مطالعه شبیه سازی دینامیک مولکولی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC۱–G و آپتامر anti-MUC۱

مریم منصفی; حمید عرفان نیا; رحیم قدری

مطالعه شبیه سازی دینامیک مولکولی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC۱–G و آپتامر anti-MUC۱

Publish place: Modares Journal of Biotechnology، Vol: 10، Issue: 1

Publish Year: 1397

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 8 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/2141042

Document National Code:

JR_BIOT-10-1_012

Index date: 24 December 2024

مطالعه شبیه سازی دینامیک مولکولی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC۱–G و آپتامر anti-MUC۱ abstract

اهداف: مطالعه برهم کنش های آنالیت- زیست پذیرنده در سطح مولکولی در راندمان طراحی زیست حسگرها نقش اساسی دارد. زیست حسگرهایی که از آپتامرها به عنوان پذیرنده زیستی استفاده می کنند، بسیار کارآمد بوده و دارای اختصاصیت بالا و قابلیت استفاده مجدد هستند. آپتاحسگرها می توانند در شرایط مختلف داخل بدن یا در شرایط آزمایشگاهی استفاده شوند. هدف از تحقیق حاضر، بررسی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC۱-G و آپتامر anti-MUC۱ است. مواد و روش ها: روش شبیه سازی دینامیک مولکولی برای بررسی تغییر برهم کنش های مولکولی به علت تغییرات انتخابی در شرایط حلال، به کار گرفته شده است. نتایج می تواند برای منعکس کردن محیط های مختلف در آپتاحسگری که از آپتامر anti-MUC۱ S۲.۲ به عنوان زیست پذیرنده و از پپتید MUC۱–G به عنوان زیست شناساگر استفاده می کند، به کار گرفته شوند. یافته ها: براساس انرژی های اتصال محاسبه شده، آپتامر anti-MUC۱ S۲.۲ بالاترین تمایل به پپتید MUC۱–G را در محیط ۰/۱۰مولار سدیم کلرید در میان غلظت های مطالعه شده سدیم کلرید نشان داده و اسیدآمینه آرژنین در اتصال پپتید-آپتامر نقش کلیدی ایفا می نماید. نتیجه گیری: نتایج شبیه سازی های دینامیک مولکولی نشان داد که افزایش غلظت حلال سدیم کلرید در محیط باعث کاهش انرژی های اتصال می شود و بنابراین تمایل اتصال آپتامر anti-MUC۱ به پپتید MUC۱–G با افزایش غلظت کمتر می شود. دیدگاه به دست آمده از مدل سازی حاضر انتخاب پذیری و حساسیت نسبت به شرایط حلال در مورد MUC۱ را نشان می دهد که در توسعه زیست حسگرها باید ملاحظه شود.

مطالعه شبیه سازی دینامیک مولکولی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC۱–G و آپتامر anti-MUC۱ Keywords:

Molecular dynamics simulation , Peptide , aptamer binding , MUC۱ , Aptasensor , شبیه سازی دینامیک مولکولی , اتصال پپتید-آپتامر , MUC۱ , آپتاحسگر

مطالعه شبیه سازی دینامیک مولکولی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC۱–G و آپتامر anti-MUC۱ authors

مریم منصفی

Chemical Engineering Department, Faculty of Chemical & Petroleum Engineering, University of Tabriz, Tabriz, Iran

حمید عرفان نیا

Chemical Engineering Department, Faculty of Chemical & Petroleum Engineering, University of Tabriz, Tabriz, Iran

رحیم قدری

Organic & Biochemistry Department, Faculty of Chemistry, University of Tabriz, Tabriz, Iran

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Mehrotra P. Biosensors and their applications - a review. J ...

Jain KK. The handbook of biomarkers. New York: Springer Science ...

Nath S, Mukherjee P. MUC۱: A multifaceted oncoprotein with a ...

Yamaguchi T, Yokoyama Y, Ebata T, Matsuda A, Kuno A, ...

Prakash JS, Rajamanickam K. Aptamers and their significant role in ...

Ku TH, Zhang T, Luo H, Yen TM, Chen PW, ...

Wang K, He MQ, Zhai FH, He RH, Yu YL. ...

Rhinehardt KL, Srinivas G, Mohan RV. Molecular dynamics simulation analysis ...

Rhinehardt K, Mohan R, Srinivas G, Kelkar A. Analysis and ...

Ferreira CS, Matthews CS, Missailidis S. DNA aptamers that bind ...

Kikin O, D'Antonio L, Bagga PS. QGRS Mapper: A web-based ...

Jokar M, Safaralizadeh MH, Hadizadeh F, Rahmani F, Kalani MR. ...

Zuker M. Mfold web server for nucleic acid folding and ...

Popenda M, Szachniuk M, Antczak M, Purzycka KJ, Lukasiak P, ...

Dokurno P, Bates PA, Band HA, Stewart LM, Lally JM, ...

Pichinuk E, Benhar I, Jacobi O, Chalik M, Weiss L, ...

DeLano WL. Pymol: An open-source molecular graphics tool. CCP۴ Newsletter ...

Pearlman DA, Case DA, Caldwell JW, Ross WS, Cheatham III ...

Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM, ...

Li LJ. Simultaneous detection of organic and inorganic substances in ...

Kesimer M, Sheehan JK. Analyzing the functions of large glycoconjugates ...

Humphrey W, Dalke A, Schulten K. VMD: Visual molecular dynamics. ...

Vilar S, Cozza G, Moro S. Medicinal chemistry and the ...

Lobanov MIu, Bogatyreva NS, Galzitskaia OV. Radius of gyration is ...

نمایش کامل مراجع