موفقیت بهنژادگران گیاهی به میزان تنوع ژنتیکی موجود در گیاهان و خویشاوندان وحشی آن ها بستگی دارد. آگاهی از فاصله و خویشاوندی ژنتیکی امکان سازماندهی ذخایر ارثی، نمونهبرداری موثر از ژنوتیپها و استفاده بهتر از تنوع را فراهم میکند. این تحقیق به منظور بررسی تنوع ژنتیکی شش توده ریحان (L. Ocimum basilicum) و نیز ارزیابی پاسخ بیوشیمیایی آنها به شرایط کم آبیاری و تراکم در گلخانه مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی استان اصفهان طی آزمایش فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تکرار به اجرا درآمد. تودههای ریحان (شامل توده افغانی سبز، قائمیه بنفش، قهجاورستان سبز، اردستان سبز، مبارکه سبز و مهیار بنفش) با دو تراکم ۶/۶ و ۲۰ بوته در متر مربع، به صورت جوی و پشتههایی به فواصل cm ۵۰ کشت شدند. بذرهای این توده ها بر روی پشتههایی به فاصلهی cm ۳۰ (در تراکم ۶/۶ بوته در متر مربع) و cm ۱۰ (در تراکم ۲۰ بوته در متر مربع) قرار گرفتند. آبیاری به صورت قطره ای با استفاده از تشتک تبخیر و در قالب سه تیمار ۶۰ ،۸۰ و۱۰۰ درصد ظرفیت زراعی انجام شد، همچنین در این آزمایش ۱۲ جفت آغازگر AFLP جهت بررسی تنوع ژنتیکی مورد استفاده قرار گرفتند. براساس نتایج بدست آمده در تمام شرایط آبیاری توده افغان بالاترین درصد اسانس را نشان داد. در بین تودههای مورد مطالعه بالاترین میزان کاتالاز، پراکسیداز و سوپراکسید دیسموتاز به ترتیب با مقادیر ۶۲/۰، ۴۴/۰ و ۵۳/۰ میکرومول بر دقیقه بر گرم وزن تر) به توده قهجاورستان و بالاترین مقادیر کلروفیل a وb (۴۹/۱ و ۷۶/۰ میلی گرم بر گرم وزن تر) به توده مبارکه اختصاص داشت. در رابطه با تنش کم آبی مشخص شد که اعمال تیمارهای ۸۰ و ۶۰ درصد ظرفیت زراعی به ترتیب منجر به افزایش ۴ و ۱۹ درصدی کاتالاز، ۶ و ۲۲ درصدی پراکسیداز و ۵ و ۲۰ درصدی سوپراکسید دیسموتاز گردید. بهطور کلی توده افغان بالاترین میزان تحمل به تنش را نشان داد. براساس تجزیه و تحلیل نتایج حاصل از AFLP هر آغازگر به طور میانگین تولید ۵۱/۱۰ باند چندشکل کرد و آغازگر۱۱ بیشترین تولید باند را در بین آغازگرها به خود اختصاص داد. ارزیابی ماتریس شباهت بیانگر بیشترین تشابه ژنتیکی بین تودههای مبارکه و اردستان به میزان ۹۹/۰ بود و کمترین تشابه ژنتیکی مربوط به تودههای اردستان و مهیار بود که به میزان ۷۱/۰ بدست آمد. بطورکلی براساس نتایج بدست آمده، از تودههایی با کمترین تشابه ژنتیکی (اردستان و مهیار) میتوان در برنامههای اصلاحی به عنوان والد استفاده کرد که منجر به ایجاد نتاج با تنوع ژنتیکی بالاتر میشود. همچنین توده افغان میتواند در برنامههای اصلاحی مقاوم به تنش به عنوال والد مطلوب لحاظ گردد.