امروزه مشخص شده است که روشهای متعارف کنترل بیماریها و آفات گیاهی برای محیط زیست ، سلامت انسان و اقتصاد کشاورزان تاثیر منفی فراوانی به همراه دارد. استفاده مکرر از آفت کش ها و قارچ کش ها باعث آلودگی خاک و آب، افزایش تجمع -زیستی آفت کش ها و نابودی شکارچیان و گرده افشانها می شود. در نتیجه تولید ترکیباتی ایمن برای حفظ سلامت محیط زیست ضروری به نظر می رسد. در راستای یافتن جایگزین مناسب برای ترکیبات شیمیایی ، گرایش زیادی به استفاده از میکروارگانیسم -های
اندوفیت و
ترکیبات زیستی آنها بوجود آمده است . علیرغم مطالعات گسترده در زمینه استفاده از
اندوفیت ها در کنترل بیماری-ها، تعداد بسیار کمی از آنها برای مقابله با بیمارگرهای گیاهی استفاده می شود، زیرا کاربرد آنها در سطح وسیع به دلیل امنیت غذایی ، تاثیرات اکولوژیکی و هزینه ی بالا محدود است . برای رفع این محدودیت ها استخراج و تجاری سازی
ترکیبات زیستی تولید شده توسط
اندوفیت ها پیشنهاد شده است ؛ زیرا
ترکیبات زیستی همچون
متابولیت های ثانویه خاصیت ضد میکروبی خوبی از خود نشان دادهاند. استخراج و تجاریسازی این
ترکیبات زیستی بسیاری از خطرات زیست محیطی ترکیبات شیمیایی و همچنین محدویت های استفاده از خود
اندوفیت ها را کاهش می دهد. علاوه بر این میکروارگانیسم های
اندوفیت به دلیل داشتن
ترکیبات زیستی متفاوت، توانایی تجزیه آلایندههای محیطی را نیز دارند و آلایندهها را به ترکیبت غیر سمی تبدیل می کنند.