بررسی ترانسکریپتوم زیره سیاه ایرانی (Bunium persicum Boiss) در مرحله دانه بندی و شناسایی ریزماهواره های (SSR) ژنومی در این گیاه

محمدرسول سمندری بهرآسمان; احمد اسماعیلی; سعید اسماعیلی ماهانی; اسماعیل ابراهیمی; اولین لوویت

بررسی ترانسکریپتوم زیره سیاه ایرانی (Bunium persicum Boiss) در مرحله دانه بندی و شناسایی ریزماهواره های (SSR) ژنومی در این گیاه

Publish place: Iranian Journal of Rangelands and Forests Plant Breeding and Genetic Research، Vol: 30، Issue: 1

Publish Year: 1401

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 15 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/2076194

Document National Code:

JR_IJRFP-30-1_001

Index date: 19 September 2024

بررسی ترانسکریپتوم زیره سیاه ایرانی (Bunium persicum Boiss) در مرحله دانه بندی و شناسایی ریزماهواره های (SSR) ژنومی در این گیاه abstract

زیره سیاه ایرانی از مهمترین گیاهان بومی ایران است. دانه این گیاه در رژیم غدایی روزمره ایرانی ها مصرف می شود و همچنین دارای خواص دارویی و ترکیبات معطر است. متاسفانه اطلاعات کمی در مورد ژنوم و نشانگرهای مولکولی این گیاه وجود دارد. در این پژوهش، ترنسکریپتوم زیره سیاه ایرانی در مرحله دانه بندی توالی یابی شد و بعد از استخراج ریزماهواره های (SSR Markers) مرتبط با این مرحله رشدی به تفسیر آن ها پرداخته شد. گل آذین و ساقه این گیاه بعد از استخراج RNA، توالی یابی شدند. توالی یابی با عمق ۶ گیگ و طول قطعات ۱۵۰ جفت باز و بصورت جفت-انتها انجام شد. داده های حاصل از توالی یابی توسط نرم افزارهای مختلف آنالیز شدند. بازچینش رونوشت زیره سیاه ایرانی توسط نرم افزار Trinity انجام شد. استخراج نشانگرهای ریزماهواره توسط نرم افزار MISA انجام شد. در نهایت تفسیر عملکردی توالی های دربرگیرنده ریزماهواره توسط پایگاه داده WEGO انجام شد. میزان GC نمونه های مختلف ۴۷ تا ۵۰ درصد بود. تعداد ۸۳۸۹ نشانگر ریزماهواره از ۴۵۱۴۶ ژن منفرد حاصل شد. حداقل ۱۱ درصد ژن های منفرد حاوی ریزماهواره بودند. نوکلئوتیدهای A/T و AG/CT بیشترین درصد نشانگرهای ریزماهواره را در برداشتند. در میان تکرارهای سه نوکلئوتیدی، ATC/ATG و AAG/CTT بیشترین فراوانی ریزماهواره ها را به خود اختصاص داد. نتایج تفسیر عملکردی نشان داد که ژن های منفرد حاوی نشانگرهای ریزماهواره طیف وسیعی از فعالیت های بیولوژیکی گیاه زیره سیاه ایرانی را پوشش می دهند و ژن های درگیر در تکامل و رشد دانه، حد بالایی از بیان را دارند. این تحقیق برای اولین بار به بررسی نشانگرهای ریزماهواره گیاه زیره سیاه ایرانی پرداخته است. نتایج این تحقیق می تواند در پیداکردن نشانگرهای مختلف برای برنامه های اصلاحی و توسعه ارقام با اهداف مختلف مفید باشد.

بررسی ترانسکریپتوم زیره سیاه ایرانی (Bunium persicum Boiss) در مرحله دانه بندی و شناسایی ریزماهواره های (SSR) ژنومی در این گیاه Keywords:

Next Generation Sequencing , marker , denovo Assembly , Functional Annotation

بررسی ترانسکریپتوم زیره سیاه ایرانی (Bunium persicum Boiss) در مرحله دانه بندی و شناسایی ریزماهواره های (SSR) ژنومی در این گیاه authors

محمدرسول سمندری بهرآسمان

Ph.D candidate, Plant Production and Genetic Engineering Department, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.

احمد اسماعیلی

Corresponding Author. Prof., Plant Production and Genetic Engineering Department, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.

سعید اسماعیلی ماهانی

Prof., Department of Biology, Faculty of Sciences, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, I.R. Iran.

اسماعیل ابراهیمی

Prof. La Trobe Genomics Research Platform, School of Life Sciences, College of Science, Health and Engineering, La Trobe University, Melbourne, VIC ۳۰۸۶, Australia.

اولین لوویت

Prof., Chair of Crop Science and Plant Biology, Institute of Agricultural and Environmental Sciences, Estonian University of Life Sciences, Tartu, Estonia.

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Bharti, R., Kumar, S., and Parekh, MJ., ۲۰۱۸. Development of ...

Emamipoor, Y. and Maziah, M. ۲۰۱۴. An efficient method in ...

Fungtammasan, A., Guruprasad, A., Suzanne, E., Marcia, S., Chen, S., ...

Grubisha, L., Bailey A., Nicholas, J., Steven, L and Matthew, ...

Hui, L., Defang, L., Anguo, Ch, Huijuan, T., Jianjun, L. ...

Hosseini, S., Ismaili, A., Nazarian Firouz-Abadi, F., Fallahi, H. and ...

Soltani Howyzeh, M., Seyed Ahmad, S., Vahid, S. and Mahboubeh, ...

Jafari, H. and Saadatfar, S., ۲۰۲۰. Genetic relationship and phytochemical ...

Jie, Ch., Runqing, Y., Lijun, L., Bo, W. and Dingxiang, ...

Kumpatla, S. and Mukhopadhyay S., ۲۰۰۵. Mining and survey of ...

Li, Y., Abraham, B., Tzion, F., Avigdor, B. and Eviatar, ...

Mittal, R., Chahota, S. and Katna, G., ۲۰۰۶. Genetic variability ...

Pezhmanmehr, M., Hasani, M,. Jahansouz, F., Najafi, A., Sefidkon, F. ...

Sadeghi, D., Mortazavian, M. and Bakhtiyarizadeh, M., ۲۰۱۸. Transcriptome analysis ...

Senthilvel, S., Jayashree, B., Mahalakshmi, V., Sathish, P. and Hash, ...

Sheidai, M., Ahmadian, P. and Poorseyedy, S., ۱۹۹۶. Cytological studies ...

Singh, S. and Kumar, V., ۲۰۲۱. Biology, genetic improvement and ...

Sofi, P., Zeerak, A. and Singh, P., ۲۰۰۹. Kala zeera ...

Sohrabi, S., Ismaili, A., Nazarian Firouz-Abadi, F. and Fallahi, H., ...

Varshney, R., Thomas, T., Nils, S., Langridge, P. and Graner, ...

Wei, W., Xiaoqiong, W., Linhai, Z., Yanxin, H., Wei, Z. ...

Zhang, H., Wei, L. and Miao, H., ۲۰۱۲. Development and ...

نمایش کامل مراجع