بررسی بیوانفورماتیکی پروفایل تغییرات بیان ژنی در سلول های مونوسیت خون محیطی بیماران مبتلا استئوآرتریت
Publish place: New Cellular Biotechnology - Molecular، Vol: 14، Issue: 55
Publish Year: 1403
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 63
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_NCMBJ-14-55_007
Index date: 2 December 2024
بررسی بیوانفورماتیکی پروفایل تغییرات بیان ژنی در سلول های مونوسیت خون محیطی بیماران مبتلا استئوآرتریت abstract
سابقه و هدف: استئوآرتریت (OA) شایع ترین بیماری مزمن مفصلی در جهان و علت اصلی اختلال حرکتی در افراد مسن میباشد. با توجه به مشخص نبودن مسیرهای پاتوژنز دقیق مولکولی بیماری استئوآرتریت، تشخیص زود هنگام و درمان موثر برای OA چالش برانگیز است. بنابراین، یکی اهداف کلیدی و مهم بررسی بیماری OA در این مطالعه، شناسایی نشانگرهای زیستی حساس میباشد که با توجه به دست یابی و در دسترس تر بودن نمونه خون محیطی شناسایی بیومارکرهای حساس تشخیصی OA در خون محیطی برای کاربردهای بالینی بسیار ارزشمند و موثر است. مطالعه حاضر با هدف یافتن ژن های با بیان متفاوت و معرفی بیومارکر مولکولی قابل اعتماد برای OA به صورت بیوانفورماتیکی انجام شد.
مواد و روشها: مجموعه داده های ریزآرایه به شماره GSE۴۸۵۵۶ از پایگاه داده GEO به دست آمد. تجزیه و تحلیل بیان افتراقی بین گروه OA و نرمال با استفاده از GEO۲R انجام شد و ژنهای دارای تفاوت بیان با بررسی پارامترهای آماری ۰۵/۰ adj.p.vau< و ۱/۰logFC# در طی آنالیز بیوانفورماتیکی جداسازی شدند، سپس مسیرهای سیگنالینگ و آنالیز GO ژنهای جداسازی شده با استفاده از پایگاه های داده Enrichr تعیین شد. در ادامه ژنهای دارای بیشترین تغییر بیان معرفی شد و برای احتمال بیومارکر بودن ژن با بیشترین تغییر بیان آنالیز منحنی ROC در نرم افزار GraphPad_Prism_۸.۰.۱ انجام شد.
یافته ها: نتایج بیوانفورماتیکی بیان ژن نشان داد که ۱۵۱۵ ژن دارای تفاوت بیان معنادار بودند. از این تعداد ۶۵۷ ژن افزایش بیان و ۸۵۸ ژن کاهش بیان معنی دار را نشان دادند. تجزیه و تحلیل مسیرهای سیگنالینگ نشان داد که مسیرهای پروتئازوم ، مسیر سیگنالینگ کموکاین و مسیر سیگنالینگ FoxO در این بیماری اهمیت دارند. همچنین مشخص شد که ژن SRSF۱۰ بیشترین کاهش بیان را دارد و آنالیز منحنی ROC نشان داد این ژن می تواند با حساسیت و دقت بالایی توانایی تمایز افراد مبتلا به OA را از افراد سالم داشته باشد زیرا، با استفاده از میزان بیان ژن بدست آمده در بررسی با GEO۲R و همچنین آنالیز منحنی ROC در نرم افزار GraphPad_Prism_۸.۰.۱ میزان حساسیت و دقت تعیین شد.
نتیجه گیری: در مجموع، داده های ما نشان داد که ژنها می توانند به عنوان نشانگرهای زیستی جدید با سودمندی بالقوه در تشخیص OA عمل کنند و به عنوان بیومارکرهای مولکولی جدید برای تشخیص این بیماری در نظر گرفته شوند. در این راستا کاهش بیان ژن SRSF۱۰ احتمالا میتواند یک نشانگر زیستی برای شناسایی بیماری OA در سلولهای PBMC باشد که بایستی به صورت آزمایشگاهی تایید شود.
بررسی بیوانفورماتیکی پروفایل تغییرات بیان ژنی در سلول های مونوسیت خون محیطی بیماران مبتلا استئوآرتریت Keywords:
بررسی بیوانفورماتیکی پروفایل تغییرات بیان ژنی در سلول های مونوسیت خون محیطی بیماران مبتلا استئوآرتریت authors
مازیار اویسی
Orthopedic Department, Bam University of Medical Sciences, Bam, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
