شناسایی miRNAهای حفاظت شده گل راعی (Hypericum perforatum) با استفاده از داده های توالی یابی نسل جدید

نفیسه نورمحمدی; احمد اسماعیلی; احمد سبحانی نجف آبادی; فرهاد نظریان فیروز آبادی

شناسایی miRNAهای حفاظت شده گل راعی (Hypericum perforatum) با استفاده از داده های توالی یابی نسل جدید

Publish place: Iranian Journal of Rangelands and Forests Plant Breeding and Genetic Research، Vol: 30، Issue: 1

Publish Year: 1401

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 14 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/2076190

Document National Code:

JR_IJRFP-30-1_005

Index date: 19 September 2024

شناسایی miRNAهای حفاظت شده گل راعی (Hypericum perforatum) با استفاده از داده های توالی یابی نسل جدید abstract

ژن های miRNAs دسته مهمی از تنظیم کننده های بیان ژنی می‎باشند که نسبت به تنش های محیطی، پاسخ های متنوعی دارند و نقش کلیدی در تنظیم بیان ژن ها در مراحل پس از رونویسی ایفا می‎کنند. گل راعیperforatum) Hypericum) بیشترین کاربرد را در درمان افسردگی به دلیل تاثیر هایپرسین و هایپرفورین دارد. پژوهش حاضر به منظور شناسایی miRNAهای حفاظت شده و ژن های هدف آن ها در محتوی رونوشت (Transcriptome) گل راعی صورت گرفت. ابتدا نمونه های حاصل از توالی یابی RNA گل راعی از بانک اطلاعاتیEMBL-EBI (ENA) دریافت شدند، سپس ترنسکریپتوم این گیاه سرهم بندی گردید و رونوشت های غیر کدکننده به پروتئین شناسایی و به عنوان توالی های کاندید پیش ساز miRNA در نظر گرفته شدند. در نهایت از بین توالی های کاندید با استفاده از نرم افزار C-mii شش miRNA با نام های Hp-miR۳۹۵، Hp-miR۸۴۵d، Hp-miR۴۱۴، miR۱۵۹ Hp-،Hp-miR۱۵۹e و Hp-miR۱۵۶c پس از اعمال فیلترهای سخت گیرانه شناسایی شدند. بررسی شبکه برهم کنش پروتئین-پروتئین ارتباط ژن های هدف با پروتئین های هدف به ویژه عوامل رونویسی را مشخص کرد. در مرحله بعد جهت تایید ژن های هدف برای miRNAهای شناسایی شده محلول پاشی با غلظت های صفر (شاهد) و ۲۰۰ میکرو مولار متیل جاسمونات بر روی گل راعی انجام شد و الگو ی تغییرات بیان دو ژن هدف بررسی گردید. در بررسی تغییرات میزان بیانqRT-PCR در زمانهای ۱۲، ۲۴، ۴۸ و ۷۲ ساعت پس از اعمال تیمار متیل جاسمونات، افزایش سطح بیان نسبی برای رونوشت های (DN۱۲۱۵۲۳_c۱_g۴_i۲) Hyp-۱ و HD-Zip (DN۱۲۱۰۰۳_c۰_g۱_i۱) پس از ۷۲ ساعت از کاربرد با متیل جاسمونات مشاهده شد. در مجموع با توجه به نقش تنظیمی miRNAهای شناسایی شده در مطالعه‎ ی حاضر، می ‎توان از این ژن ها در شناسایی بهتر و دقیق تر مسیر بیوسنتزی هایپرسین و هایپرفورین استفاده کرد.

شناسایی miRNAهای حفاظت شده گل راعی (Hypericum perforatum) با استفاده از داده های توالی یابی نسل جدید Keywords:

Hypericum perforatum , In-silico identification , methyl jasmonate , qRT-PCR , Transcriptome-wide analysis

شناسایی miRNAهای حفاظت شده گل راعی (Hypericum perforatum) با استفاده از داده های توالی یابی نسل جدید authors

نفیسه نورمحمدی

Ph.D. graduated, Department of Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.

احمد اسماعیلی

Prof., Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.

احمد سبحانی نجف آبادی

Ph.D. graduated, Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran - Isfahan Branch, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Isfahan, I.R. Iran.

فرهاد نظریان فیروز آبادی

Prof., Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran,.

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Akhtar, S., Hartmann, P., Karshovska, E., Rinderknecht, F.-A., Subramanian, P., ...

Çakır, Ö., Arıkan, B., Karpuz, B., & Turgut-Kara, N. ۲۰۲۱. ...

Chen, Y., Fu, Z., Zhang, H., Tian, R., Yang, H., ...

Du T, Zamore PD ۲۰۰۵. microPrimer: the biogenesis and function ...

Feyissa, B. A., Amyot, L., Nasrollahi, V., Papadopoulos, Y., Kohalmi, ...

Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, ...

Han, J., Xie, H., Kong, M., Sun, Q., Li, R., ...

He, M., Wang, Y., Hua, W., Zhang, Y., & Wang, ...

Ho, T.-T., Murthy, H. N., & Park, S.-Y. ۲۰۲۰. Methyl ...

Jung J H, Seo PJ, Park CM. ۲۰۰۹. MicroRNAbiogenesis and ...

Li, H., Zhang, X., Wang, F., Zhou, L., Yin, Z., ...

Mahmoudi, A., Aalami, A., Hasani Komleh, H., Esfehani, M & ...

Naghavi, M., & Karimi, A. ۲۰۱۸. Identification of miRNAs and ...

Rastogi, S., Meena, S., Bhattacharya, A., Ghosh, S., Shukla, R. ...

Rizzo, P., Altschmied, L., Stark, P., Rutten, T., Gündel, A., ...

Sabzehzari, M., & Naghavi, M. ۲۰۱۹. Phyto-miRNA: a molecule with ...

Schmiesing, A., Emonet, A., Gouhier-Darimont, C., & Reymond, P. ۲۰۱۶. ...

Scholz, I., Liakoni, E., Hammann, F., Grafinger, K. E., Duthaler, ...

Shahidi, B., Ahmadi, J., & Ourang, S. ۲۰۱۹. The Study ...

Sobhani, A., & Naghavi, M. ۲۰۱۸. Mining Ferula gummosa transcriptome ...

Wang, Z., Wang, S., Xiao, Y., Li, Z., Wu, M., ...

Wang, M., Yin, H., Zhou, Y., Sui, C., Wang, Y., ...

Wu, H., Ren, Z., Zheng, L., Guo, M., Yang, J., ...

نمایش کامل مراجع