-Uridine preferring Nucleoside Hydrolase(NH لیشمانیا اینفانتوم که یکی از آنزیم های کلیدی در مسیر بازیافت پورین ها است، جهتطراحی واکسن و دارو علیه این انگل ضروری می باشد. در این مطالعه مدلسازی ساختار سوم آنزیم IU-NH لیشمانیا اینفانتوم که فاقد ساختار سوم در PDB بود، بر اساس توالی های همولوگ و با استفاده از داده های پایگاه های EMBL-EBI NCBI ،PDB و نرم افزار ۹.۱۵ Modeller انجام و مقدار RMSD و انرژی پتانسیل مدل ها با استفاده از برنامه SWISS PDB Viewer ۴.۱.۰محاسبه شد. تعیین کیفیت ساختار سه بعدی آنزیم مدلسازی شده نیز بر اساس شاخص منحنی راماچاندران انجام گرفت. پیش بینی ساختار دوم، پارامترهای بیوشیمیایی، دومین های حفاظت شده، عملکرد و خانواده آنزیم با استفاده از نرم افزارهای مربوطه انجام شد. از بین صد مدل ساخته شده، بهترین مدل انتخاب شد. مقدار RMSD و انرژی پتانسیل بهترین مدل به ترتیب ۰/۲۷ آنگستروم و KJ/mol - ۶۱۸۳۶/۷۷۷ بودند که نشان می دهند مدل ساخته شده پایدار است. بر اساس منحنی راماچاندران % ۹۹/۸ مناطق مجاز و قابل قبول بودند. آنزیم مدلسازی شده، هوموتترامر و از خانواده نوکلئوزید هیدرولازها بود و هیدرولیز نوکلئوزیدها (ترجیحا اینوزین یا یوریدین) را سرعت می بخشید. هر زنجیره از آنزیم IU-NH یک دومین حفاظت شده داشت و ۱۲ مارپیچ آلفا، ۱۳ صفحه بتا و ۲۲ کویل در ساختار دوم هر زنجیره پیش بینی شد. مدلسازی ساختار سوم پروتئین ها بر اساس هومولوژی مدلینگ در مقایسه با روش های تجربی، بسیار آسان، سریع و ارزان می باشد. نتایج حاصل از این پژوهش را می توان در مطالعات طراحی دارو و واکسن علیهلیشمانیا اینفانتوم استفاده نمود.
مدلسازی ساختار سوم آنزیمInosine-Uridine preferring Nucleoside Hydrolaseلیشمانیا اینفانتوم با استفاده از نرم افزار Modeller Keywords:
مدلسازی ساختار سوم آنزیمInosine-Uridine preferring Nucleoside Hydrolaseلیشمانیا اینفانتوم با استفاده از نرم افزار Modeller authors
اکرم رحیمی مقدم
تهران، دانشگاه الزهرا، دانشکده علوم زیستی، گروه بیوتکنولوژی
