پیش بینی شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین در گیاه جو براساس روش اینترولوگ
Publish place: Modares Journal of Biotechnology، Vol: 10، Issue: 4
Publish Year: 1398
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 44
This Paper With 8 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_BIOT-10-4_005
Index date: 24 December 2024
پیش بینی شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین در گیاه جو براساس روش اینترولوگ abstract
جو (Hordeum vulgare) گیاهی یک ساله از خانواده Poaceae است. این گیاه از غلات مهم مورد استفاده انسان بوده و در بسیاری از موارد جایگزین گندم شده است. محدودیت های مربوط به روش های آزمایشگاهی شناسایی برهمکنش های پروتئینی را با مشکل روبه رو کرده است. در سال های اخیر روش های محاسباتی گام موثری در پرکردن خلا موجود برداشته و نقش مهمی در زمینه پیش بینی و شناسایی برهمکنش های پروتئینی ایفا کرده است. در این مطالعه به منظور ساخت شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین گیاه جو از اطلاعات برهمکنش های پروتئین- پروتئین مربوط به شش ارگانیزم مدل شامل ساکارومایسس سروزیه (Saccharomyces cerevisiae)، سینورابتیدیس الگانس یا نماتد (Caenorhabditis elegans)، دروزوفیلا ملانوگاستر یا مگس میوه (Drosophila melanogaster)، انسان (Homo sapiens)، برنج (Oryza sativa) و آرابیدوپسیس تالیانا (Arabidopsis thaliana) استخراج شده از پایگاه داده Intact استفاده شد و استخراج اطلاعات ارتولوگ های گیاه جو با ارگانیزم های مدل با استفاده از Inparanoid صورت گرفت. روش اینترولوگ که در این مطالعه مورد استفاده قرار گرفته است، از منطبق کردن برهمکنش های پروتئینی ارگانیزم های مدل بر ارتولوگ های گیاه جو استفاده کرده و منجر به پیش بینی ۲۴۷۷۴۵ برهمکنش پروتئین- پروتئین شد که پس از حذف برهمکنش های تکراری ۲۳۵۹۶۶ برهمکنش غیرتکراری بین ۷۳۵۰ پروتئین به دست آمد. مطالعه صورت گرفته اولین گزارش ارایه شده در زمینه پیش بینی شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین گیاه جو است.
پیش بینی شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین در گیاه جو براساس روش اینترولوگ Keywords:
پیش بینی شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین در گیاه جو براساس روش اینترولوگ authors
ژاله حکمتی
Biotechnology Department, Agricultural Sciences Faculty, Guilan University, Gilan, Iran
علی اعلمی
Biotechnology Department, Agricultural Sciences Faculty, Guilan University, Gilan, Iran
جواد ظهیری
Biophysics Department, Biological Sciences Faculty, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
