شناسایی ریز RNAها و ژن های هدف مرتبط در گیاه دارویی مرزه خوزستانی
Publish place: Iranian Journal of Rangelands and Forests Plant Breeding and Genetic Research، Vol: 29، Issue: 2
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 27
This Paper With 14 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJRFP-29-2_002
تاریخ نمایه سازی: 29 شهریور 1403
Abstract:
میرناها (microRNAها)، دسته ای از مولکول های تنظیمکننده کوچک و غیر کدکننده هستند که بیان ژن را از طریق تخریب رونویسی یا سرکوب ترجمه تنظیم می کنند. میرناها، در تنظیم گستره وسیعی از فرایندهای متابولیکی و فیزیولوژیکی در گیاهان مشارکت دارند. خانواده نعناع بهویژه مرزه خوزستانی، گیاهان شناخته شده ای از نظر طعم، عطر و خواص دارویی هستند. تاکنون هیچگونه گزارشی از شناسایی میرنا برای گیاه دارویی مرزه خوزستانی (Jamzad khuzistanica Satureja) ثبت نشده است. ازاین رو، در این مطالعه برای پیشبینی میرنا و ژنهای هدفشان در مرزه خوزستانی، از رویکرد محاسباتی مبتنی بر جستجوی همسانی استفاده شد. یونیژن های غیر کدکننده به عنوان توالی های کاندید پیش ساز میرنا در نظر گرفته شدند. در نهایت پس از ارزیابی پارامترهای عمومی درصد باز GC، حداقل انرژی آزاد تاخوردگی (MFE)، شاخص حداقل انرژی آزاد تاخوردگی (MFEI) و ساختار ثانویه ۵۸ میرنا شناسایی شد که از بین آنها با اعمال معیارهای شناسایی اختصاصی گیاهان و پالایش میرناهای پیشبینی شده از چند رونوشت، در نهایت ۱۰ میرنا شناسایی شد. سپس ۹۳۰ رونوشت هدف با استفاده از وبسایت psRNATarget برای آنها پیشبینی و با استفاده از ابزار BLASTx نرم افزار (v۲.۶.۰) Blast+ NCBI تفسیر کارکردی شد. بررسی ژنهای هدف نشان داد که ژنهای پاسخ دهنده اکسین، ژنهای GRAS ((Gibberlic-acid insensitive (GAI), Rspressor of GAI (RGA) and Scarerow (SCR))، ژن AGO۲ ( ۲ Argonaute) و ژنهای خانواده LAC (Laccase) از اهداف عمده میرناهای شناسایی شده در مرزه خوزستانی هستند. تجزیه وتحلیل غنیسازی مسیر در ژن های هدف نشان داد که مسیر بیوسنتز متابولیتهای ثانویه بهطور معنی داری جزء اهداف میرناهای شناسایی شده هستند. این مطالعه، اولین گزارش از شناسایی میرنا در مرزه خوزستانی بوده که نقش آنها را در تنظیم ژنهای هدف توصیف می کند.
Keywords:
Authors
سمیه شمس
PhD graduated, Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.
احمد اسماعیلی
Corresponding author, Prof., Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran
فرهاد نظریان فیروز آبادی
Prof., Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.
حسین مومیوند
Assist. Prof., Department of Horticultural Sciences, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
