یکی از چالش های اصلی در طراحی برنامه درسی برای نسل دیجیتال، تغییرات در شیوه یادگیری است. نسل دیجیتال به طور فزاینده ای به محتوای دیجیتال وابسته است و به این ترتیب تمایل دارند که اطلاعات را به صورت سریع، تعاملی و بصری دریافت کنند. در حالی که نسل های قبلی ممکن بود از طریق کتاب ها و کلاس های حضوری به یادگیری بپردازند، نسل جدید ترجیح می دهند از پلتفرم های آنلاین، ویدئوهای آموزشی و نرم افزارهای تعاملی برای یادگیری استفاده کنند. این تغییرات به معنای آن است که شیوه های سنتی تدریس و ارزیابی دیگر جوابگو نیستند و باید به روزرسانی شوند.چالش دیگر، نیاز به برنامه های درسی انعطاف پذیر است. نسل دیجیتال تمایل دارد که سرعت یادگیری خود را کنترل کند و در هر زمان و مکانی که بخواهند، به محتوای آموزشی دسترسی داشته باشند. بنابراین، طراحی برنامه درسی باید به گونه ای باشد که به این آزادی عمل احترام بگذارد و در عین حال، همچنان اهداف آموزشی را به درستی محقق سازد. این نیاز به انعطاف پذیری و شخصی سازی در طراحی برنامه های درسی، اغلب با محدودیت های زمانی و منابع مواجه است که این خود چالشی بزرگ برای طراحان برنامه درسی به شمار می آید.